Medizin auf neuen Wegen - FOKUS

 
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                                               Medizin auf
                                              neuen Wegen
20          DIGITALE DIAGNOSEN                            „Physiologie ist der Gipfel
   könnten helfen, Medikamente
    auf die wandlungsfähigen HI-                          der gesamten Naturwissen-
Viren abzustimmen und damit die
 Therapie von Aids zu optimieren.                         schaft und ihr dunkelstes Ge-
                                                          biet“, so Arthur Schopenhauer
                               28
             KANZEROGENE SUBSTANZEN
                                                          1852 über das Kernfach der
                                                          Medizin. Weniger als der pes-
              lassen sich mit einem neuen,
                  hoch empfindlichen Test-                simistische Anklang über-
        verfahren aufspüren und machen
         Tierversuche weithin überflüssig.                rascht, dass der Philosoph die
                                                          Physiologie und somit die
                                                          Medizin zu den Naturwissen-
                                                          schaften zählte. Denn dass
                                                          der menschliche Organismus

                               32
            EDLE GASE liefern detaillierte
                                                          als Teil der Natur auch deren
                                                          Regeln unterliegt und somit
              Bilder der Lunge und damit                  naturwissenschaftlich zu
             Einblick in dieses bislang nur
                 unscharf fassbare Organ.                 durchschauen ist, war damals
                                                          noch keineswegs allgemein
                                                          anerkannt. Dass 150 Jahre
                                                          später sogar Methoden der
                                                          Kosmologie und der Quanten-

                               38
         KOSMISCHE STRUKTUREN finden
                                                          physik medizinisch zum
                                                          Tragen kommen, steht auf
        sich verkleinert in der Architektur               einem anderen Blatt – und in
    von Knochen wieder und ermöglichen
     die frühe Diagnose von Osteoporose.                  den folgenden Beiträgen.
                                                 3/2005   M   A X   P   L A N C K   F   O R S C H U N G   19
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FOKUS                                                                                                                                                                                                                              MEDIZIN auf neuen Wegen

                                                                                             Aids-Therapie
                                                                                             aus dem Computer
                                                                                             Was haben Aids und Informatik miteinander zu tun? Sehr viel. Und das liegt an der
                                                                                             Wandlungsfähigkeit der HI-Viren. Denn soll eine Therapie greifen, müssen die
                                                                                             Patienten die Medikamente erhalten, die auch anschlagen. So haben Wissenschaftler
                                                                                             aus der Arbeitsgruppe von THOMAS LENGAUER, Direktor am MAX-PLANCK-INSTITUT
                                                                                             FÜR INFORMATIK         in Saarbrücken, ein digitales Diagnosewerkzeug entwickelt,
                                                                                             das Resistenzen vorhersagt und dem Arzt bei der Wahl der wirksamen Mittel hilft.

                                                                                             T   homas Fenkl ist seit 24 Jahren
                                                                                                 positiv. 1981 hat er sich mit dem
                                                                                             HI-Virus infiziert – zu einer Zeit, als

                                                                                                                                       FOTO: JACQUES WENGER
                                                                                             noch kaum jemand das Wort Aids
                                                                                             kannte. Er sagt, dass es ihm gut ge-
                                                                                             he, er fühle sich fitter als manches
                                                                                             Mal in den vergangenen Jahren.
                                                                                             Fenkl ist Geschäftsführer der Bremer                             Tobias Sing, wissenschaftlicher Mitarbeiter am Saarbrücker Max-Planck-Institut, ist Bioinformatiker.
                                                                                             Aidshilfe und lacht, wenn er betont,                             Er arbeitet nicht nur mit dem Computer, sondern jongliert auch mit bunten Modellen von Medikamenten.
                                                                                             dass er von allen Kollegen die we-
                                                                                             nigsten Fehltage hat. Vielleicht ist er                          verschiedener Präparate, die an un-          ne „Traumtherapie“, die ihm statt der
                                                                                             auch einfach nur ein starker, positi-                            terschiedlichen Stellen den Vermeh-          befürchteten     Beschwerden    gute
                                                                                             ver Mensch.                                                      rungszyklus der Viren unterbrechen.          Träume – Lachträume – bescherte.
                                                                                                Seit 1996 nimmt Thomas Fenkl                                  Thomas Fenkl hat schon viele Wirk-           Doch auch die versagte irgendwann.
                                                                                             Medikamente, um die Viren in sei-                                stoffe ausprobiert, denn schon öfter         Jede neue Kombination kann wieder
                                                                                             nem Körper in Schach zu halten. Er                               musste er die Medikamente wech-              andere, starke Nebenwirkungen mit
                                                                                             kennt die heftigen Nebenwirkungen                                seln, da die Viren in seinem Körper          sich bringen. „Und dann ist da die
                                                                                             der Präparate: Durchfälle, die erst                              Resistenzen gebildet hatten. „Es ist         Sorge, dass mit jeder neuen Resis-
                                                                                             Wochen später, wenn sich der Körper                              jedes Mal ein dummes Gefühl, wenn            tenz die Optionen weniger werden.“
                                                                                             einigermaßen an den Wirkstoff ge-                                die Blutuntersuchungen ergeben,              Austherapiert heißt es, wenn nichts
                                                                                             wöhnt hat, allmählich besser werden.                             dass die Viruslast steigt“, sagt der         mehr geht. „Das ist ein latentes To-
                                                                                             Oder die Lipodystrophie: Arme und                                44-Jährige. Die Medikamente schla-           desurteil. Dann ist der Drops ge-
                                                                                             Beine werden dünn, weil das Fett                                 gen nicht mehr an, eine alternative          lutscht“, sagt Fenkl.
                                                                                             unter der Haut verschwindet und                                  Kombination muss her. „Eine solche              Im Jahr 1987 kam das erste Medi-
                                                                 FOTO: SPL - AGENTUR FOCUS

                                                                                             sich stattdessen an Bauch, Brust und                             Botschaft macht traurig, vor allem,          kament gegen HIV auf den Markt.
                                                                                             im Nacken ablagert.                                              wenn sich die Nebenwirkungen in              1996 wurde die Kombinationsthera-
                                                                                                Gut 20 Medikamente sind inzwi-                                Grenzen hielten und man mit der              pie eingeführt – die so genannte
                                                                                             schen auf dem Markt. Fast immer                                  Therapie ganz zufrieden war.“                HAART (Highly Active Antiretroviral
                                                                                             verschreiben Ärzte eine Kombination                                Thomas Fenkl erinnert sich an sei-         Therapy), bei der mehrere Präparate

   20   M   A X   P   L A N C K   F   O R S C H U N G   3/2005                                                                                                                                     3/2005      M   A X   P   L A N C K   F   O R S C H U N G   21
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FOKUS                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       MEDIZIN auf neuen Wegen

                                                                                                                                                                                                       teninformation entsprechend zuord-          Wirkstoff nötig ist, um das Wachstum                                     90
                       HI-VIRUS                          WO MEDIKAMENTE                ANGREIFEN                                                                                                       nen.“ Doch wie bringt man einem             des Virus zu drosseln. Im Vergleich
                                                         Die Vermehrung der Viren beginnt mit dem Verschmelzen von Virus und Zelle. Das Virus dockt                                                    Computer bei, die Krankheit zu ver-         mit einem bekannten Viren-Refe-
                             Hüllprotein                 zunächst an den Hauptrezeptor der T4-Helferzelle (weißes Blutkörperchen) an, dann an einen Kore-                                                                                                                                                           V        L       F       M
                                                                                                                                                                                                       stehen? Indem man ihn zunächst mit          renzstamm zeigt sich dann, wie viel
                                                         zeptor: Die Fusion beginnt (1). Derzeit werden Medikamente getestet, welche die Korezeptoren oder
                                                                                                                                                                                                       genotypischen und phänotypischen            mehr Wirkstoff man braucht, um die
                                                                                                                                                                                                                                                                                                            s               48           r             r

                                   or
                                                         die Hüllproteine blockieren. Mit der Fusion gelangt die RNA des Virus in die Zelle; sie muss zunächst                                                                                                                                              1                            2,1 175,5 (22,3)

                              pt
                                                                                                                                                                                                       Daten füttert. Die gewinnen Virolo-         Vermehrung der resistenten Mutante

                          e
                 up or                                   in DNA rückübersetzt werden (2). Diese Aufgabe übernimmt die Reverse Transkriptase des Virus, die
                       ez                                                                                                                                                                              gen aus dem Blut HIV-Infizierter.           lahm zu legen. Auf diese Weise ergibt                            R       G        V
              Ha ept
                    tr                                   durch herkömmliche Medikamente gehemmt wird. Die Virusvermehrung setzt sich mit der Verschmel-
                                                                      zung von Viren- und Wirtszell-DNA fort. Dann beginnt die Produktion von Virusprotei-                                                Bei der genotypischen Information        sich ein Maß für die Stärke der Resis-                   s               54           r
                  z
               re

                                                                            nen. Die neu gebauten Viren knospen von der Zelle ab, indem sie sich mit Stücken
          Ko

                                                                                                                                                                                                       handelt es sich um eine Analyse des         tenz: der Resistenz-Faktor (RF).                         1                            6,8
                                                                                 der Zellmembran umhüllen (3). In den noch unreifen Viren hängen mehrere
                                                                                     Proteine zusammen. Sie müssen zunächst von molekularen Scheren (Pro-
                                                                                                                                                                                                       genetischen Codes der Viren. Be-                                                                             I                V     L
                                                                                                                                                                                                                                                   FLEISSARBEIT MIT
                                                                                         teasen) zerschnitten werden; erst danach sind sie voll funktionsfähig.                                        kanntlich bestimmt die Abfolge der                                                                   84                           72            r
                                                                                                                                                                                                                                                   AMINOSÄUREN
                                                                                            Hier setzen die Protease-Inhibitoren an: Sie blockieren den aktiven                                        DNA-Bausteine, die Nukleinsäurese-                                                                                                              3
                                                                                              Bereich der Proteasen und unterbinden deren Funktion.                                                    quenz, in welcher Reihenfolge sich          Die Saarbrücker führten beide Da-                    I           V                R         T       V       I
                                                                                                                                                                                                       Aminosäuren zu Eiweißen (Proteinen)         tensätze zusammen – zum einen die
                                                                                                                                                                                                                                                                                                    s                   r        s                 s       s        r
                                                                                                                                                                                                       zusammensetzen. Mutationen in der           aus der Nukleinsäuresequenz abgelei-
                            DNA                                                                                                                                                                                                                                                                 237,5 (24) 3,7 (1) 1,1 (0,1) 2,3 (0,3) 1,1 (0,1) 19,8 (5,1)
                                                                                                                                     Blut des Patienten mit hoher Wahr-                                Nukleinsäuresequenz können einen            tete Aminosäuresequenz und zum an-

                                                                                                              ILLUSTRATION: ROHRER
        RNA                                                                                                                                                                                                                                                                                     Decision Trees erleichtern die Wahl des Medika-
                                                                                                                                     scheinlichkeit resistent sind – und                               Austausch von Aminosäuren im Pro-           dere den dazugehörigen RF-Wert von
                                                                                                                                     welche Medikamente möglicherwei-                                  tein bewirken. Mit Sequenziermaschi-        rund 900 Arevir-Patienten für insge-         ments: Sitzt etwa im Virenerbgut an Position 90 die
                                                                                                                                                                                                                                                                                                Aminosäure Valin (V), lässt sich das Virus mit dem
                                                                                                                                     se noch anschlagen. Inzwischen                                    nen, wie sie etwa die Kölner Experten       samt 17 verschiedene Medikamente.            entsprechenden Medikament bekämpfen. Sitzt Leucin (L)
                                                                                                                                     können die digitalen Diagnosewerk-                                betreiben, lässt sich die Abfolge der       Mit diesen Trainingsdaten speisten sie       an Position 90 und Valin an Position 48, ist das Virus
                                   ZELLE                                                                                             zeuge sogar abschätzen, wie schnell                               Nukleinsäuren und damit der Ami-            dann eine Support-Vektor-Maschine            resistent. Die Zahlen geben an, bei wie vielen Patienten-
                                                                                                                                     sich bei der einen oder anderen                                   nosäurebausteine bestimmen – und            (SVM) – ein modernes statistisches           proben die entsprechende Kombination vorlag.
                                                                                                                                     HAART-Kombination bei verschie-                                   folglich auch, welche Mutationen            Lernverfahren. „Der Trick besteht
                                                                                                                                     denen Patienten bestimmte Mutatio-                                vorliegen.                                  zunächst darin, die Aminosäurese-            den Resistenzfaktor ein; also den
                                                                                                                                     nen durchsetzen werden.                                              Bevor Ärzte eine neue HAART be-          quenz in Nullen und Einsen zu über-          Hinweis darauf, wie stark das Virus
                                                                                                                                        Bereits seit vier Jahren brummt                                ginnen, wird bereits seit längerer Zeit     setzen, mit denen der Rechner etwas          gegen das Medikament resistent ist.
                                                                                                                                     auf den Servern in dem weißen                                     genotypisch genau bestimmt, welche          anfangen kann“, erklärt Sing – eine          Alle Werte zusammen ergeben, so
                                                                                                                                     Hochhaus am Rande der saarländi-                                  Virenvarianten der Patient in sich          Fleißarbeit. Die Forscher brachten ih-       sagt Sing, „einen hochdimensionalen
                                                                                                                                     schen Hauptstadt eine Rechenma-                                   trägt. Zwar gibt es einen HIV-Wild-         rem Computer zunächst bei, jeder             Vektorraum“. Und der wird vom
        unterschiedlicher Wirkstoff-                                 kungslos werden, die der Pati-                                  schine. Sie hilft Medizinern bei der                              typ – die klassische Variante –, der in     einzelnen Aminosäure einer Sequenz           SVM-Algorithmus so lange bearbei-
        klassen gleichzeitig gegeben wer-                       ent noch nie eingenommen hat. Die                                    Wahl der geeigneten Therapie. Ge-                                 vielen Fällen nach wie                                       Werte zuzuordnen. Eine      tet, bis sich die Werte auf beinahe
        den. Die Euphorie der Mediziner war                    Ärzte müssen Medikamente also mit                                     no2Pheno heißt der mathematische                                  vor den größten Teil der             Wildtyp                 1 für die Aminosäure,       magische Weise voneinander tren-
        groß. Doch im Schatten des Erfolgs                     Bedacht zusammenstellen, um nicht                                     „Assistenzarzt“. Unter der Adresse                                Virenlast im Körper aus-                                     die dort codiert ist, und   nen. Die Support-Vektor-Maschine
        bildeten sich immer wieder neue Re-                    den Weg für spätere Alternativthera-                                  www.geno2pheno.org können Medi-                                   macht. Hinzu kommen                                          eine 0 für all jene Ami-    findet eine Hyperebene, welche die
        sistenzen. Neue Wirkstoffe und                         pien zu verbauen.                                                     ziner aus der ganzen Welt darauf zu-                              aber verschiedene Vi-                                        nosäuren, die dort eben     resistenten von den nichtresistenten
        Kombinationen sind deshalb nötig,                                                                                            greifen. Entstanden ist das Regel-                                renmutanten in unter-                   0,46                 nicht codiert sind. Da      Werten teilt – und zwar so, dass sie
                                                               DIGITALE WERKZEUGE
        um die Viren in Schach zu halten.                                                                                            werk in Zusammenarbeit mit Virolo-                                schiedlichen Anteilen.                                       es insgesamt 20 Ami-        so weit wie möglich voneinander
                                                               ZUR DIAGNOSE
        Noch komplizierter wird die Situati-                                                                                         gen der Universität Köln und des                                  Mit der Sequenzierung                                        nosäuren gibt, wurden       entfernt und sauber getrennt sind.
        on dadurch, dass sich Menschen zu-                     Den Medizinern helfen seit geraumer                                   Deutschen Referenzzentrums für                                    lässt sich relativ zuver-
                                                                                                                                                                                                                                              70 R                  so im Handumdrehen             Geno2Pheno ist inzwischen ein
        nehmend mit mutierten Virenstäm-                       Zeit Forscher, die auf den ersten                                     Retroviren in Erlangen. Während die                               lässig bestimmen, wel-                                       jeder Aminosäure 20         etabliertes Hilfsmittel für viele Ärzte.
                                                                                                                                                                                                                                         0,46         0,43
        men infizieren, die bereits gegen be-                  Blick mit der Virologie und den bio-                                  Saarbrücker für die Programmierung                                che Virenstämme vor-                                         Werte – eine 1 und 19       Seit seiner Einführung im Jahr 2001
        stimmte Medikamente resistent sind.                    logischen Vorgängen im Körper des                                     der Software zuständig waren, liefer-                             liegen.                                                      Nullen – zugeordnet.        wurde das Programm mehr als
           Für das Rheinland wurde ermittelt,                  Menschen so gar nichts gemein ha-                                     ten die Kölner und Erlanger anony-                                   Bei der phänotypi- 215 F,Y                 219 E,Q          Darüber hinaus fügte      35000-mal genutzt. Ärzte müssen le-
        dass es sich mittlerweile bei 15 Pro-                  ben – Mathematiker vom Max-                                           misierte Patientendaten aus der                                   schen Untersuchung hin-                                      der Computer für jede       diglich die Nukleinsäuresequenz
        zent der Neuinfektionen um zumin-                      Planck-Institut für Informatik in                                     Arevir-Datenbank, die mit Unterstüt-                              gegen betrachtet man           0,63              0,63        Sequenz, die immerhin       (Nukleotidsequenz) des Virenerbguts
        dest teilresistente Erreger handelt. Die               Saarbrücken. Seit Ende der 1990er-                                    zung der Deutschen Forschungsge-                                  im Experiment, wie sich                                      zwischen 90 und 250         eines Patienten via Internet in das
        wachsende Zahl der Medikamente                         Jahre befassen sich die Wissen-                                       meinschaft entstanden ist. Damit                                  die genetische Infor-
                                                                                                                                                                                                                                     41 L              67 N Aminosäuren lang ist,               Programm eingeben und erhalten
        und die Verbreitung resistenter Viren                  schaftler mit der Anpassungsfähig-                                    wurden die Computer gefüttert.                                    mation des Virus auf                                                                     anschließend für die verschiedenen
        erschwert den Medizinern die Wahl                      keit der HI-Viren. Im Blick haben                                        „Wir benutzen Methoden des sta-                                seine entscheidende Ei-                     Mutagenic Trees zeigen die zeitliche         Medikamente eine Angabe, ob Resis-
                                                                                                                                                                                                                                      0,42
        der richtigen Kombinationstherapie.                    sie jene Mutationen im genetischen                                    tistischen Lernens, um die Daten                                  genschaft, die Resistenz                    Abfolge von Mutationen im Virenerbgut.       tenzen vorliegen. Gibt es im Blut des
        Insbesondere, weil Viren häufig nicht                  Code der Viren, die zur Resistenz der                                 auszuwerten“, sagt Tobias Sing, wis-                              (den Phänotyp) aus-                         Eine Mutation an Position 70 etwa ge-        Patienten verschiedene Viren, die an
        nur gegen das gerade verabreichte                      Erreger führen.                                                       senschaftlicher Mitarbeiter am Max-                               wirkt. Ein Laborant 210 W                   schieht stets vor Mutationen an den Posi-    den gleichen Stellen unterschiedliche
                                                                                                                                                                              ILLUSTRATIONEN: ROHRER

                                                                                                                                                                                                                                                   tionen 215 oder 219. Die Großbuchstaben
        Medikament unempfindlich werden,                          Mithilfe mathematischer Verfah-                                    Planck-Institut, „der Computer wird                               mischt dazu im Reagenzglas die aus                                                       Aminosäuren tragen, werden diese
                                                                                                                                                                                                                                                   stehen für „falsche“ Aminosäuren, die in
        sondern mitunter auch gegen andere                     ren bringen die Experten ihren Com-                                   zunächst mit einem großen Datensatz                               dem Blut gewonnenen Viren des               die Virenproteine eingebaut werden. Die      entsprechend ihrem Anteil im Körper
        Präparate. Diese Kreuzresistenz führt                  putern bei vorherzusagen, gegen                                       trainiert und kann anschließend bei                               Patienten mit einem HIV-Medika-             Zahlen auf den Pfeilen zeigen die Wahr-      berücksichtigt. Statt mit einer 1 er-
        dazu, dass auch jene Substanzen wir-                   welche Medikamente die Viren im                                       einer Abfrage die individuelle Patien-                            ment. So bestimmt man, wie viel             scheinlichkeiten für die Mutationen an.      fasst sie die Support-Vektor-Maschi-

   22    M   A X   P   L A N C K   F   O R S C H U N G   3/2005                                                                                                                                                                                                                          3/2005    M    A X     P   L A N C K    F   O R S C H U N G           23
FOKUS                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        MEDIZIN auf neuen Wegen

                                                                                                                                                                                                                                                                                                           FOTO: MPI FÜR INFORMATIK
              ne mit 0,5 oder 0,3. Dann gleicht der                 dass die Viren suszeptibel (nicht re-                                                                    fahren ähnelt einem inzwischen bei-       so: „Befindet sich an Position 90 die     mente zu denken“, sagt Thomas
              Computer die neue Sequenz mit den                     sistent) und damit empfänglich für                                                                       nahe klassischen Hilfsmittel, das Me-     Aminosäure Valin, ist das Virus nicht     Fenkl. „Etwa einmal im Monat geht
              Trainingsdaten ab und ordnet sie                      die Arznei sind. Gelb liegt dazwi-                                                                       diziner für die Wahl der richtigen        gegen das Medikament Saquinavir           mir eine Dosis durch die Lappen.
              entsprechend in den Zahlenraum ein.                   schen. Kurz: Aus den genetischen                                                                         Wirkstoffe nutzen: Jedes Jahr gibt ei-    resistent. Befindet sich an Position      Das sehe ich dann oft erst abends,
              Da der Rechner über Daten zu 17                       Daten eines Patienten ermittelt der                                                                      ne Kommission von zwölf Experten          90 die Aminosäure Valin und an Po-        wenn ich auf meine Tablettenbox
              Medikamenten verfügt, kann er dem                     Computer den Phänotyp – die Resis-                                                                       der International Aids Society (IAS)      sition 48 ebenfalls die Aminosäure        schaue.“ Fenkl sagt, dass die regel-
              Arzt schließlich mitteilen, gegen                     tenz: „geno to pheno“.                                                                                   eine Art Karte mit den wichtigsten        Valin, dann ist das Virus resistent.“     mäßige Einnahme entscheidend ist,
              welche Medikamente die Virenstäm-                        Der große Vorteil des mathemati-                                                                      Mutationen heraus. Auf ihr sind die          Je mehr Stationen der Decision         um die Viruslast klein zu halten.
              me resistent sind oder eben nicht.                    schen Verfahrens besteht darin, dass                                                                     Sequenzen der Viren aufgetragen und       Tree hat, desto komplexer wird das        Auch Durchfall kann dazu führen,
                Mehr noch: Da das Programm mit                      es sekundenschnell und kostenlos                                                                         die Mutationen, die mit bestimmten        Beziehungsgeflecht. Desto deutlicher      dass die Wirkstoffkombination im
              Resistenzfaktoren trainiert wurde,                    ist. Die experimentelle Bestimmung                                                                       Medikamenten verknüpft sind – etwa        wird auch, wie schwer es ist, die         Körper sinkt und die Erreger trotz
              bestimmt der Geno2Pheno-Algorith-                     des Resistenzfaktors (Phänotypisie-                                                                      eine Mutation an Aminosäure Num-          Zusammenhänge allein mit Men-             pünktlicher Einnahme die Oberhand
              mus gar, wie stark die Resistenz vo-                  rung) hingegen dauert teilweise eini-                                                                    mer 41, die statt für Methionin für       schenverstand entwirren zu wollen.        gewinnen. Fenkl hat sich dadurch
              raussichtlich ist. Das Maß der Resis-                 ge Wochen und schlägt mit mehre-                                                                         Lysin codiert. Die tritt beispielsweise   In Geno2Pheno setzen sich die SVM         bereits Resistenzen eingefangen.
              tenz wird auf dem Bildschirm dann                     ren hundert Euro zu Buche.                                                                               häufig bei der Einnahme der Medika-       und der Decision-Tree-Algorithmus            Der Anstoß zur Entwicklung der
              mit einem Wert zwischen 0 und 1 an-                      Zur Absicherung der SVM-Ergeb-                                                                        mente Zidovudine und Stavudine auf.       gleichzeitig in Bewegung, wenn man        Geno2Pheno-Software kam Ende
              gegeben. Zudem erscheinen die ver-                    nisse ist die Software noch mit einem                                                                                                              eine Sequenz eintippt. Die Ergebnis-      der 1990-er Jahre von den Forschern
                                                                                                                                                                             COMPUTER ERARBEITET
              schiedenen Medikamente in Rot,                        zweiten statistischen Lernverfahren                                                                                                                se zeigt der Computer dann in einer       der Universität Köln. „Wir hatten
                                                                                                                                                                             ENTSCHEIDUNGSBAUM
              Gelb oder Grün. Rot bedeutet, dass                    ausgerüstet – den Decision Trees                                                                                                                   gemeinsamen Tabelle an.                   erkannt, dass mit Einführung der
              eine Resistenz vorliegt. Grün zeigt,                  (Entscheidungsbäumen). Dieses Ver-                                                                       Allerdings ist es angesichts der Fülle       „Inzwischen verschreiben wir kei-      Kombinationstherapie der Bedarf für
                                                                                                                                                                             von Medikamenten und Mutationen           ne neue HAART-Kombination mehr,           ein Werkzeug gewachsen war, das
Der Weg zur optimalen Therapie: Mit den oberen Buttons wählt der Arzt die Menge der verab-                                                                                   schwer, aus diesen Tabellen die ge-       ohne uns mit Geno2Pheno abzusi-           Hilfestellung bei der Medikamenten-
reichten Pillen und seine bevorzugten Medikamente. Die Software empfiehlt dann die Kombination                                                                               eigneten Arzneien für eine neue           chern“, sagt Tillmann Schumacher,         wahl gibt“, erinnert sich Rolf Kaiser,
von Medikamenten, die den besten Therapieerfolg versprechen (mittleres Feld und Diagramm).                                                                                   Therapie abzuleiten. Das Decision-        der seit 20 Jahren HIV-Positive be-       Virologe an der Kölner Uni. Die For-
                                                                                                                                                                             Tree-Verfahren automatisiert diesen       treut. In den frühen 1990er-Jahren,       scher nahmen Kontakt zu den Bioin-
                                                                          Number of                                                                                          Entscheidungsprozess. Wie bei der         erinnert sich der Oberarzt der Inneren    formatikern Niko Beerenwinkel und
                 Length
FOKUS                                                                                                                                                                                                                                                                                                      MEDIZIN auf neuen Wegen

                                                                                             quenzen angelernt wurde und der              Jede Sequenz wird im Zahlenraum         wiederum in einer Support-Vektor-         in den Geno2Pheno-Webservice ein-                    Mutationen mit dem so genannten

                                                                 FOTO: SPL - AGENTUR FOCUS
                                                                                             Information, ob der Patient R5- oder       also als ein Muster von Mutationen        Maschine. Eingegeben wurde, welche        gebaut – als Combination-Therapy-                    Genetischen Background der Viren,
                                                                                             die CXCR4-spezifischen X4-Viren            beschrieben. Wiederum setzt der           Medikamente die Patienten einge-          Optimization-Funktion.                               aber auch des Menschen verknüpft
                                                                                             besitzt. Speist man die SVM mit der        Computer Sequenzen und Mutatio-           nommen und nicht eingenommen                „Es ist verblüffend, wie gut die                   ist. So gibt es zum einen Anzeichen
                                                                                             Sequenz eines Patienten, ermittelt         nen zueinander in Beziehung, ver-         hatten, sowie die 17 Genetischen Bar-     Ergebnisse aus Geno2Pheno mit un-                    dafür, dass eine ganze Reihe bislang
                                                                                             der Computer innerhalb von Sekun-          gleicht jedes mit jedem. Auf diese        rieren für jedes Medikament. Zudem        seren Einschätzungen übereinstim-                    wenig beachteter Mutationen im
                                                                                             den, welcher Korezeptor bevorzugt          Weise ergibt sich eine logische Rei-      erfassten die Forscher, ob die Therapie   men“, sagt der Kölner Mediziner                      Virenerbgut die Entwicklung von
                                                                                             ist. Bislang sind dafür zeitraubende       henfolge getreu dem Modell „Wenn          nach einer bestimmten Zeit erfolg-        Tillman Schumacher. Er ist deshalb                   Resistenzen mit beeinflussen. Die
                                                                                             und vor allem kostspielige Laborana-       Mutation B nie ohne Mutation A            reich war oder nicht. „Gibt man jetzt     davon überzeugt, dass die Programme                  Wissenschaftler konnten mit ihren
                                                                                             lysen nötig.                               vorkommt, muss Mutation B nach            in die Maschine die Virensequenz ei-      aus Saarbrücken die Realität treffend                Berechnungen zeigen, dass manche
                                                                                                Virologen wissen seit Langem,           A eintreten.“ Das Ergebnis ist ein        nes Patienten ein, probiert unser Al-     abbilden. „Derartige Rückmeldungen                   bislang unbeachtete Mutationen auf-
                                                                                             dass bei HIV-Patienten in manchen          Baumdiagramm, das für jedes Medi-         gorithmus verschiedene Therapiekom-       sind eine Bestätigung, dass wir hier                 fallend häufig mit altbekannten Mu-
Die komplex gebaute Reverse Transkriptase ist
Teil der viralen Vermehrungsmaschine: Sie übersetzt                                          Fällen die X4-Viren die Oberhand           kament Wahrscheinlichkeiten angibt,       binationen aus“, erläutert Sing. „Dank    gute Arbeit leisten“, sagt Tobias Sing.              tationen neu einhergehen.
die Virus-RNA in die DNA-Schrift der Wirtszelle.                                             gewinnen. Häufig ist eine X4-Zu-           welche Mutation nach der anderen          der Genetischen Barrieren verfügt er      „Schließlich haben wir es ja stets nur                  Zum Zweiten liegt auf der Hand,
                                                                                             nahme mit einem Anwachsen der              folgen wird.                              über Wissen zur Evolution des Virus       mit Modellen zu tun.“ Und mit einem                  dass jeder Mensch anders auf die
                                                                                             Virenzahl verbunden. Der Zustand                                                     und kann damit gewissermaßen in die       Augenzwinkern fügt er hinzu: „Und                    Viren reagiert. Wie die individuellen
                                                                                                                                        ERFOLG AN DER
                                                                                             des Patienten verschlechtert sich. Mit                                               Zukunft blicken.“                         jedes Modell hat seine Schwächen.“                   Unterschiede im menschlichen Erb-
                                                                                                                                        GENETISCHEN BARRIERE
                                                                                             der Geno2Pheno(coreceptor)-Funkti-                                                      Der Computer schlägt anschlie-           Derzeit arbeiten Sing und seine                    gut und somit im Stoffwechsel die
                                                                                             on wird sich zukünftig während der         Das Spiel ließ sich noch weiter trei-     ßend jene Kombination vor, die mit        Kollegen daran, mit den mathemati-                   Entstehung von Resistenzen beein-
                                                                                             Behandlung mit den neuen Korezep-          ben. Schließlich kann man, folgt man      größter Wahrscheinlichkeit zum Er-        schen Modellen auf ein bislang we-                   flussen, ist nach wie vor unklar. Die
                                                                                             tor-Wirkstoffen leicht kontrollieren       dem Baum von oben nach unten, für         folg führt. Auch diese auf Geneti-        nig bearbeitetes Feld der HIV-For-                   Forscher aus Saarbrücken wollen
                                                                 FOTO: MPI FÜR INFORMATIK

                                                                                             lassen, ob X4-Viren überhand neh-          jedes Mutationsmuster eine Gesamt-        schen Barrieren basierenden Vorher-       schung vorzustoßen: Sie wollen he-                   dieses Rätsel lösen – mit Rechen-
                                                                                             men. Und somit auch, ob die CCR5-          wahrscheinlichkeit ermitteln. Dank        sagen haben die Forscher inzwischen       rausfinden, wie die Entwicklung von                  kraft.                     TIM SCHRÖDER
                                                                                             Blockade umgangen wird.                    der Datenbank wiederum ist zu jedem
                                                                                                Mit ihrer Resistenzvorhersage ha-       Muster ein Resistenzfaktor bekannt.
                                                                                             ben die Saarbrücker zweifellos einen       So lässt sich herausfinden, wie wahr-
                                                                                             wichtigen Entscheidungsassistenten         scheinlich ein Virus nach einer be-
              HIV-Medikamente wirken unterschiedlich.                                        für Ärzte gefunden. Doch für die           stimmten Zahl an Mutationen resis-
                                                                                                                                                                                                                                              MMCD GmbH Düsseldorf
              In diesem Fall blockiert ein Inhibitor (rot-
              weiß) den aktiven Bereich einer Protease.
                                                                                             Betroffenen ist es beinahe noch            tent ist. Mehr noch: Die Informatiker                                                                 film - fotografie - multimedia
                                                                                             wichtiger, zu erfahren, wie lange eine     sind gar in der Lage, die Wahrschein-
                                                                                             Therapie halten wird. Wann werden          lichkeiten in Zeiten umzurechnen.
              das den CCR5-Rezeptor kodiert. Die-                                            andere Medikamente nötig sein, die         Damit konnten sie erstmals zuverläs-
              se Veränderung führt dazu, dass der                                            wieder neue Nebenwirkungen mit             sig für jedes Medikament bestimmen,
                                                                                                                                                                                                                                             Digitale Medienproduktion für
              CCR5-Korezeptor nicht funktioniert.                                            sich bringen? Auch für diese Fragen        wie schnell eine erwartete Resistenz                                                                 Wirtschaft, Wissenschaft und Bildung
              Überraschenderweise arbeitet der                                               haben die Max-Planck-Forscher um           eintreten wird. „Man nennt das die
              Stoffwechsel dennoch einwandfrei.                                              Niko Beerenwinkel versucht, Lösun-         Genetische Barriere – sie ist ein Maß
                Da die meisten Virenstämme (R5-                                              gen zu finden. Ihr Ergebnis sind die       dafür, wie schwer es für ein Virus ist,                                                              Wir realisieren für Sie
              Viren) den CCR5-Rezeptor nutzen,                                               Mutagenetic Trees. „Die Fachwelt           eine Resistenz zu entwickeln“, sagt                                                                   Imagefilme und Filmportraits mit Schwerpunkt Wissenschaft
              witterten die Pharma-Entwickler ei-                                            wusste zwar, wie viele Mutationen          Sing. Mit den Mutagenetic Trees lässt                                                                 Animationen zur Visualisierung komplexer Prozesse
              ne Chance: Blockiert man den CCR5-                                             nötig sind, bis eine Resistenz auftritt,   sie sich die Barriere nun genauer be-                                                                 professionelle Wissenschaftsfotografie
              Rezeptor, müsste sich der Andock-                                              aber sie kannten die Reihenfolge und       stimmen.
                                                                                                                                                                                                                                              Lernsoftware und Unterrichtsmaterialien für Bildung und Lehre
              prozess verhindern lassen – ohne                                               den Zeitraum bis zur Resistenz nicht          Tobias Sing weiß, dass es nicht
              dass der Stoffwechsel der Patienten                                            im Detail“, sagt Tobias Sing.              genügt, Resistenzen für einzelne Me-                                                                  Mediensoftware für Museen, Ausstellungen und Präsentationen
              durch das Medikament zu stark in                                                  Mit den Mutagenetic Trees lässt         dikamente zu bestimmen. Die For-
              Mitleidenschaft gezogen wird. In-                                              sich das abschätzen. Ihnen liegt die       scher wollen begreifen, wie Medi-
              zwischen befinden sich die ersten                                              Überlegung zu Grunde, dass Mu-             kamente zusammenwirken, wie im
              Korezeptor-Medikamente in der kli-                                             tationen so gut wie nie zeitgleich         Konzert der Wirkstoffe neue Mutatio-
              nischen Erprobungsphase. Für eine                                              auftreten, sondern häufig in einer         nen entstehen. Die Voraussage von
              Therapie muss man aber zunächst                                                charakteristischen Reihenfolge. Wie-       Resistenzen für einzelne Wirkstoffe
              wissen, welchen Korezeptor die HI-                                             derum nutzten die Forscher hun-            ist essenziell. Aber es liegt auf der                                                                  Referenzen (Auszug):
              Viren des Patienten nutzen.                                                    derte von Patientendaten. Diesmal          Hand, dass mehrere Medikamente ge-                                                                     Max-Planck-Gesellschaft, München                                      MMCD GmbH
                                                                                                                                                                                                                                               DFG Deutsche Forschungsgemeinschaft, Bonn                             interactive in science
                Das lässt sich mit dem neuen Al-                                             speisten sie allerdings nicht die          meinsam anders auf die Viren wirken                                                                    IWF Wissen und Medien, Göttingen
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     Schadowstr. 70
                                                                                                                                                                                                                                               Leibniz-Institut für die Pädagogik der Naturwissenschaften, Kiel
              gorithmus von Sing im Handumdre-                                               Abfolge der Aminosäuren in den             als die klassischen Mono-Präparate.                                                                    Springer Verlag, Heidelberg                                           40212 Düsseldorf
              hen herausfinden. Wiederum kommt                                               Rechner ein, sondern die wichtigsten          Die Max-Planck-Arbeitsgruppe rühr-                                                                  GeoForschungszentrum, Potsdam                                         Tel: 0211/162268
                                                                                                                                                                                                                                               Westermann Schulbuchverlag, Braunschweig
              eine Support-Vektor-Maschine zum                                               Mutationen in den Virensequenzen           te deshalb die Genetischen Barrieren                                                                   FWU Inst. für Film und Bild, Grünwald
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     Fax: 0211/162257
                                                                                                                                                                                                                                               VDI Verein Deutscher Ingenieure, Düsseldorf                           www.mmcd.de
              Einsatz, die mit den Patienten-Se-                                             aus der Arevir-Datenbank.                  für die 17 Medikamente zusammen –                                                                      GeoUnion/Alfred-Wegener-Stiftung, Berlin
                                                                                                                                                                                                                                               Universum Science Center, Bremen                                      Kontakt: Harald Frater
                                                                                                                                                                                                                                               Bundesministerium für Bildung und Forschung                           E-Mail: frater@mmcd.de
         26     M   A X   P   L A N C K   F   O R S C H U N G   3/2005
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