Kursbeschreibung Blockkurse - Swiss Nanoscience Institute
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Inhalt A. Zeitdauer 3 Wochen, nachmittags, 3 KP pro Kurs ................................................ 3 1. Koordinationschemie .......................................................................................................................... 3 2. Struktur-Funktionsbeziehungen von Proteinen ................................................................................... 3 3. Quantum Coherence Lab .................................................................................................................... 4 4. Methods in Nanobiology .....................................................................................................................5 5. Self-assembling polymers................................................................................................................... 5 6. Nanolithographie ................................................................................................................................ 6 7. Nanophysics: Low-dimensional conductors ....................................................................................... 6 8. Polymer - Synthese.............................................................................................................................. 7 9. Scanning Probe Microscopy ............................................................................................................... 7 10. Mikroskopie ...................................................................................................................................... 8 11. Nanomaterialien und Elektronenspektroskopie ................................................................................ 8 12. Atomistische Simulationen ............................................................................................................... 9 13. Nanochemistry .................................................................................................................................. 9 15. Nanolab: Physik und Chemie am einzelnen Atom oder Molekül .................................................. 10 20. Quantum optics and ultracold atoms ............................................................................................... 11 21. Engineering artificial metalloenzymes ............................................................................................ 11 22. New NanoTools to Study Neurodegeneration ................................................................................ 12
24. Nanoreaktionskammern .................................................................................................................. 15 26. Photovoltaik .................................................................................................................................... 12 27. Ultracold Ions ................................................................................................................................. 13 28. Structure determination of protein complexes by cryo-transmission electron microscopy and image processing...................................................................................................................... 13 32. Measurement Control and Acquisition ........................................................................................... 14 33. Altering protein and peptide properties by chemical modification ................................................ 15 35. Measurements of Protein Dynamics by NMR................................................................................ 14 36. Machine Learning and molecular materials design application in quantum chemistry........................................................................................................................................ 16 37. Synthese molekularer Gerüsteinheiten. .......................................................................................... 16 38. Exploring protein-nanoparticle interactions in reconstituted artificial coronas.............................. 17 B. 1 Woche ganztägig, in der vorlesungsfreien Zeit, 3 KP pro Kurs ......................18 FHNW Muttenz.............................................................................................................18 18. Surface modification and nanosensors ............................................................................................ 18 19. Functional biocompatible materials for medical applications ......................................................... 19 31. Engineered functional nanoparticles. ..............................................................................................20 FHNW Windisch ........................................................................................................... 21
34. Nanoscale toughening of aerospace composite materials ............................................................... 21 Paul Scherrer Institut ................................................................................................... 22 16. Doppelblockkurs : Oberflächenphysik im NanojunctionLab am Paul Scherrer Institut .................. 22 17. X-ray microscopy at the PSI ............................................................................................................ 23 23. Micro- and nanofabrication of surface topographies ....................................................................... 24 Adolphe Merkle Institute ............................................................................................. 25 30. Mechanical testing of functional polymers ...................................................................................... 25 EMPA 25. Nanoelectronics: molecular junctions. ............................................................................................. 26 39. Focused Ion Beams: Imaging and structuring at the nanoscale................................................................26 40. Carbon based nanodevices.............................................................................................................................27
A. Zeitdauer 3 Wochen, nachmittags, 3 KP pro Kurs 1. Koordinationschemie 2. Struktur-Funktionsbeziehungen von Proteinen O.Wenger T. Schirmer Pro Kurs 1 Student 2 Studierende Dieser Blockkurs baut auf dem Praktikum Der Botenstoff c-di-GMP reguliert vielfältige Organische Chemie auf. In mehreren Etappen zelluläre Prozesse in Bakterien. Wir studieren auf der wird ein organischer Ligand hergestellt, der an ein molekularen Ebene Proteine, die c-di-GMP reguliert Metall koordinieren kann. Nebst der praktischen synthetisieren (diguanylate cyclases) und Proteine Synthesearbeit sind die chromatographische (c-di-GMP Rezeptoren), die den Botenstoff spezifisch Reinigung und die Analyse der hergestellten Liganden erkennen und daraufhin molekulare Programme und Koordinationsverbindungen wichtige Aspekte anstossen können. Im Labor werden dazu sowohl die dieses Blockkurses. Das metallhaltige Zielmolekül in vitro Funktion dieser Proteine gemessen, als auch ist jeweils Teil eines aktuellen Forschungsvorhabens ihre Kristallstrukturen bestimmt. der Arbeitsgruppe Wenger und gehört in der Regel zu Der Kurs bietet die Möglichkeit eines Einblicks einem der folgenden Themengebiete: in 1) molekularbiologische Arbeitsweisen 2) - Künstliche Photosynthese Proteinaufreinigung 3) biophysikalische Methoden - Photochemie zur Quantifizierung von Ligandenbindung 4) - Photolumineszenz enzymatische Assays - Lichtinduzierter Elektronentransfer 5) Proteinkristallisation 6) Visualisierung der Ausführlichere Informationen zu den einzelnen Proteinstrukturen am interaktiven Computer Themengebieten sind auf der Homepage der Arbeitsgruppe Wenger (http://www.chemie.unibas. Die Teilnehmer werden zusammen mit Mitgliedern ch/~wenger/research.html) zu finden. der Arbeitsgruppe Schirmer auf aktuellen Projekten arbeiten. Die Behandlung der aufgelisteten Punkte im Rahmen des Praktikums hängt vom individuellen Projekt ab. 3
500 nm 50 nm 3. Quantum Coherence Lab 3.2 Quantum transport experiments D.Zumbühl Cryo-Lab Measurement Course (groups of min. 2, max. 3 persons) 3.1 Semiconductor device fabrication Recommended prerequisite for this course: KoMa GaAs Fabrication Course (groups of min. 2, max. 3 and Quantum Mechanics. Ideally, but not necessarily, persons) the GaAs fabrication course is taken first, then Semiconductors are of great importance for subsequently the cryo-lab measurement course. applications and industry (transistors, integrated circuits etc.) as well as for fundamental research Quantum transport is the study of quantum phenomena and future emerging technologies (2D electron probed with electrical means, typically using gases, quantum Hall effect, spin transistors, qubits, nanoscale devices at low, cryogenic temperatures. quantum computers). The goal of this course is to Conductance quantization and the quantum Hall effect provide insight into semiconductor device fabrication are some of the most striking and beautiful phenomena and physics with a hands-on experience: you will discovered in quantum transport experiments. fabricate a gated GaAs Hall bar sample – from the Further, spin qubits for quantum computation are bare wafer to the completed sample – in our in-house currently being developed with quantum transport clean room. This includes wet etching, resist spinning, techniques. In this course, you will study one of these optical lithography, thin film deposition, GaAs ohmic phenomena (or a similar quantum effect) in our cryo contacts, surface gating and wire bonding. These lab. With the guidance of a teaching assistant, you methods are also used for sample fabrication in on- will cool down a device to milli-Kelvin temperatures going research, and note that a gated Hall bar also can in a dilution refrigerator (evaporative cooling of a function as a transistor. Finally, you will perform an superfluid 3He/4He mixture). You will use low-noise electrical characterization of your sample in the cryo electrical techniques and superconducting magnets to lab at room temperature and 4.2 K in liquid helium, investigate the quantum physics. We will provide the studying the contacts and the 2D electron gas. samples for the experiments. (In the Semiconductor Visit http://zumbuhllab.unibas.ch/pages/teaching.htm Nanofabrication course, you can learn most of the for further information steps required to fabricate such devices). Visit http:// zumbuhllab.unibas.ch/pages/teaching.htm for further information 4
4. Methods in Nanobiology 5. Self-assembling polymers R.Lim G.Gunkel 6 Studierende Pro Kurs 4 Studierende Nanobiology attempts to resolve biological function Amphiphile Blockcopolymere bilden in from the “bottom-up”. Our research interests include Wasser selbstorganisierte Überstrukturen nucleocytoplasmic transport control, its role in regulating mit charakteristischen Dimensionen im cell and tissue mechanobiology, and how this phenomenon Nanometerbereich. Aufgrund ihrer charakteristischen can be leveraged towards bio-inspired applications. Überstrukturen finden sie Anwendung als neue Very often, our questions motivate us to develop new funktionale Materialien mit aussergewöhnlichen methodologies, which we combine in a multidisciplinary manner to be able to correlate different perspectives of a Eigenschaften, oder als Template zur kontrollierten certain biological problem. In this Blockcourse, you will Herstellung organischer und anorganischer not only gain first hand experience on the use of such Nanopartikel. Im Rahmen des Blockkurses sollen cutting-edge instrumentation, but will more importantly solche Systeme kontrolliert hergestellt und mit learn how to ask biological questions from a nanoscience verschiedenen Techniken charakterisiert werden. perspective. Ongoing projects include: (i) studying the mechanobiology of cells and tissues using indentation-based atomic force microscopy (see Figure) and fluorescence microscopy (ii) applying high-speed atomic force microscopy to visualize native nuclear pore complexes at work (iii) building artificial nanopores to study transport processes at the single molecule level. 5
6. Nanolithographie 7. Nanophysics: Low-dimensional conductors Ch. Schönenberger Ch. Schönenberger Max. 3 Studierende Max. 3 Studierende Integrierte Schaltkreise (sog. IC’s) werden mittels Ein klassischer Kupferdraht ist für die Elektronen, Lithographieverfahren in Silizium gefertigt. die für den Ladungstransport sorgen, etwas Strukturen (z.B. metallische Leiterbahnen, Dreidimensionales. Wenn der Draht kleiner Transistoren) werden mit Abmessungen im und kleiner wird, findet ein Übergang in der Submikrometerbereich gefertigt (Nanolithographie). Dimensionalität statt. Es gibt dann 2-dimensionale In der Forschung versuchen wir, möglichst kleine und eindimensionale Drähte und im Prinzip sogar Strukturen an der Grenze des Machbaren zu erzeugen null-dimensionale Systeme. In diesem Blockkurs und deren Eigenschaften zu charakterisieren. Dieser legen wir den Schwerpunkt auf niedrig-dimensionale Kurs soll einen Einblick in diese Strukturverfahren Materialien, die in neuartigen Wachstumsverfahren vermitteln. gewonnen werden, wie z.B. Kohlenstoff- Es wird versucht, Sie während den drei Wochen in ein Nanoröhrchen, halbleitende Nanodrähte oder laufendes Projekt zu integrieren. Dabei werden Sie Graphene (eine Monoschicht von Graphite). Bei den mit folgenden Verfahren (Apparaturen) in Berührung Kohlenstoff Nanoröhrchen haben die kleinsten einen kommen: Belackung von Si-Substraten; Bestimmung Durchmesser von nur einem Nanometer und können derSchichtdicke;optische-und/oderElektronenstrahl- dennoch in makroskopischer Länge gewachsen Lithographie; Plasmaätzen (subtraktives Verfahren); werden. Diese Röhren weisen beeindruckende Aufdampfen von Metallschichten und lift-off Prozess Eigenschaften auf: mechanisch sind sie vergleichbar (additives Verfahren); Rasterelektronenmikroskopie. widerstandsfähig wie Diamant; elektrisch können Voraussetzungen: Der vorgängige Besuch des sie den Strom leiten wie kein anderer Draht mit Mikroskopiekurses ist wünschenswert. vergleichbaren Abmessungen. Abhängig von den gerade bestehenden Forschungsaktivitäten wird das Ziel des Kurses jedes Jahr neu fixiert. Wir werden versuchen, eine aktuelle Fragestellung zu bearbeiten. Voraussetzung: Kondensierte Materie / Mikroskopiekurs empfohlen / Nanolithographie vorgängig wird empfohlen 6
8. Polymere-Synthese 9. Scanning Probe Microscopy M. Nash E. Meyer/T.Glatzel 1 Studierende 4 Studierende Biological drugs are among the fastest growing sectors of Es werden aktuelle Fragestellungen aus der the pharma industry. These next generation drug Forschung mittels Rasterkraftmikroskopie (engl. therapies include biological macromolecules such as Atomic Force Microscopy, AFM) diskutiert und antibodies, enzymes, and oligonucleotides. They experimentell behandelt. Der Schwerpunkt liegt function in the body to alter gene expression patterns, auf der Verwendung von den dynamischen Moden, block receptor recognition, or catalyze reactions inside or at the surfaces of target cells. Although the specificity welche es erlauben die Oberflächen minimal invasiv of biological drugs is extremely high, there exists a abzubilden. Zusätzlich können Informationen significant limitation in the form of a delivery barrier. über weitere Oberflächeneigenschaften, wie Delivering biological drugs is much more difficult than lokale Elastizität, Reibungsverhalten, elektrische small molecule therapeutics. Ladungen, magnetische Domänen und To solve this problem, we are developing new types of Kontaktpotenzialdifferenzen, gewonnen werden. drug carriers that are based on stimuli-responsive polymers. Stimuli-responsive polymers are materials that undergo controlled aggregation in response to environmental changes, including pH, ionic strength, and light. They can be used to cluster biological drugs into soft nanoparticles, with improved circulation time and stability. For this purpose, repetitive protein-based polymers called elastin-like polypeptides are being developed. This block course will introduce the students to a range of techniques used in biotechnology and biophysics for the production and characterization of elastin-like polypeptides for drug delivery. Students will clone genes encoding repetitive artificial proteins in the lab, express the proteins in bacterial host cells, and characterize the proteins using biophysical techniques. Cloud point aggregation assays, mechanical/biophysical testing, as well as mass spectrometry will be used to understand sequence-function relationships for these artificial proteins. 7
10. Mikroskopie mit Schwerpunkt Raster- 11. Nanomaterialien und Elektronenspektroskopie Elektronenmikroskopie E.Meyer/ Laurent Marot M. Dürrenberger Max. 2 Studierende 9 Studierende Im Rahmen dieses Blockkurses werden In diesem Kurs möchten wir Ihnen die Techniken der plasmagestützte Techniken angewendet, um Abbildung in der Mikro- und Nanowelt vermitteln. nanostrukturierte Materialien herzustellen. Die Sie erhalten eine Grundausbildung in abgeschiedenen Materialien werden in-situ bezüglich Rasterelektronenmikroskopie (REM). Der ihrer Zusammensetzung und ihres chemischen Schwerpunkt dieses Kurses liegt in der selbständigen Aufbaus mit Photoelektronenspektroskopie (PES) Bedienung unserer Geräte. Sie werden in kleinen charakterisiert. Gruppen ein Rasterelektronenmikroskop selbständig Kursthemen: betreiben, mehrere Basis-Präparationsarten erlernen Schichtabscheidung: und Energiedispersive Röntgenmikroanalysen (EDX) Methoden der vakuumgestützten Schichtabscheidung, an Präparaten durchführen. Ihre erworbenen Fähigkeiten werden sie in einer abschliessenden plasmagestützte CVD (‹chemical vapor praktischen Prüfung und einem schriftlichen Bericht deposition›) Abscheidung, Magnetronsputtering, beweisen, welcher benotet wird. kombinierte Methoden zur Herstellung Ausserdem erhalten Sie Einblicke in die nanostrukturierter Materialien, Ausblick auf andere Transmissionselektronenmikroskopie, Konfokale Schichtabscheidungsmethoden. Laserscanningmikroskopie und die Fokussierte Prozessüberwachung: Ionenstrahltechnologie (FIB) anhand von in-situ, ‹real-time› Überwachung der halbtägigen Demos. Schichtabscheidung mit Reflektometrie. Zur Beachtung: Dieser Kurs wird als Photoelektronenspektroskopie: Vorbildung zum Kurs Nr.6 allgemeine Grundlagen der PES (Mechanismus, „ Nanollithographie“, Nr. 7 „Nanophysics“ und einfache Modelle, Anwendung der PES), Bestimmung Kurs Nr.8 „Nanoelectronics“ empfohlen. der chemischen Zusammensetzung von Schichten mit in-situ Röntgen-Photoelektronenspektroskopie (XPS) und Ultraviolett-Photoelektronenspektroskopie (UPS), Identifizierung von chemischen Bindungen, Methoden zur Bestimmung der Nanostruktur von Nanokompositmaterialien. Allgemeine Schichtcharakterisierung: Schichtdickenmessung durch Profilometrie und Vergleich mit optischen Methoden, Untersuchung der Schichttopographie mit Rasterelektronenmikroskopie und Rastersensormethoden. 8
12. Atomistische Simulationen 13. Nanochemistry M. Meuwly Marcel Mayor 6 Studierende Pro Kurs 1 Studierende/r Dieser Blockkurs gibt Einblick in die Durchführung In diesem Blockkurs werden die Kenntnisse des und Analyse von Molekular-Dynamik Simulationen Praktikums Organische Chemie vertieft. Wir mit spezifischen Anwendungen auf Fragestellungen geben einen Einblick in die praktische Arbeit des der kondensierten Materie. Mögliche Themen Synthese-Chemikers. In mehreren Schritten wird beinhalten die Untersuchung von Proton-Transfer ein Zielmolekül synthetisiert. Neben der Synthese Reaktionen, das dynamische Verhalten von steht auch die Reinigung, Analyse und vorherige Wassermolekülen in räumlich einschränkenden Planung der Arbeit im Fokus. Das Zielmolekül ist Umgebungen (Proteine, Buckyballs, Nanotubes), jeweils Teil eines aktuellen Forschungsprojektes der oder die Bestimmung des Infrarot Spektrums von Arbeitsgruppe Mayor und kann einem der folgenden kleinen Liganden in Myoglobin. Für die meisten Forschungsbereiche zugeordnet werden: Simulationen verwenden wir eine QM/MM (quantum/ - Molekulare Elektronik classical force field) Methode zur Beschreibung - Neuartige Hybrid Objekte: Ligand stabilisierte der elektronischen Struktur. Im Vordergrund der Gold Nanopartikel Rechnungen steht dabei, experimentell zugängliche - Gezielte Funktionalisierung von Oberflächen (siehe Groessen mittels MD Simulationen zu bestimmen. Das Bild) Thema des Blockkurses wird mit den Teilnehmenden - Quanten-Eigenschaften von organischen Molekülen in einer kurzen Besprechung einige Tage vor Beginn des Kurses festgelegt. Weitere Themen (z. B. mehr Genauere Information zu den einzelnen Bereichen, biologisch orientiert) koennen auf Wunsch hin können auf der Homepage nachgelesen werden: gefunden werden. Programmierkenntnisse sind nicht http://www.chemie.unibas.ch/~mayor/research.html noetig. Es lassen sich jedoch auch Themen finden, welche explizit die Programmierung in C++, Fortran, perl oder python erfordern. Weitere Informationen und Beispiele aus frueheren Blockkursen finden Sie unter www.chemie.unibas.ch/~meuwly/mdnano.block.html 9
15. Nanolab: Physik und Chemie am einzelnen Atom oder Molekül T. Nijs, A. Ahsan, A. Shchyrba, S. Nowakowska, T. A. Jung Max.6 Studierende Anhand eines aktuellen Forschungsprojektes wird selbständig mit Oberflächenphysikalischen und Oberflächenchemischen Präparationstechniken, Instrumenten und Charakterisierungstechniken gearbeitet. Die Blockkursteilnehmer werden ins die Forschungsarbeit des Teams integriert. Mehrheitlich haben Projekte Bezug zur Grundlagenforschung, aber auch anwendungsnahe Projekte in Zusammenarbeit mit Firmen (Roche, Glas Trösch, Ferrovac und ABB) stehen für Interessierte zur Verfügung. Zwei Fragestellungen stehen im Vordergrund: 1.) Die Erzeugung von Polymerarchitekturen durch eine Kombination von Supramolekularer Chemie, Koordinationschemie und Kovalenter Chemie an Oberflächen. 2.) Das Studium der Eigenschaften von Elektronen, Spin und einzelnen Atomen oder Molekülen innerhalb dieser molekularen Architekturen und der Architekturen als ganzem. 1-3 Studierende pro Block, am besten 2. Zeitfenster nach Absprache, auch während den Semesterferien möglich. http://nanolab.unibas.ch/ E-Mail: thomas.jung@psi.ch 10
20. Quantum optics and ultracold atoms 21. Engineering artificial metalloenzymes Philipp Treutlein Thomas R. Ward 1 course with 3 students 3 Studierende Atoms are quantum systems par excellence, and Die Derivatisierung von Übergangsmetallkomplexen the laser manipulation of the quantum state of mit Gruppen, die mit hoher Affinität an Gastproteine atoms has led to many scientific and technological binden, ermöglicht die spezifische Lokalisierung breakthroughs. This includes the observation of katalytischer Komplexe in Proteingerüsten. Durch Bose-Einstein condensation, the development of Mutation der Proteinhüllen kann die Funktionalität atomic clocks and atomic precision sensors, and der Metallkomplexe massgeblich beeinflusst werden. experiments on quantum information processing. In this course, you will learn some basic experimental Der Kurs bietet die Möglichkeit eines Einblicks in techniques that are used in many modern atomic 1) molekularbiologische Arbeitsweisen physics and quantum optics laboratories. For 2) die Synthese von Übergangsmetallkomplexen und example, you will operate a grating-stabilized relevanten Substraten diode laser, learn how to frequency-lock such a 3) die Durchführung von Katalyseexperimenten mit laser to an atomic resonance, and perform some Protein-basierten Hybridkatalysatoren basic experiments with it. 4) analytische Techniken für die Reaktionskontrolle In the second part of the course, you will have a und die Bestimmung von Affinitäten, chance to get some hands-on experience on one of Umsätzen, Enantiomerenüberschüssen und our ongoing research projects, closely guided by one Reaktionsgeschwindigkeiten (HPLC, UPLC-MS, of the researchers in the group. The specific topic GC, UV-Absorption, Fluoreszenzintensität) will be individually defined every year according to 5) die Visualisierung der Konstrukte basierend auf the current status of the experiments. Possible topics Röntgenstrukturen mit z.B. pymol® include laser cooling with a magneto-optical trap, measurements of the Bose-Einstein condensation Die Teilnehmer werden zusammen mit Mitgliedern phase transition, optomechanics experiments with der Arbeitsgruppe Ward auf aktuellen Projekten a micromechanical membrane, and studies of Rabi arbeiten. oscillations and Ramsey interferometry with a Die Behandlung der aufgelisteten Punkte im Rahmen microfabricated atomic vapor cell. des Praktikums hängt vom individuellen Projekt ab. Prerequisites for the course: good knowledge of atomic physics and quantum theory, as well as basic knowledge of statistical mechanics (for experiments on Bose-Einstein condensation) 11
22. New NanoTools to Study Neurodegeneration 26. Photovoltaik Team T.Braun (C-CINA) Thilo Glatzel 2-4 Studierende 2 courses,with 2 students each Despite the diverse phenotypes of neurodegeneration, Development of dye sensitized-solar cells (DSCs) many forms seem to be causatively linked to the is an interdisciplinary and real-world topic based aggregation of specific proteins within certain neurons on elementary principles of nano-chemistry, nano- in the central nervous system (CNS). Prominent physics, photochemical technology and environmental example is the α-synuclein, which is associated with science. The group in the Chemistry Department synucleinopathies, such as the Parkinson’s disease develops innovative dyes with the goal of increasing (PD). For a long time, the protein aggregation was the efficiency of the cells in order to bring the cost believed to be an autonomous process occurring in in line with fossil fuels. The current focus is on the individual cells. However, recent research strongly development of Earth abundant metal complexes via indicates a prion-like spreading mechanism of protein sequential assembly of the molecules on the TiO2 misfolding. The aggregation process would thereby surface. The group in the Physics Department focuses spread from a diseased cells harboring misfolded on optimisation of the solar cell parameters: TiO2 protein to neighboring brain regions by a stereotypic layer characteristics, transmission and resistance of pathway. the TCO-glass and development of the electrolytes. This block course in the Center for Cellular Imaging This block course offers the possibility to learn and NanoAnalytics (C-CINA) in the Mattenstrasse 26 about the preparation of high quality DSC devices will focus on on the development of novel methods with a significant theoretical background. The light and tools to study the prion-like spreading of α- to power conversion efficiency of the cells will be synuclein in minimalistic tissue models. To this end, measured on an optimised solar simulator system. we combine neuronal cell cultures with microfluidic Previously prepared dyes will be investigated with a technologies to mimic the precise arrangement of number of different co-absorbers or electrolytes. The cells relative to each other. Subsequently, the protein cell characteristics will be analysed with quantum misfolding is studied on single cell level, e. g., by efficiency (QE), impedance spectroscopy (EIS) and “visual proteomics” and reverse phase protein arrays. charge extraction techniques. This course is highly interdisciplinary: You will be involved in software and hardware development, cell biology, micro-fabrication as well as novel electron microscopy methods. 12
27. Ultracold Ions 28. Structure determination of protein complexes Stefan Willitsch by cryo-transmission electron microscopy and 1 course with 2 students image processing Group Henning Stahlberg (C-Cina): Nicholas Atomic and molecular ions stored in electrodynamic Taylor, Philippe Ringler, RicardoAdaixo, Mohamed traps at temperatures close to the absolute zero point Chami, Kenny Goldie, Robb McLeod exhibit unusual properties. At these low tempera- 3 Studierende tures, the ions localize in space so that they can be individually observed, addressed and manipulated. This block course will introduce you the methods These intriguing features pave the way for a range of structure determination by cryo-transmission of diverse and exciting applications such as the stu- electron microscopy and image processing. dy of chemical reactions with single molecules, the Biological protein samples will be quick-frozen development of quantum computers and the extre- in thin ice layers, and imaged in a high-resolution mely precise measurement of molecular properties. cryo-transmission electron microscope. Recorded data are analyzed with image processing software, In this course you will learn to use methods such as with the goal to reconstruct the high-resolution 3D laser cooling to cool ions down to temperatures of a structure of proteins. few millikelvin and to store them in ultrahigh vacuum using ion traps. You will study the properties of the ultracold ions and explore some of their applications. The specific topics of the course will be closely alig- ned with the ongoing research in the group and will be individually defined every year according to the current research projects. 13
32. Measurement Control and Acquisition 35. Membrane Protein Interaction and Dynamics Martino.Poggio by Solution NMR Spectroscopy max. 6 students Raphael Böhm / Sebastian Hiller 2-3 students The purpose of this course is to teach students the The functionality of most proteins requires specific practical aspects of measurement, control and data movements of individual structural segments as well acquisition. These are critical components of any as entire domains. These protein dynamics can occur modern experiment, especially in experimental on different time scales from ms down to ps. Using physics laboratories. The technological development solution NMR spectroscopy, we quantify these in the recent years made equipment such as movements at atomic resolution even for large microcontrollers, computers and sensors available proteins. The dynamics correlate to the protein for the mass market, that are designed for do-it- function and provide insight in the functional yourself experiments that can be taken out at home. mechanism. This allows to do typical lab tasks with equipment, that is accessible to everybody, which is why the In this blockcourse, the students learn key aspects of single-board computer Raspberry Pi and Arduino modern high-resolution NMR spectroscopy with microcontroller boards are used in this course. proteins in solution. We will quantify molecular Subjects such as analog-to-digital conversion, sensor interactions and dynamics of a protein under read-out, robotics and aspects of control theory in physiological conditions and correlate these form of a PID loop will be addressed. measurements with the protein function. We will A major part of the course is to get basic knowledge produce the protein in suitable isotope-labelled form, in the programming language Python, which will be measure nuclear spin relaxation parameters and used to perform the tasks and experiments in the quantify the underlying molecular motions. An course. Python is a high-level programming atomic resolution description of the protein language, comparably easy to learn and widely used interactions and dynamics will emerge. in the scientific community, and hence its mastery is a very useful skill for anyone interested in working in an experimental physics laboratory. 14
d) die erhaltenen Konstrukte mit verschiedenen Methoden (z.B. präparative HPLC) gereinigt und mit verschiedenen analytischen Methoden charakterisiert UPLC-MS). Welche Teilaspekte im Rahmen des Kurses behandelt werden hängt von den aktuellen Fragestellungen im Forschungsprojekt ab. 33. Altering protein and peptide properties by chemical modification Valentin Köhler/ Marcel Mayor 1 Student Proteinen können ganz allgemein durch ihre chemische Modifikation zusätzliche Eigenschaften verliehen werden, während gleichzeitig ihre natürlichen Eigenschaften verändert werden. Obwohl 24. Nanoreaktionskammern die Wahl der einführbaren Funktionen in erster Linie Konrad Tiefenbacher nur durch die Fantasie des Forschenden beschränkt Pro Kurs max. 2 Studierende ist, sind Proteinmodifikationen trotz etablierter Für diesen Blockkurs ist ein hohes Interesse an Methoden nicht trivial. Gründe hierfür liegen in synthetischer organischer Chemie (Praktikum dem hohen natürlichen Funktionalisierungsgrad der Organische Chemie) notwendig. In diesem Kurs wird Oberfläche von Proteinen, der unterschiedlichen ein aktuelles Thema im Bereich von organischen Umgebung identischer funktioneller Gruppen, sowie Nanoreaktionskammern bearbeitet. in der Schwierigkeit Reaktionsbedingungen zu Nanoreaktionskammern sind molekulare Strukturen finden unter denen beide Reaktionspartner sowohl im Nanometerbereich, die einen Hohlraum besitzen und Substrate in dieser Kavität einschließen können. ausreichend stabil als auch reaktiv sind. Durch nicht-kovalente Wechselwirkungen des Der Kurs ist in ein laufendes Forschungsprojekt Substrates mit der Nanoreaktionskammer können eingebunden in dem wir versuchen zum einen die Reaktionen beschleunigt werden bzw. Selektivitäten thermische Verdampfbarkeit von Peptiden und moduliert werden. Dadurch kann es gelingen die Proteinen zu erhöhen und zum anderen sowohl Funktionsweise von natürlichen Enzymen mittels ionisierbare als auch fluoreszierende Gruppen für deutlich einfacher Strukturen nachzuahmen. Im deren Detektion in der Gasphase einzuführen. Die Rahmen des Blockkurses gewinnt man Einblick in physikalischen Untersuchungen, deren Ziel Quanten- die Synthese von Nanoreaktionskammern und Interferenzexperimente an Biomakromolekülen sind, geeigneter Substrate. Neben der Synthese spielt auch werden von einer befreundeten Forschungsgruppe in die chromatographische Aufreinigung und die Wien durchgeführt. Analyse der Verbindungen eine wichtige Rolle. Im Rahmen des Forschungsprojektes werden In dem Kurs wird eines der folgenden Themen a) Proteine (rekombinant) und Peptide (synthetisch) bearbeitet: hergestellt und charakterisiert - Selbstassemblierte Nanoreaktionskammern b) funktionalisierte Moleküle für die Derivatisierung - Kovalente Nanoreaktionskammern - Untersuchung von Reaktionen mit kationischen der Proteine und Peptide synthetisiert und Übergangszuständen charakterisiert (NMR, MS, etc.) - Untersuchung von Reaktionen mit anionischen c) Proteine und Peptide mit den dargestellten Übergangszuständen funktionalisierten Molekülen derivatisiert Zusätzliche Informationen zu dem Thema sind auf der Homepage der Arbeitsgruppe Tiefenbacher zu finden: https://nanocat.chemie.unibas.ch/en/ 15
36. Machine Learning and molecular 37. Synthese molekularer Gerüsteinheiten materials design application in quantum chemistry A. Lilienfeld Ch. Sparr 2 Studierende 1 Student Wir führen quantenchemische Simulationen von Wohldefinierte molekulare Gerüsteinheiten sind Material und Molekuelkandidaten fuer die nicht nur in der lebenden Natur Voraussetzung verschiedensten Eigenschaftsoptimierungen durch. für Gestalt und Funktionalität, sondern bieten Typische Beispiele schliessen Bildungs- auch eine Grundlage für neuartige nanoskalige und Stabilisierungsenergien, photo-elektronische Architekturen. Dabei spielen stereogene Anregungen, elektronische Struktur, und inter- und Strukturelemente eine besonders wichtige Rolle. intra-molekulare Wechselwirkungen mit ein. Um Zugang zu verschiedener molekularer Da diese Rechnungen sehr zeitaufwendig sind Topologien zu erhalten, entwickelt unserer (üblicherweise CPU-Wochen oder Jahre), entwickeln Gruppe selektive Synthesemethoden um diese wir auch machine learning basierte Strukturelemente mittels moderner Katalyse statistische Modelle, auch künstliche Intelligenz herzustellen. genannt. Diese Modelle zeichnen sich dadurch aus, dass sie in Realzeit Vorhersagen treffen, die, nachdem Der Kurs bietet Einblick in folgende Themen: sie mit einem genügend grossen Trainingsatz trainiert wurden, quantenmechanische Genauigkeit erreichen. 1) Substrat- und Bausteinsynthese 2) Enantioselektive Synthese axial-chiraler Verbindungen Für die aufwendigeren Berechnungen der 3) Charakterisierung der Produkte durch NMR, quantenmechanischen Eigenschaften nutzen wir IR, MS und HPLC SCICORE (das Rechenzentrum der Universität), 4) Diastereoselektive Herstellung von CSCS (das Schweizer Hochleistungsrechenzentrum Oligomeren (Bild) in Lugano), sowohl als auch die lokal vorhandenen 5) Charakterisierung durch Hochleistungsrechenknoten der Forschungsgruppe. Röntgenstrukturanalyse Das starke Bemühen um das Aneignen 6) Anwendungen in der Nanochemie fundamentaler Computerkenntnisse während des Blockkurses, wie das Arbeiten in einer Die Teilnehmer werden diese Themen anhand Linuxumgebung, das Erstellen von Latex- eines aktuellen Forschungsprojekts bearbeiten. Dokumenten, sowie als auch Programmiersprache (vorzugsweise Python, C++, oder Fortran). ist noetig. Schon vorhandene Kenntnisse sind wünschenswert. Mehr Informationen zu unseren aktuellen Forschungsthemen finden Sie auf www.chemie.unibas.ch/~anatole
38. Exploring protein-nanoparticle interactions in reconstituted artificial coronas Marc Creus Pro Kurs 2 Studierende When nanoparticles enter a living organism (best example: the human body), they often interact with proteins to form a "corona", which may change the properties and function of the nanoparticle; it is also hypothesized that formation of the corona is related to toxic effects of the materials. However, exactly which proteins bind to nanoparticles and how this protein-inorganic interaction occurs remain largely unknown. Here we aim to define the interactions at the interface of a subset of proteins with model standard nanoparticles of defined size and surface chemistry. Methods include recombinant protein expression and purification, colorimetry as well as a range of biophysical techniques at hand to explore the stoichiometry, kinetics and thermodynamics of corona formation. Students will be hosted within the Schwede Lab in the Biozentrum. 17
B. 1 Woche ganztägig, in der vorlesungsfreien Zeit, 3 KP pro Kurs Für die Kurse müssen Sie neben der einen Woche Kurs zusätzlich Zeit für die Vorbereitung und für den Bericht einplanen. silanization reactions, “self assembled monolayers based on thiol chemistry, layer by layer coating and plasma functionalisation. In particular the plasma technology offers a broad variety of possibilities from simple surface cleaning and activation, to depositing complex, functional layers. The generated layers or functional surfaces will be characterized by various methods e.g. contact angle measurement, determination of surface energy, analysis of the chemical compositions with X-ray spectroscopy or grazing angle infrared spectroscopy. Furthermore microscopic methods like SEM, AFM, Confocal microscopy and others will be used to FHNW Muttenz measure the topography and surface roughness. In the context of surface modifications the influence 18. Surface modification and nanosensors of surface chemistries, topography resp. material U. Pieles FHNW (1 week intensive course) Maximal properties on the specificity and activity of 8 Studierende, Minimum 4 immobilized or interacting biomolecules will be critically discussed. This is of particular importance The one week practical training intensive course for biocompatible materials e.g. implants, artificial focuses mainly on biosensing technologies. This bone etc., because of the acceptance by living tissue includes preparation of the active sensors and study and the risk of inflammation. of biomolecule interactions The course is composed In the area of biosensing surface effects can influence of the following tasks which have to be addressed the specificity and functionality of the immobilized during this one week practical training: biomolecules. This could lead to wrong or deviating results depending on the sensing systems used. This 1) Surface Cleaning and Activation has to be considered comparing results from different 2) Chemical functionalisation of Surfaces sensing technologies. 3) Chemical structuring of surfaces utilizing micro contact printing In addition to surface functionalisation, methods to 4) Immobilisation techniques to couple chemical structure a surface will be trained during Biomolecules to functional surfaces the course in theory and practice. As example 5) Applications in Biosensing: DNA- Micro therefore micro contact printing experiments will Arrays, Surface Plasmon Resonance, be performed. With the casted stamps patterns Accoustic Wave sensing and Cantilever based of fluorescently labelled biomolecules will be Sensor Systems transferred to an activated surface and the results will be analysed by fluorescent scanning of the structured The one week course will introduce the students to surfaces or fluorescence microscopy most recent methods for surface functionalisation of common sensing platform materials e.g. glass, The students will get a broad introduction into the silicon, gold on glass, gold on polymers and theory and practical application of modern sensing polymers itself. The students will learn about the technologies. In practical exercises they will make very critical issue of surface cleaning and the use of the functionalized surfaces and apply them to effect on surface functionalisation and they will perform experiments in the area of DNA/RNA micro determine residual components on the surface using arrays, cantilever based sensing, SPR and acoustic spectroscopic and microscopic technologies. For wave sensing surface functionalisation the students will perform To couple biomolecules to the surfaces in a structured manner, to measure the results of the biomolecule 18
interactions and to determine the data, most recent equipment like SPR machines, cantilever sensors, DNA Spotter, Hybstations etc, is available. The students will perform their experiments on most recent technology platforms used today in industry, Goals of the Course: - The students are familiar with the most common methods to functionalize surfaces for biosensing applications in theory and practice. - The students are familiar with the most common methods to characterize the functionalized surfaces and are able to perform surface analysis in practice with technologies e.g. AFM, SEM, Infrared imaging spectroscopy. 19. Functional biocompatible materials for - The students will have an overview of the most medical applications common methods to chemically structure the U. Pieles, M.de Wild, R.Schumacher FHNW surface. They will learn micro contact printing in (1 week intensive course) practical exercises Maximal 8 Studierende, Minimum 4 - The students are familiar with the problem of The one week practical training intensive course the influence of surface properties on the activity of focuses mainly on biocompatible materials used biomolecules in medical applications. This includes preparation and analyzing of the specimen and furthermore the - The students will utilize practically the chemical and morphological modification of their functionalized surfaces in various Biosensing surfaces. The following topics will be covered systems. They will get insight in modern biosensing technologies and their applications in the area - Morphological modification of material surfaces of Diagnosis, Drug Discovery and fundamental (e.g. sandblasting, shot-peening, electropolishing, research. etching) - Preparation techniques: cutting, embedding, grinding, polishing, and etching (e.g.metals, ceramics, polymers, porous materials, foams) - Methods for the characterization of biocompatible materials (e.g. morphological, chemical and mechanical) - chemical functionalization of materials e.g. Al, Si, Ti, Au, Glass, Polymers etc. by various methods. It is of outermost importance and prerequisite to know the bulk microstructure, the microstructural constituents, the static and dynamic mechanical properties and the surface morphology and chemical composition of biocompatible materials when using it in a medical device or other medical applications. This knowledge is requested by the authorities to guarantee the materials quality and avoidance of unwanted side effects when the materials come into contact with human tissue or body fluids. 19
During the one week practical training course the students will be introduced to most recent methods for biomaterial modification and characterization. The students will learn how to prepare the different materials e.g. titanium or ceramics for the morphological, mechanical and chemical composition analysis. The students will be trained to embed, cut and polish the specimens in order to investigate e.g. texture, grain size, layer thickness and roughness. To investigate topographical features the students will be introduced to advanced microscopic technologies like SEM, confocal microscopy, polarising microscopy and others. The chemical composition will be determined by spectroscopic methods e.g. ToF-SIMS, EDX, IR or Raman Imaging. Furthermore static and dynamic mechanical properties will be determined by tensile measurements as well as fatigue testing on a e.g. servo-hydraulic system.Critical issues like surface 31. Engineered functional nanoparticles energies measured by tensiometry and contact angle will be addressed and their importance discussed in Patrick Shahgaldian FHNW the view of the medical application of the material Max 4 students e.g. wetting of titanium with body fluids. In addition to the sample preparation and material Engineered functional nanoparticles find applications characterisation, the students will learn in various in an exponentially increasing number of practical exercises how to chemically activate, industrial sectors. As the surface physico-chemical coat, functionalize, passivate or mechanically/ characteristics of nanoparticles mostly dictate their chemically structure the materials surfaces and general behavior and performance, the development study the impact on the materials characteristics of methods to chemical or physically modify the and their behaviour in biological environments surface of nanoparticles is a foremost research focus in nanotechnology. (Body fluids e.g. blood or cell cultures). In this Blockcourse, you will have a first hands-on In the frame of the course the students will experience on how to handle and chemically modify follow the entire industrial development chain the surface of inorganic oxide nanoparticles for two of biocompatible materials used in medical applications. distinct applications: 1) Chemical nanostructuration of the surface Goals of the course: of silica nanoparticles, to yield nanomaterials with protein recognition properties -The students are familiar with the most common 2) Functionalization of silica nanoparticles to methods to prepare specimen e.g. implants for materials investigations. produce efficient enzyme-based nanobiocatalysts This blockurse, along with theoretical highlights, will -The students are familiar with modern methods for materials characterisation with respect to both, the involve a body of synthetic and analytical work. The produced nanoparticles will be analyzed using state-of- chemical composition and mechanical properties of the bulk material and the surface, the-art electron microscopy methods, scanning probe -The students will have an overview of the most microscopy and photon correlation spectroscopy. The state of the art methods to chemically and physically functional properties of the produced nanosystems modify surfaces of biocopatible materials. will also be assessed using spectrophotometric and/or immunological methods. -The students will gain insight in the analytical methods allowing the biocompatibility assessment of biomaterials. -The students are aware about the importance of the interface of materials and the biological environment for their proper function in the medical 20
FHNW Windisch 34. Nanoscale toughening of aerospace composite materials Sonja Neuhaus, Erich Kramer, Wojeciech Szmyt, Fabian Schadt, FHNW Min.4, Max. 8 Students Novel aerospace composite materials are composed of carbon fibres embedded in a polymer matrix and show superior strength and stiffness at low weight compared to known construction materials such as aluminium and titanium. However, the polymer matrix - usually a thermosetting epoxy system - is rather brittle and limits the fracture toughness of such materials in the perpendicular direction to the fibre. Therefore, considerable effort is made to increase the fracture toughness of the polymer matrix with various concepts at the micro- and nanometer scale, such as the addition of core-shell particles or nanosilica or high performance thermoplastics or amphiphilic block copolymers. The aim of this course is to develop a basic understanding of thermosetting epoxy systems and to acquire the experimental techniques of fracture toughness characterisation of such materials. In this block course you will be introduced to the basic chemistry of the crosslinking reaction of epoxies and amine hardeners and the resulting properties. You will learn the fundamentals of fracture in a brittle polymer, based on linear elastic fracture mechanics (LEMF) and understand specific 21
applications Paul Scherrer Institut 16. Doppelblockkurs : Oberflächenphysik im und Molekülen an Oberflächen erarbeitet werden. Für NanojunctionLab am Paul Scherrer Institut den Bericht soll unter Anleitung und selbständig die J. Nowakowski, M. Baljozovic, D. Chylarecka, T.A. aktuelle wissenschaftliche Literatur gesucht werden, Jung und ein fokussierter Aspekt anhand der verfügbaren Max. 6 Studierende pro Semester Daten interpretiert und diskutiert werden. Eventuell besteht die Möglichkeit der Teilnahme an Am PSI sind Doppelblockkurse unter Experimenten im Rahmen einer Strahlzeit an der Einbezug des Synchrotrons möglich. (UV “Swiss Light Source”. Dies kann auf Wunsch bilateral und Röntgen Photoelektronenspektroskopie, vereinbart werden. Röntgenabsorptionsspektroskopie (engl. UPS, XPS, XAS) an der “Swiss Light Source” zusammen mit Kursbeschreibung: Rastertunnelmikroskopie (STM) im Labor. Doppelblockkurs, 2 Wochen Vollzeit, Unterkunft im PSI Gästehaus. Diese Projekte müssen individuell abgesprochen 2-3 Studierende pro Block, maximal 2 Blöcke pro werden. Semester. Zeitfenster nach Absprache, auch während den Voraussetzungen: Interesse für Oberflächenphysik Semesterferien möglich. und für disziplinenübergreifende Forschung (Physik, Chemie, numerische Simulationen) Weitere Informationen / Stellenausschreibungen: Veranstaltungsort: Paul Scherrer Institut, Villigen http://www.psi.ch/lmn/molecular-nanoscience PSI, http://www.psi.ch/lmn/molecular-nanoscience Mail: thomas.jung@psi.ch Projektbeschreibung: Einführende Literatur: Anhand eines konkreten Projektes mit Surface Science, Autor : K. Oura et al. Verlag: Bezug zu aktuellen Forschungsthemen wird Springer 2003, selbständig mit oberflächenphysikalischen und Oberflächenphysik des Festkörpers Autor: Henzler oberflächenchemischen Präparationstechniken, Martin/ Göpel Wolfgang Instrumenten und Charakterisierungstechniken Verlag: TEUBNER VERLAG ISBN: 3519130475 gearbeitet. Einkristalloberflächen werden atomar sauber präpariert, mit Elektronendiffraktion (engl. LEED), und Oberflächenspektroskopie (engl. XPS, UPS) charakterisiert und mit ultradünnen Materialschichten (Molekulare Materialien / Isolatoren ) bedeckt. Mit dem Rastertunnelmikroskop werden die so erzeugten Oberflächen abgebildet und die Daten analysiert und interpretiert. In Kombination dieser Methoden kann die atomare wie auch die elektronische ‚Struktur’ und chemische Koordination von Atomen 22
17. X-ray microscopy at the PSI Armin Kleibert, Joerg Raabe, and Frithjof Nolting 6 Studierende Prerequisite: Interest in solid state physics Location: Swiss Light Source, Paul Scherrer Institut, Villigen PSI, www.psi.ch\sls Minimum: 2 Maximum: 6 (students will work in groups of maximal 3 students) Learning the basics of X-ray absorption spectroscopy and microscopy and apply them to the study of magnetism at the nanoscale. Exploring the world of reduced dimensions in solid state physics is a challenging and rewarding research area. When the dimensions reach the nanometer scale, quantum mechanical and thermodynamic properties that are insignificant on macroscopic scales dominate more and more, resulting in new and interesting properties. In order to understand the behavior of magnetic systems in reduced dimensions the knowledge about the details of the magnetic domain structures is important. A powerful tool for this is imaging with X-rays since this combines absorption spectroscopy with high spatial resolution. Course outline: - Basic tutorials about X-ray absorption, X-ray magnetic dichroism and X-ray imaging - Carry out microscopy experiments at the PolLUX beamline (https://www.psi.ch/sls/pollux/pollux) using a scanning transmission X-ray micrscope (STXM) - Carry out microscopy experiments at the Surfaces/ Interfaces: Microscopy beamline (http://www.psi.ch/ sls/sim/sim) where you will operate a state-of-the-art photoemission electron microscope (PEEM) - Study the magnetic domain structures of systems in reduced dimensions Literature:J. Stöhr, H.C. Siegmann, Magnetism, (Springer, Berlin, 2006) 23
23. Micro- and nanofabrication of surface topographies Name Kursverantwortlicher: M. Bednarzik, topological and chemical structures: H. Schift fabrication of stamps, polymer molding Ort: Paul Scherrer Institut, 5232 Villigen PSI by nanoimprint lithography, residual layer Dauer und Art des Kurses: 1 week intensive etching, pattern transfer, surface modification; laboratory course · Quality control and characterization: optical Maximale Teilnehmerzahl: max. 4 Studierende microscopy, interferometric film thickness (mind. 3) determination, surface profiling, scanning electron microscopy. No matter, in which field of nanotechnology (nanoelectronics, medical devices, sensors, In this course the students will get acquainted scanning-probe instrumentation etc.) the students with with the most important processes in micro- and will specialize later on, it is very likely that they nanofabrication, including new lithographic will be confronted with problems of top-down techniques such as nanoimprint lithography. The microfabrication since the nano-devices, -structures students will take home different topological and or –components are very often embedded in a chemical structures for further characterisation. microfabricated environment. This one week Goals of this course are: intensive laboratory course therefore focusses on top-down micro- and nanofabrication technologies · Get hands-on experience with the most in a state-of-the-art clean room environment. The important microfabrication technologies small group of students will be accompanied by an · Understand the basics and the mechanisms of instructor (a process technician or an engineer). The microfabrication processes following topics will be treated during the course: · Introductory lecture on clean room design and · Learn how to properly work in a professional operation, laboratory safety and emergency clean room environment instructions; · Thin film technologies: metal evaporation Further information: with e-gun evaporator, deposition of silicon- https://www.psi.ch/lmn/ nitride by plasma-enhanced chemical vapour Dr. H. Schift, Paul Scherrer Institut deposition; Tel.: 056 310 28 39 · Pattern definition by photolithography, helmut.schift@psi.ch electron beam lithography: resist spin-coat, pre-bake, exposure, development, hardbake. · Pattern transfer: wet etching, dry etching processes, resist stripping, lift-off; · Replication patterning techniques of 24
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