Mai 2020 - Begleitheft/ Manual Informationen zur Testdurchführung Bakterien- und Pilzgenom-Nachweis Manual of Qualification Control Testing of ...
←
→
Transkription von Seiteninhalten
Wenn Ihr Browser die Seite nicht korrekt rendert, bitte, lesen Sie den Inhalt der Seite unten
Mai
2020
Begleitheft/ Manual
Informationen zur Testdurchführung
Bakterien- und Pilzgenom- Nachweis
Manual of Qualification Control Testing
of Bacterial Fungal Genome DetectionRingversuche Online System
Ergebniseingabe
Die Eingabe der Ringversuchsergebnisse erfolgt ausschließlich
im INSTAND RV-Online System.
Bitte benutzen Sie für die Ergebniseingabe folgenden Zugang
(https://rv-online.instandev.de/).
Das ist derselbe Zugang, den Sie bereits für Ihre Ringversuchsanmeldung
bei INSTAND e. V. verwenden.
Bei Fragen zum Gebrauch des INSTAND RV-Online Systems
wenden Sie sich bitte direkt an:
INSTAND e. V.
Tel: 0211–159213 0
E-Mail: support@instand-ev.de
EQAS Online system
result entry
Please enter your results in the INSTAND EQAS Online system using the link:
(http://rv-online.instandev.de/en.html) =>”EQAS Online” =>
”Ordering online and entering results”
This is the entry that you already use for your EQAS registration
with INSTAND e. V.
In case of questions regarding the EQAS Online system, please contact:
INSTAND e. V.
Phone: +49 (0)211-159213 0
E-Mail: support@instand-ev.de
Stand: 20.04.2020
2 / 40BAKTERIENGENOM-NACHWEIS BACTERIAL GENOME DETECTION
PCR-/NAT Chlamydia trachomatis PCR-/NAT Chlamydia trachomatis
& Neisseria gonorrhoeae (RV 530) & Neisseria gonorrhoeae (RV 530)
Chlamydia trachomatis & Neisseria Detection of Chlamydia trachomatis &
gonorrhoeae - Nachweis mittels PCR Neisseria gonorrhoeae by PCR or other
oder anderen Nukleinsäure- procedures for nucleic acid
Amplifikationstechniken (NAT) amplification & detection (NAA)
Information zur Testdurchführung Instructions for testing and
und Code-Nummern (2 Seiten) Code numbers (2 pages)
Vorsichtsmaßnahmen Precautions
Die Probenmaterialien wurden einer speziellen The samples in this panel were subjected to inactivation
Inaktivierungsmaßnahme unterzogen und sind daher nicht and they are not considered hazardous or capable of
mehr als potentiell infektiös zu betrachten. transmitting infection.
Probenvorbereitung Specimen preparation
Die Proben sind nach Erhalt bei 4°C zu lagern. Samples should be stored at 4°C upon receipt.
Als lyophilisiertes Untersuchungsmaterial sind die Proben The closed tubes should be briefly centrifuged to pellet
unmittelbar vor der Testung kurz zu zentrifugieren und dann the lyophilized material. Immediately before testing,
je in 300 µl sterilem Wasser (PCR-grade) aufzunehmen. renaturate the samples by adding 300 µl of sterile water
Die Proben sollten für 20 min. bei Raumtemperatur in (PCR-grade) and incubate at room temperature for 20
einem Thermoschüttler resuspendiert und/oder mehrfach min. on an orbital shaker and/or occasional vortexing.
gut gevortext werden. Anschließend sind 100 µl-Aliquots When the pellets are completely dissolved, the resulting
der Proben wie natives klinisches Probenmaterial mit der in suspensions should be considered as native clinical
Ihrem Labor angewandten Prozedur für die DNA-Extraktion specimens and 100 µl aliquots processed as such using
und dem C. trachomatis und N. gonorrhoeae-PCR/NAT typical protocols for DNA extraction and C. trachomatis
Nachweis zu untersuchen. & N. gonorrhoeae-PCR/NAA established in your routine
Anmerkung: bei kommerziellen Testsystemen können 100 µl-Aliquots der diagnostic setting.
Ringversuchsproben wie das Pellet zentrifugierter Urinproben abgearbeitet
Note: when using commercial assay systems, 100 µl aliquots of the
oder mit sterilem Wasser auf das erforderliche Mindestprobenvolumen des
renaturated samples can be processed like the sediment of centrifuged
entsprechenden Testsystems aufgefüllt werden.
urine specimens or filled up with sterile water to reach the minimal input
volume requested by the workup scheme of some commercial assays.
Testdurchführung und Ergebnisinterpretation
Das Konzept dieses Ringversuchs ist auf die Bestimmung Testing and reporting of results
von C. trachomatis und N. gonorrhoeae DNA im The concept of this proficiency panel is designed for
Probenmaterial ausgelegt. Da das Probenmaterial auch determination of C. trachomatis and N. gonorrhoeae DNA
Proteine, Bakterien und menschliche Zellen beinhaltet, ist in the sample material. The sophisticated composition of
die Durchführung und Interpretation von optionalen the sample matrix comprises of proteins, bacteria, and
Inhibitionskontrollen, die auf dem Nachweis humaner human cells next to the target organisms, thereby
Gensequenzen (wie z.B. ß-Globin) im Untersuchungsgut allowing for the application of optional inhibition controls
beruhen, möglich. targeting human genes (like ß-globin, etc.).
Benutzen Sie bitte die in Ihrem Labor routinemäßig Please apply the same methods for DNA extraction and
angewendeten Methoden und geben Sie alle Informationen amplification like you are using for the workup of routine
an. Primär werden in diesem Ringversuch nur qualitative clinical samples. Protocol and workflow characteristics
Angaben abgefragt. Die Ergebnisse bitte anhand der Code- should be specified in the Online Form according to the
Nummern als "positiv", "negativ/unterhalb der provided code numbers.
Nachweisgrenze", "inhibiert" oder "fraglich" angeben. Although only reporting of qualitative results is requested,
Die zusätzliche Angabe von quantitativen oder you are free to provide quantitative or semiquantitative
semiquantitativen Ergebnissen (+, +++, etc.) im data (e.g., +, +++) in the Comments column. The latter
Kommentarfeld ist für die genaue Analyse der information is voluntary, but very helpful for the final
Ringversuche sehr hilfreich und daher, wie alle anderen evaluation of this proficiency testing program.
Kommentare, stets willkommen.
Please fill in the results and information concerning
Bitte füllen Sie die Ergebnisse sowie die Angaben zur amplification, detection etc. only for the pathogens
Amplifikation, Detektion usw. nur bei den pathogenen you have examined. The evaluation is performed for
Erregern aus, die Sie untersucht haben. each identified pathogen or species.
Es erfolgt eine Zertifizierung pro befundetem Erreger
bzw. Spezies.
3 / 40BAKTERIENGENOM-NACHWEIS BACTERIAL GENOME DETECTION
CODE-Nummern CODE Numbers
PCR-/NAT Chlamydia trachomatis PCR-/NAT Chlamydia trachomatis
& Neisseria gonorrhoeae (RV 530) & Neisseria gonorrhoeae (RV 530)
Die Code Nummern für die Verschlüsselung Code numbers are subdivided into six groups.
sind in 6 Gruppen aufgeteilt. Although providing technical specifications of
Angaben unter den technischen Kategorien [I,III] the applied assays is highly desired for
bis [V] erfolgen auf freiwilliger Basis. Sie werden statistical purposes (individual data will be kept
vertraulich behandelt und dienen vor allem zu confidential), completing groups [I,III] to [V] is
statistischen Zwecken. on a voluntary basis.
Angaben unter [II und VI] sind verpflichtend. Completing of group [II and VI] is mandatory.
Gruppe [I] (DNA Extraktion) Group [I] (Sample preparation)
11: Proteinase K / Zentrifugensäulchen 11: Proteinase K / spin column
12: Kommerzieller DNA Extraktionskit ** 12: Commercial DNA extraction kit **
13: Phenol / Chloroform Extraktion 19: Andere ** 13: Phenol / chloroform extraction 19: Other **
Gruppe [II] (Amplifikation),weitere Kits siehe RV-Online Group [II] (Amplification), further kits see RV-online
GenProbe CT/NG LightMix CT/NG (TIB Molbiol) GenProbe CT/NG LightMix CT/NG (TIB Molbiol)
Roche COBAS Xpert CT/NG (Cepheid) Roche COBAS Xpert CT/NG (Cepheid)
BD ProbeTec CT/NG (Hain Lifescience) BD ProbeTec CT/NG (Hain Lifescience)
Abbott RealTime CT/NG Abbott RealTime CT/NG
27: Anderes kommerzielles Testsystem / Kit * ** 27: Other commercial assay / kit * **
28: In house PCR Protokoll 28: In house PCR assay
Gruppe [III] (Detektion / Identifizierung) Group [III] (Detection / identification)
31: Kommerzielles Testsystem (Codes 20-27) 31: Commercial assay system (codes 20-27)
32: Agarosegel Elektrophorese 32: Agarose gel electrophoresis
33: Hybridisierung mit markierten Sonden 33: Hybridization with labelled probe
34: Nested PCR 34: Nested PCR
35: Real-Time PCR 35: Real-Time PCR
37: DNA Sequenzierung 39: Andere ** 37: DNA sequencing 39: Other **
Gruppe [IV] (Positiv u/o Inhibitionskontrollen) Group [IV] (Positive and/or inhibition control)
41: Kommerzielles Testsystem (Codes 20-27) 41: Commercial assay system (codes 20-27)
42: Interne Kontrolle (rekombinantes Plasmid o.ä.) 42: Internal control (recombinant plasmid etc.)
43: Externe Kontrollen (Plasmid, ß-Globin Gen, etc.) 43: External controls (plasmid, ß-globin gene, etc.)
44: Genomische DNA d. entsprechenden Erregers 44: Genomic DNA of the corresponding pathogen
48: Andere ** 49: Keine Kontrollen durchgeführt 48: Other ** 49: No inhibition control applied
Gruppe [V] (Zielsequenz) Group [V] (Target gene)
51: Kommerzielles Testsystem (Codes 20-27) 51: Commercial assay system (codes 20-27)
52: Ribosomales Gen (16S rDNA, 23S rDNA) 52: Ribosomal gene (16S rDNA, 23S rDNA)
53: Bakterielles rpoB Gen 53: Bacterial rpoB gene
54: Kryptisches 7,5 kb Plasmid 59: Andere 54: Cryptic 7.5 kb plasmid 59: Other
Gruppe [VI] (Ergebnisse*) Group [VI] (Results*)
61: Positiv 63: Fraglich 61: Positive 63: Questionable
62: Negativ 64: Inhibition 62: Negative 64: Inhibition
* (weitere Kits siehe RV-Online) * (further kits see RV-online)
** (bitte unter Bemerkungen kurz erläutern) ** (please specify in the Comments section)
4 / 40BAKTERIENGENOM-NACHWEIS BACTERIAL GENOME DETECTION
PCR-/NAT Chlamydia trachomatis PCR-/NAA Chlamydia trachomatis
(RV 531) (RV 531)
Chlamydia trachomatis-Nachweis mittels PCR Detection of Chlamydia trachomatis by PCR
oder anderen Nukleinsäure- or other procedures for nucleic acid
Amplifikationstechniken (NAT) amplification & detection (NAA)
Information zur Testdurchführung Instructions for testing and
und Code-Nummern (2 Seiten) Code numbers (2 pages)
Vorsichtsmaßnahmen Precautions
Die Probenmaterialien wurden einer speziellen The samples in this panel were subjected to inactivation
Inaktivierungsmaßnahme unterzogen und sind daher nicht and they are not considered hazardous or capable of
mehr als potentiell infektiös zu betrachten. transmitting infection.
Probenvorbereitung Specimen preparation
Die Proben sind nach Erhalt bei 4°C zu lagern. Samples should be stored at 4°C upon receipt.
Als lyophilisiertes Untersuchungsmaterial sind die Proben The closed tubes should be briefly centrifuged to pellet
unmittelbar vor der Testung kurz zu zentrifugieren und dann the lyophilized material. Immediately before testing,
je in 300 µl sterilem Wasser (PCR-grade) aufzunehmen. renaturate the samples by adding 300 µl of sterile water
Die Proben sollten für 20 min. bei Raumtemperatur in (PCR-grade) and incubate at room temperature for 20
einem Thermoschüttler resuspendiert und/oder mehrfach min. on an orbital shaker and/or occasional vortexing.
gut gevortext werden. Anschließend sind 100 µl-Aliquots When the pellets are completely dissolved, the resulting
der Proben wie natives klinisches Probenmaterial mit der in suspensions should be considered as native clinical
Ihrem Labor angewandten Prozedur für die DNA-Extraktion specimens and 100 µl aliquots processed as such using
und dem C. trachomatis-PCR/NAT Nachweis zu typical protocols for DNA extraction and C. trachomatis-
untersuchen. PCR/NAA established in your routine diagnostic setting.
Anmerkung: bei kommerziellen Testsystemen können 100 µl-Aliquots der Note: when using commercial assay systems, 100 µl aliquots of the
Ringversuchsproben wie das Pellet zentrifugierter Urinproben abgearbeitet renaturated samples can be processed like the sediment of centrifuged
werden. urine specimens.
Testdurchführung und Ergebnisinterpretation Testing and reporting of results
Das Konzept dieses Ringversuchs ist auf die Bestimmung The concept of this proficiency panel is designed for
von C. trachomatis DNA im Probenmaterial ausgelegt. Da determination of C. trachomatis DNA in the sample
das Probenmaterial auch Proteine, Bakterien und material. The sophisticated composition of the sample
menschliche Zellen beinhaltet, ist die Durchführung und matrix comprises of proteins, bacteria, and human cells
Interpretation von optionalen Inhibitionskontrollen, die auf next to the target organisms, thereby allowing for the
dem Nachweis humaner Gensequenzen (wie z.B. ß-Globin) application of optional inhibition controls targeting human
im Untersuchungsgut beruhen, möglich. genes (like ß-globin, etc.).
Benutzen Sie bitte die in Ihrem Labor routinemäßig Please apply the same methods for DNA extraction and
angewendeten Methoden und geben Sie alle Informationen amplification like you are using for the workup of routine
an. Primär werden in diesem Ringversuch nur qualitative clinical samples. Protocol and workflow characteristics
Angaben abgefragt. Die Ergebnisse bitte anhand der Code- should be specified in the Online Form according to the
Nummern als "positiv", "negativ/ unterhalb der provided code numbers.
Nachweisgrenze", "inhibiert" oder "fraglich" angeben. Although only reporting of qualitative results is requested,
Die zusätzliche Angabe von quantitativen oder you are free to provide quantitative or semiquantitative
semiquantitativen Ergebnissen (+, +++, etc.) im data (e.g., +, +++) in the Comments column. The latter
Kommentarfeld ist für die genaue Analyse der information is voluntary, but very helpful for the final
Ringversuche sehr hilfreich und daher, wie alle anderen evaluation of this proficiency testing program.
Kommentare, stets willkommen.
5 / 40BAKTERIENGENOM-NACHWEIS BACTERIAL GENOME DETECTION
CODE-Nummern CODE Numbers
PCR-/NAT Chlamydia trachomatis (531) PCR-/NAA Chlamydia trachomatis (531)
Die Code Nummern für die Verschlüsselung Code numbers are subdivided into six groups.
sind in 6 Gruppen aufgeteilt. Although providing technical specifications of
Angaben unter den technischen Kategorien [I,III] the applied assays is highly desired for
bis [V] erfolgen auf freiwilliger Basis. Sie werden statistical purposes (individual data will be kept
vertraulich behandelt und dienen vor allem zu confidential), completing groups [I,III] to [V] is
statistischen Zwecken. on a voluntary basis.
Angaben unter [II und VI] sind verpflichtend. Completing of group [II and VI] is mandatory.
Gruppe [I] (DNA Extraktion) Group [I] (Sample preparation)
11: Proteinase K / Zentrifugensäulchen 11: Proteinase K / spin column
12: Kommerzieller DNA Extraktionskit ** 12: Commercial DNA extraction kit **
13: Phenol / Chloroform Extraktion 19: Andere ** 13: Phenol / chloroform extraction 19: Other **
Gruppe [II] (Amplifikation),weitere Kits siehe RV-Online Group [II] (Amplification),further kits see RV-online
CT (Hain Lifescience) LightMix CT (TIB Molbiol) CT (Hain Lifescience) LightMix CT (TIB Molbiol)
Roche COBAS CT Xpert CT/NG Cepheid) Roche COBAS CT Xpert CT/NG Cepheid)
BD ProbeTec artus CT Abbott CT/NG BD ProbeTec artus CT Abbott CT/NG
27: Anderes kommerzielles Testsystem / Kit * ** 27: Other commercial assay / kit * **
28: In house PCR Protokoll 28: In house PCR assay
Gruppe [III] (Detektion / Identifizierung) Group [III] (Detection / identification)
31: Kommerzielles Testsystem (Codes 20-27) 31: Commercial assay system (codes 20-27)
32: Agarosegel Elektrophorese 32: Agarose gel electrophoresis
33: Hybridisierung mit markierten Sonden 33: Hybridization with labelled probe
34: Nested PCR 34: Nested PCR
35: Real-Time PCR (TaqMan-Format) 35: Real-Time PCR (TaqMan format)
36: Real-Time PCR (LightCycler) 36: Real-Time PCR (LightCycler)
37: DNA Sequenzierung 39: Andere ** 37: DNA sequencing 39: Other **
Gruppe [IV] (Positiv u/o Inhibitionskontrollen) Group [IV] (Positive and/or inhibition control)
41: Kommerzielles Testsystem (Codes 20-27) 41: Commercial assay system (codes 20-27)
42: Interne Kontrolle (rekombinantes Plasmid o.ä.) 42: Internal control (recombinant plasmid etc.)
43: Externe Kontrollen (Plasmid, ß-Globin Gen, etc.) 43: External controls (plasmid, ß-globin gene, etc.)
44: Genomische DNA d. entsprechenden Erregers 44: Genomic DNA of the corresponding pathogen
48: Andere ** 49: Keine Kontrollen durchgeführt 48: Other ** 49: No inhibition control applied
Gruppe [V] (Zielsequenz) Group [V] (Target gene)
51: Kommerzielles Testsystem (Codes 20-27) 51: Commercial assay system (codes 20-27)
52: Ribosomales Gen (16S rDNA, 23S rDNA) 52: Ribosomal gene (16S rDNA, 23S rDNA)
53: Bakterielles rpoB Gen 53: Bacterial rpoB gene
54: Kryptisches 7,5 kb Plasmid 59: Andere 54: Cryptic 7.5 kb plasmid 59: Other**
**
Gruppe [VI] (Ergebnisse) Group [VI] (Results)
61: Positiv 63: Fraglich 61: Positive 63: Questionable
62: Negativ 64: Inhibition 62: Negative 64: Inhibition
* (weitere Kits siehe RV-Online) * (further kits see RV-online)
** (bitte unter Bemerkungen kurz erläutern) ** (please specify in the Comments section)
6 / 40BAKTERIENGENOM-NACHWEIS BACTERIAL GENOME DETECTION
PCR-/NAT Bordetella pertussis PCR-/NAA Bordetella pertussis
(RV 532) (RV 532)
Bordetella pertussis DNA-Nachweis mittels Detection of Bordetella pertussis DNA by
PCR oder anderen Nukleinsäure- PCR or other procedures for nucleic acid
Amplifikationstechniken (NAT) amplification & detection (NAA)
Information zur Testdurchführung Instructions for testing and
und Code-Nummern (2 Seiten) Code numbers (2 pages)
Vorsichtsmaßnahmen Precautions
Die Probenmaterialien wurden einer speziellen The samples in this panel were subjected to inactivation
Inaktivierungsmaßnahme unterzogen und sind daher and they are not considered hazardous or capable of
nicht mehr als potentiell infektiös zu betrachten. transmitting infection.
Probenvorbereitung Specimen preparation
Die Proben sind nach Erhalt bei 4°C zu lagern. Samples should be stored at 4°C upon receipt.
Als lyophilisiertes Untersuchungsmaterial sind die Proben The closed tubes should be briefly centrifuged to pellet
unmittelbar vor der Testung kurz zu zentrifugieren und the lyophilized material. Immediately before testing,
dann je in 300 µl sterilem Wasser (PCR-grade) renaturate the samples by adding 300 µl of sterile water
aufzunehmen. (PCR-grade) and incubate at room temperature for 20
Die Proben sollten für 20 min. bei Raumtemperatur in min. on an orbital shaker and/or occasional vortexing.
einem Thermoschüttler resuspendiert und/oder mehrfach When the pellets are completely dissolved, the resulting
gut gevortext werden. Anschließend sind 100 µl-Aliquots suspensions should be considered as native clinical
der Proben wie natives klinisches Probenmaterial mit der specimens and 100 µl aliquots processed as such using
in Ihrem Labor angewandten Prozedur für die DNA- typical protocols for DNA extraction and B. pertussis-
Extraktion und dem B. pertussis-PCR/NAT Nachweis zu PCR/NAA established in your routine diagnostic setting.
untersuchen.
Testing and reporting of results
Testdurchführung und Ergebnisinterpretation The concept of this proficiency panel is designed for
Das Konzept dieses Ringversuchs ist auf die Bestimmung determination of B. pertussis DNA in the sample
von B. pertussis DNA im Probenmaterial ausgelegt. Da material. The sophisticated composition of the sample
das Probenmaterial auch Proteine, div. Bakterien und matrix comprises of proteins, bacteria, and human cells
menschliche Zellen beinhaltet, ist die Durchführung und next to the target organisms, thereby allowing for the
Interpretation von optionalen Inhibitionskontrollen, die auf application of optional inhibition controls targeting human
dem Nachweis humaner Gensequenzen (wie z.B. ß- genes (like ß-globin, etc.).
Globin) im Untersuchungsgut beruhen, möglich. Please apply the same methods for DNA extraction and
Benutzen Sie bitte die in Ihrem Labor routinemäßig amplification like you are using for the workup of routine
angewendeten Methoden und geben Sie alle clinical samples. Protocol and workflow characteristics
Informationen an. Primär werden in diesem Ringversuch should be specified in the Online Form according to the
nur qualitative Angaben abgefragt. Die Ergebnisse bitte provided code numbers.
anhand der Code-Nummern als "positiv", "negativ/ Although only reporting of qualitative results is
unterhalb der Nachweisgrenze", "inhibiert" oder "fraglich" requested, you are free to provide quantitative or
angeben. semiquantitative data (e.g., +, +++) in the Comments
Die zusätzliche Angabe von quantitativen oder column. The latter information is voluntary, but very
semiquantitativen Ergebnissen (+, +++, etc.) im helpful for the final evaluation of this proficiency testing
Kommentarfeld ist für die genaue Analyse der program.
Ringversuche sehr hilfreich und daher, wie alle anderen
Kommentare, stets willkommen.
7 / 40BAKTERIENGENOM-NACHWEIS BACTERIAL GENOME DETECTION
CODE-Nummern CODE Numbers
PCR-/NAT Bordetella pertussis (RV 532) PCR-/NAA Bordetella pertussis (RV 532)
Die Code Nummern für die Verschlüsselung sind Code numbers are subdivided into six
in 6 Gruppen aufgeteilt. groups. Although providing technical
Angaben unter den technischen Kategorien [I,III] specifications of the applied assays is highly
bis [V] erfolgen auf freiwilliger Basis. Sie werden desired for statistical purposes (individual
vertraulich behandelt und dienen vor allem zu data will be kept confidential), completing
statistischen Zwecken. groups [I,III] to [V] is on a voluntary basis.
Angaben unter [II und VI] sind verpflichtend. Completing of group [II and VI] is mandatory.
Gruppe [I] (DNA Extraktion) Group [I] (Sample preparation)
11: Proteinase K / Zentrifugensäulchen 11: Proteinase K / spin column
12: Kommerzieller DNA Extraktionskit ** 12: Commercial DNA extraction kit **
13: Phenol / Chloroform Extraktion 19: Andere ** 13: Phenol / chloroform extraction 19: Other **
Gruppe [II] (Amplifikation), weitere Kits siehe RV-Online Group [II] (Amplification),further kits see RV-online
LightMix BP Kit (TIB Molbiol) LightMix BP Kit (TIB Molbiol)
Diagenode B. pertussis (Mikrogen) Diagenode B. pertussis (Mikrogen)
B. pertussis / parapertussis PCR Kit (GeneProof) B. pertussis / parapertussis PCR Kit (GeneProof)
RIDAGENE Bordetella (r-Biopharm) RIDAGENE Bordetella (r-Biopharm)
Community acquired pneumonia bacteria (AID) Community acquired pneumonia bacteria (AID)
27: Anderes kommerzielles Testsystem / Kit * ** 27: Other commercial assay / kit * **
28: In house PCR Protokoll 28: In house PCR assay
Gruppe [III] (Detektion / Identifizierung) Group [III] (Detection / identification)
31: Kommerzielles Testsystem (Codes 20-27) 31: Commercial assay system (codes 20-27)
32: Agarosegel Elektrophorese 32: Agarose gel electrophoresis
33: Hybridisierung mit markierten Sonden 33: Hybridization with labelled probe
34: Nested PCR 34: Nested PCR
35: Real-Time PCR (TaqMan-Format) 35: Real-Time PCR (TaqMan format)
36: Real-Time PCR (LightCycler) 36: Real-Time PCR (LightCycler)
37: DNA Sequenzierung 39: Andere ** 37: DNA sequencing 39: Other **
Gruppe [IV] (Positiv u/o Inhibitionskontrollen) Group [IV] (Positive and/or inhibition control)
41: Kommerzielles Testsystem (Codes 20-27) 41: Commercial assay system (codes 20-27)
42: Interne Kontrolle (rekombinantes Plasmid o.ä.) 42: Internal control (recombinant plasmid etc.)
43: Externe Kontrollen (Plasmid, ß-Globin Gen, etc.) 43: External controls (plasmid, ß-globin gene, etc.)
44: Genomische DNA d. entsprechenden Erregers 44: Genomic DNA of the corresponding pathogen
48: Andere ** 49: Keine Kontrollen durchgeführt 48: Other ** 49: No inhibition control applied
Gruppe [V] (Zielsequenz) Group [V] (Target gene)
51: Kommerzielles Testsystem (Codes 20-27) 51: Commercial assay system (codes 20-27)
52: Ribosomales Gen (16S rDNA, 23S rDNA) 52: Ribosomal gene (16S rDNA, 23S rDNA)
53: Insertionssequenz IS 481 53: Insertion sequence IS 481
54: Pertussis Toxin Gen 59: Andere ** 54: Pertussis toxin gene 59: Other **
Gruppe [VI] (Ergebnisse) Group [VI] (Results)
61: Positiv 63: Fraglich 61: Positive 63: Questionable
62: Negativ 64: Inhibition 62: Negative 64: Inhibition
* (weitere Kits siehe RV-Online) 8 / 40
* (further kits see RV-online)
** (bitte unter Bemerkungen kurz erläutern) ** (please specify in the Comments section)BAKTERIENGENOM-NACHWEIS BACTERIAL GENOME DETECTION
PCR-/NAT Helicobacter pylori PCR-/NAA Helicobacter pylori
(RV 533) (RV 533)
Helicobacter pylori DNA-Nachweis mittels Detection of Helicobacter pylori DNA by
PCR oder anderen Nukleinsäure- PCR or other procedures for nucleic acid
Amplifikationstechniken (NAT) amplification & detection (NAA)
Instructions for testing and
Information zur Testdurchführung Code numbers (2 pages)
und Code-Nummern (2 Seiten)
Vorsichtsmaßnahmen Precautions
Die Probenmaterialien wurden einer speziellen The samples in this panel were subjected to inactivation
Inaktivierungsmaßnahme unterzogen und sind daher nicht and they are not considered hazardous or capable of
mehr als potentiell infektiös zu betrachten. transmitting infection.
Probenvorbereitung Specimen preparation
Die Proben sind nach Erhalt bei 4°C zu lagern. Samples should be stored at 4°C upon receipt.
Als lyophilisiertes Untersuchungsmaterial sind die Proben The closed tubes should be briefly centrifuged to pellet
unmittelbar vor der Testung kurz zu zentrifugieren und the lyophilized material. Immediately before testing,
dann je in 300 µl sterilem Wasser (PCR-grade) renaturate the samples by adding 300 µl of sterile water
aufzunehmen. (PCR-grade) and incubate at room temperature for 20
Die Proben sollten für 20 min. bei Raumtemperatur in min. on an orbital shaker and/or occasional vortexing.
einem Thermoschüttler resuspendiert und/oder mehrfach When the pellets are completely dissolved, the resulting
gut gevortext werden. Anschließend sind 100 µl-Aliquots suspensions should be considered as native clinical
der Proben wie natives klinisches Probenmaterial mit der in specimens and 100 µl aliquots processed as such using
Ihrem Labor angewandten Prozedur für die DNA-Extraktion typical protocols for DNA extraction and H. pylori-
und dem H. pylori-PCR/NAT Nachweis zu untersuchen. PCR/NAA established in your routine diagnostic setting.
Testdurchführung und Ergebnisinterpretation Testing and reporting of results
Das Konzept dieses Ringversuchs ist auf die Bestimmung The concept of this proficiency panel is designed for
von H. pylori DNA im Probenmaterial ausgelegt. Da das determination of H. pylori DNA in the sample material.
Probenmaterial auch Proteine, div. Bakterien und The sophisticated composition of the sample matrix
menschliche Zellen beinhaltet, ist die Durchführung und comprises of proteins, bacteria, and human cells next to
Interpretation von optionalen Inhibitionskontrollen, die auf the target organisms, thereby allowing for the application
dem Nachweis humaner Gensequenzen (wie z.B. ß-Globin) of optional inhibition controls targeting human genes (like
im Untersuchungsgut beruhen, möglich. ß-globin, etc.).
Benutzen Sie bitte die in Ihrem Labor routinemäßig Please apply the same methods for DNA extraction and
angewendeten Methoden und geben Sie alle Informationen amplification like you are using for the workup of routine
an. Primär werden in diesem Ringversuch nur qualitative clinical samples. Protocol and workflow characteristics
Angaben abgefragt. Die Ergebnisse bitte anhand der Code- should be specified in the Online Form according to the
Nummern als "positiv", "negativ/ unterhalb der provided code numbers.
Nachweisgrenze", "inhibiert" oder "fraglich" angeben. Although only reporting of qualitative results is requested,
Die zusätzliche Angabe von quantitativen oder you are free to provide quantitative or semiquantitative
semiquantitativen Ergebnissen (+, +++, etc.) im data (e.g., +, +++) in the Comments column. The latter
Kommentarfeld ist für die genaue Analyse der information is voluntary, but very helpful for the final
Ringversuche sehr hilfreich und daher, wie alle anderen evaluation of this proficiency testing program.
Kommentare, stets willkommen.
9 / 40BAKTERIENGENOM-NACHWEIS BACTERIAL GENOME DETECTION
CODE-Nummern CODE Numbers
PCR-/NAT Helicobacter pylori (RV 533) PCR-/NAA Helicobacter pylori (RV 533)
Die Code Nummern für die Verschlüsselung Code numbers are subdivided into seven
sind in 7 Gruppen aufgeteilt. groups. Although providing technical
Angaben unter den technischen Kategorien [I,III] specifications of the applied assays is highly
bis [V] sowie [VII] erfolgen auf freiwilliger Basis. desired for statistical purposes (individual
Sie werden vertraulich behandelt und dienen vor data will be kept confidential), completing
allem zu statistischen Zwecken. groups [I,III] to [V], and [VII], is voluntary.
Angaben unter [II und VI] sind verpflichtend. Completing of group [II and VI] is mandatory.
Gruppe [I] (DNA Extraktion) Group [I] (Sample preparation)
11: Proteinase K / Zentrifugensäulchen 11: Proteinase K / spin column
12: Kommerzieller DNA Extraktionskit ** 12: Commercial DNA extraction kit **
13: Phenol / Chloroform Extraktion 19: Andere ** 13: Phenol / chloroform extraction 19: Other **
Gruppe [II] (Amplifikation), weitere Kits siehe RV-Online Group [II] (Amplification), further kits see RV-online
GenoType Helico (Hain) ClariRes (Ingenetix) GenoType Helico (Hain) ClariRes (Ingenetix)
RIDAGENE H.pylori (r-Biopharm) RIDAGENE H.pylori (r-Biopharm)
27: Anderes kommerzielles Testsystem / Kit * ** 27: Other commercial assay / kit * **
28: In house PCR Protokoll 28: In house PCR assay
Gruppe [III] (Detektion / Identifizierung) Group [III] (Detection / identification)
31: Kommerzielles Testsystem (Codes 20-27) 31: Commercial assay system (codes 20-27)
32: Agarosegel Elektrophorese 32: Agarose gel electrophoresis
33: Hybridisierung mit markierten Sonden 33: Hybridization with labelled probe
34: Nested PCR 34: Nested PCR
35: Real-Time PCR (TaqMan-Format) 35: Real-Time PCR (TaqMan format)
36: Real-Time PCR (LightCycler) 36: Real-Time PCR (LightCycler)
37: DNA Sequenzierung 37: DNA sequencing
Gruppe [IV] (Positiv u/o Inhibitionskontrollen) Group [IV] (Positive and/or inhibition control)
41: Kommerzielles Testsystem (Codes 20-27) 41: Commercial assay system (codes 20-27)
42: Interne Kontrolle (rekombinantes Plasmid o.ä.) 42: Internal control (recombinant plasmid etc.)
43: Externe Kontrollen (Plasmid, ß-Globin Gen, etc.) 43: External controls (plasmid, ß-globin gene, etc.)
44: Genomische DNA d. entsprechenden Erregers 44: Genomic DNA of the corresponding pathogen
48: Andere ** 49: Keine Kontrollen durchgeführt 48: Other ** 49: No inhibition control applied
Gruppe [V] (Zielsequenz) Group [V] (Target gene)
51: Kommerzielles Testsystem (Codes 20-27) 51: Commercial assay system (codes 20-27)
52: Ribosomales Gen (16S rDNA, 23S rDNA) 52: Ribosomal gene (16S rDNA, 23S rDNA)
53: Urease Gen 59: Andere ** 53: Urease gene 59: Other **
Gruppe [VI] (Ergebnisse) Group [VI] (Results)
61: Positiv 63: Fraglich 61: Positive 63: Questionable
62: Negativ 64: Inhibition 62: Negative 64: Inhibition
Gruppe [VII] (Molekulare Resistenztestung) Group [VII] (Molecular susceptibility testing)
71: Vermeintlich Clarithromycin-resistent 71: Presumably Clarithromycin-resistant
72: Vermeintlich Clarithromycin-sensibel 72: Presumably Clarithromycin-susceptible
* (weitere Kits siehe RV-Online) * (further kits see RV-online)
** (bitte unter Bemerkungen kurz erläutern) 10 / 40
** (please specify in the Comments section)BAKTERIENGENOM-NACHWEIS BACTERIAL GENOME DETECTION
PCR-/NAT EHEC / STEC PCR-/NAA EHEC / STEC
(RV 534) (RV 534)
EHEC / STEC DNA-Nachweis mittels PCR Detection of EHEC / STEC DNA by PCR
oder anderen Nukleinsäure- or other procedures for nucleic acid
Amplifikationstechniken (NAT) amplification & detection (NAA)
Information zur Testdurchführung Instructions for testing and
und Code-Nummern (2 Seiten) Code numbers (2 pages)
Vorsichtsmaßnahmen Precautions
Die Probenmaterialien wurden einer speziellen The samples in this panel were subjected to
Inaktivierungsmaßnahme unterzogen und sind daher nicht inactivation and they are not considered hazardous or
mehr als potentiell infektiös zu betrachten. capable of transmitting infection.
Probenvorbereitung Specimen preparation
Die Proben sind nach Erhalt bei 4°C zu lagern. Samples should be stored at 4°C upon receipt.
Als lyophilisiertes Untersuchungsmaterial sind die Proben The closed tubes should be briefly centrifuged to pellet
unmittelbar vor der Testung kurz zu zentrifugieren und the lyophilized material. Immediately before testing,
dann je in 300 µl sterilem Wasser (PCR-grade) renaturate the samples by adding 300 µl of sterile
aufzunehmen. water (PCR-grade) and incubate at room temperature
Die Proben sollten für 20 min. bei Raumtemperatur in for 20 min. on an orbital shaker and/or occasional
einem Thermoschüttler resuspendiert und/oder mehrfach vortexing.
gut gevortext werden. Anschließend sind 100 µl-Aliquots When the pellets are completely dissolved, the
der Proben wie natives klinisches Probenmaterial mit der in resulting suspensions should be considered as native
Ihrem Labor angewandten Prozedur für die DNA-Extraktion clinical specimens and 100 µl aliquots processed as
und dem EHEC/STEC-PCR/NAT Nachweis zu such using typical protocols for DNA extraction and
untersuchen. EHEC/STEC-PCR/NAA established in your routine
diagnostic setting.
Testdurchführung und Ergebnisinterpretation
Das Konzept dieses Ringversuchs ist auf die Bestimmung Testing and reporting of results
von EHEC/STEC DNA im Probenmaterial ausgelegt. Da The concept of this proficiency panel is designed for
das Probenmaterial auch Proteine, div. Bakterien und determination of EHEC/STEC DNA in the sample
menschliche Zellen beinhaltet, ist die Durchführung und material. The sophisticated composition of the sample
Interpretation von optionalen Inhibitionskontrollen, die auf matrix comprises of proteins, bacteria, and human cells
dem Nachweis humaner Gensequenzen (wie z.B. ß-Globin) next to the target organisms, thereby allowing for the
im Untersuchungsgut beruhen, möglich. application of optional inhibition controls targeting
Benutzen Sie bitte die in Ihrem Labor routinemäßig human genes (like ß-globin, etc.).
angewendeten Methoden und geben Sie alle Informationen Please apply the same methods for DNA extraction
an. Primär werden in diesem Ringversuch nur qualitative and amplification like you are using for the workup of
Angaben abgefragt. Die Ergebnisse bitte anhand der Code- routine clinical samples. Protocol and workflow
Nummern als "positiv", "negativ/ unterhalb der characteristics should be specified in the Online Form
Nachweisgrenze", "inhibiert" oder "fraglich" angeben. according to the provided code numbers.
Die zusätzliche Angabe von quantitativen oder Although only reporting of qualitative results is
semiquantitativen Ergebnissen (+, +++, etc.) im requested, you are free to provide quantitative or
Kommentarfeld ist für die genaue Analyse der semiquantitative data (e.g., +, +++) in the Comments
Ringversuche sehr hilfreich und daher, wie alle anderen column. The latter information is voluntary, but very
Kommentare, stets willkommen. helpful for the final evaluation of this proficiency testing
program.
11 / 40BAKTERIENGENOM-NACHWEIS BACTERIAL GENOME DETECTION
CODE-Nummern CODE Numbers
PCR-/NAT EHEC / STEC (RV 534) PCR-/NAA EHEC / STEC (RV 534)
Die Code Nummern für die Verschlüsselung sind Code numbers are subdivided into seven
in 7 Gruppen aufgeteilt. groups. Although providing technical
Angaben unter den technischen Kategorien [I,III] specifications of the applied assays is highly
bis [V] sowie [VII] erfolgen auf freiwilliger Basis. desired for statistical purposes (individual
Sie werden vertraulich behandelt und dienen vor data will be kept confidential), completing
allem zu statistischen Zwecken. groups [I,III] to [V], and [VII], is voluntary.
Angaben unter [II und VI] sind verpflichtend. Completing of group [II and VI] is mandatory.
Gruppe [I] (DNA Extraktion) Group [I] (Sample preparation)
11: Proteinase K / Zentrifugensäulchen 11: Proteinase K / spin column
12: Kommerzieller DNA Extraktionskit ** 12: Commercial DNA extraction kit **
13: Phenol / Chloroform Extraktion 19: Andere ** 13: Phenol / chloroform extraction 19: Other **
Gruppe [II] (Amplifikation), weitere Kits siehe RV-Online Group [II] (Amplification), further kits see RV-online
GenoType EHEC (Hain Lifescience) GenoType EHEC (Hain Lifescience)
RIDAGENE (r-Biopharm) RIDAGENE (r-Biopharm)
27: Anderes kommerzielles Testsystem / Kit * ** 27: Other commercial assay / kit * **
28: In house PCR Protokoll 28: In house PCR assay
Gruppe [III] (Detektion / Identifizierung) Group [III] (Detection / identification)
31: Kommerzielles Testsystem (Codes 20-27) 31: Commercial assay system (codes 20-27)
32: Agarosegel Elektrophorese 32: Agarose gel electrophoresis
33: Hybridisierung mit markierten Sonden 33: Hybridization with labelled probe
34: Nested PCR 34: Nested PCR
35: Real-Time PCR (TaqMan-Format) 35: Real-Time PCR (TaqMan format)
36: Real-Time PCR (LightCycler) 36: Real-Time PCR (LightCycler)
37: DNA Sequenzierung 39: Andere ** 37: DNA sequencing 39: Other **
Gruppe [IV] (Positiv u/o Inhibitionskontrollen) Group [IV] (Positive and/or inhibition control)
41: Kommerzielles Testsystem (Codes 20-27) 41: Commercial assay system (codes 20-27)
42: Interne Kontrolle (rekombinantes Plasmid o.ä.) 42: Internal control (recombinant plasmid etc.)
43: Externe Kontrollen (Plasmid, ß-Globin Gen, etc.) 43: External controls (plasmid, ß-globin gene, etc.)
44: Genomische DNA d. entsprechenden Erregers 44: Genomic DNA of the corresponding pathogen
48: Andere ** 49: Keine Kontrollen durchgeführt 48: Other ** 49: No inhibition control applied
Gruppe [V] (Zielsequenz) Group [V] (Target gene)
51: Kommerzielles Testsystem (Codes 20-27) 51: Commercial assay system (codes 20-27)
52: Shiga-Toxin Gene (stx1, stx2) 59: Andere ** 52: Shiga toxin genes (stx1, stx2) 59: Other **
Gruppe [VI] (Ergebnisse) Group [VI] (Results)
61: Positiv 63: Fraglich 61: Positive 63: Questionable
62: Negativ 64: Inhibition 62: Negative 64: Inhibition
Gruppe [VII] (Molekulare Subtypisierung) Group [VII] (Molecular subtyping)
71: stx1 71: stx1
72: stx2 73: stx2c 74: stx2d 75: stx2e 76: stx2f 72: stx2 73: stx2c 74: stx2d 75: stx2e 76: stx2f
77: eae 78: E-hly (hlyA) 79: Andere ** 77: eae 78: E-hly (hlyA) 79: Other **
* (weitere Kits siehe RV-Online) * (further kits see RV-online)
12 / 40
** (bitte unter Bemerkungen kurz erläutern) ** (please specify in the Comments section)BAKTERIENGENOM-NACHWEIS BACTERIAL GENOME DETECTION
PCR-/NAT Borrelia burgdorferi PCR-/NAA Borrelia burgdorferi
(RV 535) (RV 535)
Borrelia burgdorferi DNA-Nachweis mittels Detection of Borrelia burgdorferi DNA by
PCR oder anderen Nukleinsäure- PCR or other procedures for nucleic acid
Amplifikationstechniken (NAT) amplification & detection (NAA)
Information zur Testdurchführung Instructions for testing and
und Code Nummern (2 Seiten) Code numbers (2 pages)
Vorsichtsmaßnahmen Precautions
Die Probenmaterialien wurden einer speziellen The samples in this panel were subjected to inactivation
Inaktivierungsmaßnahme unterzogen und sind daher nicht and they are not considered hazardous or capable of
mehr als potentiell infektiös zu betrachten. transmitting infection.
Probenvorbereitung Specimen preparation
Die Proben sind nach Erhalt bei 4°C zu lagern. Samples should be stored at 4°C upon receipt.
Als lyophilisiertes Untersuchungsmaterial sind die Proben The closed tubes should be briefly centrifuged to pellet
unmittelbar vor der Testung kurz zu zentrifugieren und the lyophilized material. Immediately before testing,
dann je in 300 µl sterilem Wasser (PCR-grade) renaturate the samples by adding 300 µl of sterile water
aufzunehmen. (PCR-grade) and incubate at room temperature for 20
Die Proben sollten für 20 min. bei Raumtemperatur in min. on an orbital shaker and/or occasional vortexing.
einem Thermoschüttler resuspendiert und/oder mehrfach When the pellets are completely dissolved, the resulting
gut gevortext werden. Anschließend sind 100 µl-Aliquots suspensions should be considered as native clinical
der Proben wie natives klinisches Probenmaterial mit der in specimens and 100 µl aliquots processed as such using
Ihrem Labor angewandten Prozedur für die DNA-Extraktion typical protocols for DNA extraction and B. burgdorferi-
und dem B. burgdorferi-PCR/NAT Nachweis zu PCR/NAA established in your routine diagnostic setting.
untersuchen.
Testing and reporting of results
Testdurchführung und Ergebnisinterpretation The concept of this proficiency panel is designed for
Das Konzept dieses Ringversuchs ist auf die Bestimmung determination of B. burgdorferi sensu lato DNA in the
von B. burgdorferi sensu lato DNA im Probenmaterial sample material. The sophisticated composition of the
ausgelegt. Da das Probenmaterial auch Proteine, div. sample matrix comprises of proteins, bacteria, and
Bakterien und menschliche Zellen beinhaltet, ist die human cells next to the target organisms, thereby
Durchführung und Interpretation von optionalen allowing for the application of optional inhibition controls
Inhibitionskontrollen, die auf dem Nachweis humaner targeting human genes (like ß-globin, etc.).
Gensequenzen (wie z.B. ß-Globin) im Untersuchungsgut Please apply the same methods for DNA extraction and
beruhen, möglich. amplification like you are using for the workup of routine
Benutzen Sie bitte die in Ihrem Labor routinemäßig clinical samples. Protocol and workflow characteristics
angewendeten Methoden und geben Sie alle Informationen should be specified in the Online Form according to the
an. Primär werden in diesem Ringversuch nur qualitative provided code numbers.
Angaben abgefragt. Die Ergebnisse bitte anhand der Although only reporting of qualitative results is
Code-Nummern als "positiv", "negativ/ unterhalb der requested, you are free to provide quantitative or
Nachweisgrenze", "inhibiert" oder "fraglich" angeben. semiquantitative data (e.g., +, +++) in the Comments
Die zusätzliche Angabe von quantitativen oder column. The latter information is voluntary, but very
semiquantitativen Ergebnissen (+, +++, etc.) im helpful for the final evaluation of this proficiency testing
Kommentarfeld ist für die genaue Analyse der program.
Ringversuche sehr hilfreich und daher, wie alle anderen
Kommentare, stets willkommen.
13 / 40BAKTERIENGENOM-NACHWEIS BACTERIAL GENOME DETECTION
CODE-Nummern CODE Numbers
PCR-/NAT Borrelia burgdorferi (535) PCR-/NAA Borrelia burgdorferi (535)
Die Code Nummern für die Verschlüsselung sind Code numbers are subdivided into six
in 6 Gruppen aufgeteilt. groups. Although providing technical
Angaben unter den technischen Kategorien [I,III] specifications of the applied assays is highly
bis [V] erfolgen auf freiwilliger Basis. Sie werden desired for statistical purposes (individual
vertraulich behandelt und dienen vor allem zu data will be kept confidential), completing
statistischen Zwecken. groups [I,III] to [V] is on a voluntary basis.
Angaben unter [II und VI] sind verpflichtend. Completing of group [II and VI] is mandatory.
Gruppe [I] (DNA Extraktion) Group [I] (Sample preparation)
11: Proteinase K / Zentrifugensäulchen 11: Proteinase K / spin column
12: Kommerzieller DNA Extraktionskit ** 12: Commercial DNA extraction kit **
13: Phenol / Chloroform Extraktion 19: Andere ** 13: Phenol / chloroform extraction 19: Other **
Gruppe [II] (Amplifikation), weitere Kits siehe RV-Online Group [II] (Amplification) further kits see RV-online
artus Borrelia LC kit (Qiagen) artus Borrelia LC kit (Qiagen)
B. burgdorferi PCR Kit (Gene Proof) B. burgdorferi PCR kit (Gene Proof)
LightMix Kit Borrelia (TIB Molbiol) LightMix kit Borrelia (TIB Molbiol)
27: Anderes kommerzielles Testsystem / Kit * ** 27: Other commercial assay / kit * **
28: In house PCR Protokoll 28: In house PCR assay
Gruppe [III] (Detektion / Identifizierung) Group [III] (Detection / identification)
31: Kommerzielles Testsystem (Codes 20-27) 31: Commercial assay system (codes 20-27)
32: Agarosegel Elektrophorese 32: Agarose gel electrophoresis
33: Hybridisierung mit markierten Sonden 33: Hybridization with labelled probe
34: Nested PCR 34: Nested PCR
35: Real-Time PCR (TaqMan-Format) 35: Real-Time PCR (TaqMan format)
36: Real-Time PCR (LightCycler) 36: Real-Time PCR (LightCycler)
37: DNA Sequenzierung 39: Andere ** 37: DNA sequencing 39: Other **
Gruppe [IV] (Positiv u/o Inhibitionskontrollen) Group [IV] (Positive and/or inhibition control)
41: Kommerzielles Testsystem (Codes 20-27) 41: Commercial assay system (codes 20-27)
42: Interne Kontrolle (rekombinantes Plasmid o.ä.) 42: Internal control (recombinant plasmid etc.)
43: Externe Kontrollen (Plasmid, ß-Globin Gen, etc.) 43: External controls (plasmid, ß-globin gene, etc.)
44: Genomische DNA d. entsprechenden Erregers 44: Genomic DNA of the corresponding pathogen
48: Andere ** 49: Keine Kontrollen durchgeführt 48: Other ** 49: No inhibition control applied
Gruppe [V] (Zielsequenz) Group [V] (Target gene)
51: Kommerzielles Testsystem (Codes 20-27) 51: Commercial assay system (codes 20-27)
52: Ribosomales Gen (16S rDNA, 23S rDNA) 52: Ribosomal gene (16S rDNA, 23S rDNA)
53: OspA Gen 53: OspA gene
54: Fla Gen 54: Fla gene
55: Ribosomale ITS Region 59: Andere ** 55: Ribosomal ITS region 59: Other **
Gruppe [VI] (Ergebnisse) Group [VI] (Results)
61: Positiv 63: Fraglich 61: Positive 63: Questionable
62: Negativ 64: Inhibition 62: Negative 64: Inhibition
* (weitere Kits siehe RV-Online) * (further kits see RV-online)
14 / 40
** (bitte unter Bemerkungen kurz erläutern) ** (please specify in the Comments section)BAKTERIENGENOM-NACHWEIS BACTERIAL GENOME DETECTION
PCR-/NAT Legionella pneumophila PCR-/NAA Legionella pneumophila
(RV 536) (RV 536)
Legionella pneumophila DNA-Nachweis Detection of Legionella pneumophila DNA
mittels PCR oder anderen Nukleinsäure- by PCR or other procedures for nucleic
Amplifikationstechniken (NAT) acid amplification & detection (NAA)
Information zur Testdurchführung Instructions for testing and
und Code Nummern (2 Seiten) Code numbers (2 pages)
Vorsichtsmaßnahmen Precautions
Die Probenmaterialien wurden einer speziellen The samples in this panel were subjected to inactivation
Inaktivierungsmaßnahme unterzogen und sind daher nicht and they are not considered hazardous or capable of
mehr als potentiell infektiös zu betrachten. transmitting infection.
Probenvorbereitung Specimen preparation
Die Proben sind nach Erhalt bei 4°C zu lagern. Samples should be stored at 4°C upon receipt.
Als lyophilisiertes Untersuchungsmaterial sind die Proben The closed tubes should be briefly centrifuged to pellet
unmittelbar vor der Testung kurz zu zentrifugieren und the lyophilized material. Immediately before testing,
dann je in 300 µl sterilem Wasser (PCR-grade) renaturate the samples by adding 300 µl of sterile water
aufzunehmen. (PCR-grade) and incubate at room temperature for 20
Die Proben sollten für 20 min. bei Raumtemperatur in min. on an orbital shaker and/or occasional vortexing.
einem Thermoschüttler resuspendiert und/oder mehrfach When the pellets are completely dissolved, the resulting
gut gevortext werden. Anschließend sind 100 µl-Aliquots suspensions should be considered as native clinical
der Proben wie natives klinisches Probenmaterial mit der in specimens and 100 µl aliquots processed as such using
Ihrem Labor angewandten Prozedur für die DNA-Extraktion typical protocols for DNA extraction and L.
und dem L. pneumophila-PCR/NAT Nachweis zu pneumophila-PCR/NAA established in your routine
untersuchen. diagnostic setting.
Testdurchführung und Ergebnisinterpretation Testing and reporting of results
Das Konzept dieses Ringversuchs ist auf die Bestimmung The concept of this proficiency panel is designed for
von L. pneumophila DNA im Probenmaterial ausgelegt. Da determination of L. pneumophila DNA in the sample
das Probenmaterial auch Proteine, div. Bakterien und material. The sophisticated composition of the sample
menschliche Zellen beinhaltet, ist die Durchführung und matrix comprises of proteins, bacteria, and human cells
Interpretation von optionalen Inhibitionskontrollen, die auf next to the target organisms, thereby allowing for the
dem Nachweis humaner Gensequenzen (wie z.B. ß- application of optional inhibition controls targeting
Globin) im Untersuchungsgut beruhen, möglich. human genes (like ß-globin, etc.).
Benutzen Sie bitte die in Ihrem Labor routinemäßig Please apply the same methods for DNA extraction and
angewendeten Methoden und geben Sie alle Informationen amplification like you are using for the workup of routine
an. Primär werden in diesem Ringversuch nur qualitative clinical samples. Protocol and workflow characteristics
Angaben abgefragt. Die Ergebnisse bitte anhand der should be specified in the Online Form according to the
Code-Nummern als "positiv", "negativ/ unterhalb der provided code numbers.
Nachweisgrenze", "inhibiert" oder "fraglich" angeben. Although only reporting of qualitative results is
Die zusätzliche Angabe von quantitativen oder requested, you are free to provide quantitative or
semiquantitativen Ergebnissen (+, +++, etc.) im semiquantitative data (e.g., +, +++) in the Comments
Kommentarfeld ist für die genaue Analyse der column. The latter information is voluntary, but very
Ringversuche sehr hilfreich und daher, wie alle anderen helpful for the final evaluation of this proficiency testing
Kommentare, stets willkommen. program.
15 / 40BAKTERIENGENOM-NACHWEIS BACTERIAL GENOME DETECTION
CODE-Nummern CODE Numbers
PCR-/NAT Legionella pneumophila (536) PCR-/NAA Legionella pneumophila (536)
Die Code Nummern für die Verschlüsselung sind Code numbers are subdivided into six
in 6 Gruppen aufgeteilt. groups. Although providing technical
Angaben unter den technischen Kategorien [I,III] specifications of the applied assays is highly
bis [V] erfolgen auf freiwilliger Basis. Sie werden desired for statistical purposes (individual
vertraulich behandelt und dienen vor allem zu data will be kept confidential), completing
statistischen Zwecken. groups [I,III] to [V] is on a voluntary basis.
Angaben unter [II und VI] sind verpflichtend. Completing of group [II and VI] is mandatory.
Gruppe [I] (DNA Extraktion) Group [I] (Sample preparation)
11: Proteinase K / Zentrifugensäulchen 11: Proteinase K / spin column
12: Kommerzieller DNA Extraktionskit ** 12: Commercial DNA extraction kit **
13: Phenol / Chloroform Extraktion 19: Andere ** 13: Phenol / chloroform extraction 19: Other **
Gruppe [II] (Amplifikation), weitere Kits siehe RV-Online Group [II] (Amplification), further kits see RV-online
LightMix Kit Legionella (TIB Molbiol) LightMix kit Legionella (TIB Molbiol)
Community acquired pneumonia bacteria (AID) Community acquired pneumonia bacteria (AID)
RIDAGENE Legionella Kit (r-Biopharm) RIDAGENE Legionella kit (r-Biopharm)
27: Anderes kommerzielles Testsystem / Kit * ** 27: Other commercial assay / kit * **
28: In house PCR Protokoll 28: In house PCR assay
Gruppe [III] (Detektion / Identifizierung) Group [III] (Detection / identification)
31: Kommerzielles Testsystem (Codes 20-27) 31: Commercial assay system (codes 20-27)
32: Agarosegel Elektrophorese 32: Agarose gel electrophoresis
33: Hybridisierung mit markierten Sonden 33: Hybridization with labelled probe
34: Nested PCR 34: Nested PCR
35: Real-Time PCR (TaqMan-Format) 35: Real-Time PCR (TaqMan format)
36: Real-Time PCR (LightCycler) 36: Real-Time PCR (LightCycler)
37: DNA Sequenzierung 39: Andere ** 37: DNA sequencing 39: Other **
Gruppe [IV] (Positiv u/o Inhibitionskontrollen) Group [IV] (Positive and/or inhibition control)
41: Kommerzielles Testsystem (Codes 20-27) 41: Commercial assay system (codes 20-27)
42: Interne Kontrolle (rekombinantes Plasmid o.ä.) 42: Internal control (recombinant plasmid etc.)
43: Externe Kontrollen (Plasmid, ß-Globin Gen, etc.) 43: External controls (plasmid, ß-globin gene, etc.)
44: Genomische DNA d. entsprechenden Erregers 44: Genomic DNA of the corresponding pathogen
48: Andere ** 49: Keine Kontrollen durchgeführt 48: Other ** 49: No inhibition control applied
Gruppe [V] (Zielsequenz) Group [V] (Target gene)
51: Kommerzielles Testsystem (Codes 20-27) 51: Commercial assay system (codes 20-27)
52: Ribosomales Gen (16S rDNA, 23S rDNA) 52: Ribosomal gene (16S rDNA, 23S rDNA)
53: mip Gen 53: mip gene
54: omp Gen 54: omp gene
55: Ribosomale ITS Region 59: Andere ** 55: Ribosomal ITS region 59: Other **
Gruppe [VI] (Ergebnisse) Group [VI] (Results)
61: Positiv 63: Fraglich 61: Positive 63: Questionable
62: Negativ 64: Inhibition 62: Negative 64: Inhibition
* (weitere Kits siehe RV-Online) * (further kits see RV-online)
** (bitte unter Bemerkungen kurz erläutern) 16 / 40 ** (please specify in the Comments section)BAKTERIENGENOM-NACHWEIS BACTERIAL GENOME DETECTION
PCR-/NAT Salmonella enterica PCR-/NAA Salmonella enterica
(RV 537) (RV 537)
(RV 437)
Salmonella enterica DNA-Nachweis mittels Detection of Salmonella enterica DNA by
PCR oder anderen Nukleinsäure- PCR or other procedures for nucleic acid
Amplifikationstechniken (NAT) amplification & detection (NAA)
Information zur Testdurchführung Instructions for testing and
und Code Nummern (2 Seiten) Code numbers (2 pages)
Vorsichtsmaßnahmen
Die Probenmaterialien wurden einer speziellen Precautions
Inaktivierungsmaßnahme unterzogen und sind daher nicht The samples in this panel were subjected to inactivation
mehr als potentiell infektiös zu betrachten. and they are not considered hazardous or capable of
transmitting infection.
Probenvorbereitung
Die Proben sind nach Erhalt bei 4°C zu lagern. Specimen preparation
Als lyophilisiertes Untersuchungsmaterial sind die Proben Samples should be stored at 4°C upon receipt.
unmittelbar vor der Testung kurz zu zentrifugieren und The closed tubes should be briefly centrifuged to pellet
dann je in 300 µl sterilem Wasser (PCR-grade) the lyophilized material. Immediately before testing,
aufzunehmen. renaturate the samples by adding 300 µl of sterile water
Die Proben sollten für 20 min. bei Raumtemperatur in (PCR-grade) and incubate at room temperature for 20
einem Thermoschüttler resuspendiert und/oder mehrfach min. on an orbital shaker and/or occasional vortexing.
gut gevortext werden. Anschließend sind 100 µl-Aliquots When the pellets are completely dissolved, the resulting
der Proben wie eine Anreicherungskultur oder natives suspensions should be considered as enrichment broths
klinisches Probenmaterial mit der in Ihrem Labor or native clinical specimens and 100 µl aliquots
angewandten Prozedur für die DNA-Extraktion und dem processed as such using typical protocols for DNA
Salmonella enterica-PCR/NAT Nachweis zu untersuchen. extraction and Salmonella enterica-PCR/NAA
established in your routine diagnostic setting.
Testdurchführung und Ergebnisinterpretation
Das Konzept dieses Ringversuchs ist primär auf die Testing and reporting of results
Bestimmung von Salmonella enterica DNA im The concept of this proficiency panel is designed for
Probenmaterial ausgelegt. Auch der Einsatz von RNA- determination of Salmonella enterica DNA in the sample
gestützten Nachweisverfahren sollte möglich sein. Da das material. RNA should be detectable as well. The
Probenmaterial auch Proteine, div. Bakterien und sophisticated composition of the sample matrix
menschliche Zellen beinhaltet, ist die Durchführung und comprises of proteins, bacteria, and human cells next to
Interpretation von optionalen Inhibitionskontrollen, die auf the target organisms, thereby allowing for the
dem Nachweis humaner Gensequenzen (wie z.B. ß- application of optional inhibition controls targeting
Globin) im Untersuchungsgut beruhen, möglich. human genes (like ß-globin, etc.).
Benutzen Sie bitte die in Ihrem Labor routinemäßig Please apply the same methods for DNA extraction and
angewendeten Methoden und geben Sie alle Informationen amplification like you are using for the workup of routine
an. Primär werden in diesem Ringversuch nur qualitative clinical samples. Protocol and workflow characteristics
Angaben abgefragt. Die Ergebnisse bitte anhand der should be specified in the Online Form according to the
Code-Nummern als "positiv", "negativ/ unterhalb der provided code numbers. Although only reporting of
Nachweisgrenze", "inhibiert" oder "fraglich" angeben. Auch qualitative results for the presence or absence of S.
wenn nur die Richtigkeit der Ergebnisse für S. enterica enterica is requested, you are free to report the
bewertet werden, ist natürlich auch eine differenzierte corresponding serovars and/or to provide quantitative or
Angabe von Serovaren möglich. Die zusätzliche Angabe semiquantitative data (e.g., +, +++) in the Comments
von quantitativen oder semiquantitativen Ergebnissen (+, column. The latter information is voluntary, but very
+++, etc.) im Kommentarfeld ist für die genaue Analyse der helpful for the final evaluation of this proficiency testing
Ringversuche sehr hilfreich und daher, wie alle anderen program.
Kommentare, stets willkommen.
17 / 40Sie können auch lesen
