Möglichkeiten und Limitationen der NIPT - Fetale Chromosomenstörungen - Roche

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Möglichkeiten und Limitationen der NIPT - Fetale Chromosomenstörungen - Roche
Medizin | Fetale Chromosomenstörungen | Diagnostik im Dialog • Ausgabe 59 • 03/2019

Fetale Chromosomenstörungen
Möglichkeiten und Limitationen der NIPT
Dr. Kai Lüthgens, Labor Enders, Stuttgart
shutterstock/GagliardiImages

In den 1960er Jahren gelang durch Einfüh-         Die meisten fetalen Chromosomenstörungen         Blut zirkulierender fetaler DNA (zellfreie
rung der Amniozentese mit anschließender          treten mit zunehmendem Alter der Mutter          fetale DNA, cffDNA) neue Möglichkeiten.3
Chromosomenanalyse der im Fruchtwasser            häufiger auf. Daher galt lange Zeit das müt-     Schließlich wurde im Jahr 2008 erstmals der
enthaltenen fetalen Zellen erstmals der Nach-     terliche Alter als Hauptindikation für eine      Nachweis einer Trisomie 21 über cffDNA im
weis chromosomaler Störungen beim ungebo-         Amniozentese oder Chorionzottenbiopsie.          mütterlichen Blut publiziert.4
renen Kind. Allerdings handelt es sich sowohl     Durch verbesserte Ultraschall-Diagnostik
bei der Amniozentese als auch bei der etwas       und Algorithmen, welche die Ergebnisse von       Die „Fetal Fraction“
später entwickelten Chorionzottenbiopsie um       Ultraschall-Messungen (z. B. fetale Nacken-      Während der Schwangerschaft setzt die Pla-
invasive Methoden mit dem Risiko, den Feten       transparenz) mit biochemischen Markern           zenta relativ große Mengen cffDNA in das
zu schädigen bzw. einen Abort zu induzieren.      und dem Alter der Mutter kombinieren,            mütterliche Blut frei.5 Diese zirkulierende
Daher sollte diese Diagnostik möglichst gezielt   ließ sich die Treffsicherheit der Screening-     fetale DNA besteht aus Bruchstücken mit
nur bei Schwangeren mit erhöhtem Risiko für       Methoden als Vorauswahl für eine invasive        einer Größe von im Mittel 150 Kilobasen
eine kindliche Chromosomenstörung durch-          Diagnostik verbessern. Die Erkennungsrate        – groß genug, um sie einem bestimmten
geführt werden. In den 1990er Jahren began-       der Trisomie 21, der häufigsten Chromoso-        Chromosom bzw. einem bestimmten Gen
nen Versuche, fetales Erbgut nicht-invasiv        menstörung, stieg beispielsweise von etwa        zuzuordnen. Bei Schwangeren sind im
aus dem mütterlichen Blut zu analysieren.         50 % bei alleiniger Altersindikation auf über    Durchschnitt etwa 10 % der im mütterli-
Einen wichtigen Meilenstein stellte 1997 die      90 %.1,2 Gleichzeitig sank die Falsch-Positiv-   chen Blut frei zirkulierenden DNA fetalen
Entdeckung von frei im mütterlichen Blut          Rate auf etwa 3–5 %.                             Ursprungs. Diese, sog. „Fetal Fraction“
zirkulierender fetaler DNA dar. 2008 wurde                                                         kann auch weniger als 4 % und bis zu 40 %
erstmals der Nachweis einer Trisomie 21 aus       Über zwei Jahrzehnte war parallel dazu           betragen.
zellfreier fetaler DNA in mütterlichem Blut       versucht worden, nicht-invasive Untersu-
publiziert. Das war die Geburtsstunde der         chungen an fetalem Erbgut aus dem müt-           Die Fetal Fraction wird hauptsächlich durch
nicht-invasiven pränatalen Testung (NIPT*).       terlichen Blut zu etablieren. Der Ansatz         folgende Faktoren beeinflusst:
Heute stehen hocheffiziente Testmethoden zur      einer molekulardiagnostischen Diagnostik         O	Gestationsalter: Mit fortschreitender
Verfügung, die – sinnvoll und kompetent ein-      aus dort zirkulierenden fetalen Zellen blieb        Schwangerschaft steigt der Gehalt an
gesetzt – die moderne Schwangerenbetreuung        lange erfolglos. Allerdings eröffnete im Jahre      zirkulierender cffDNA. Ab etwa der
wertvoll unterstützen.                            1997 die Entdeckung frei im mütterlichen            10. Woche ist ihre Konzentration für

                                                                                                                                           10
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                                                                                                störungen treten mit
                                                                                                zunehmendem Alter der
                                                                                                Mutter häufiger auf.
                                               shutterstock
shutterstock

   ein valides Screening auf chromosomale            erfolgen auch hier Zählung, Vergleich      Aufgrund des interindividuell stark unter-
   Störungen ausreichend hoch.                       mit Referenzchromosomen und eine           schiedlichen Gehaltes an cffDNA im müt-
O	Mütterliches Gewicht: Die Größe der               Plausibilitätsprüfung, ob die gefundene    terlichen Blut ist die Kenntnis der Fetal
   Plazenta ist gewichtsunabhängig, daher            zusätzliche Menge an Chromosomen-          Fraction für die Testauswertung von großer
   verteilt sich die gleiche Menge cffDNA            spezifischer DNA mit der zuvor ermit-      Bedeutung. Bei einer Fetal Fraction von 10 %
   bei Schwangeren mit hohem Körper-                 telten Fetal Fraction übereinstimmt.       beträgt die Zunahme an Chromosomen-spe-
   wicht auf ein größeres Volumen als bei            Aufgrund der Vorselektion der unter-       zifischer Information im Falle einer fetalen
   Frauen mit niedrigerem Körpergewicht.6            suchten, Chromosomen-spezifischen          Trisomie im mütterlichen Blut noch 5 %.
O	Circadianer Rhythmus                              Sequenzen reduziert sich der Aufwand,      Bei abnehmender Fetal Fraction geht die
                                                     daher kann die Sequenzierungstiefe         Zunahme einer Chromosomen-spezifischen
Methoden der NIPT                                    (Glossar) der targeted NIPT höher sein     DNA irgendwann im Grundrauschen unter,
Derzeit sind im Wesentlichen drei Metho-             als bei den rMPS-/MPSS-Verfahren, was      dies ist typischerweise bei unter 4 % der
den für die cffDNA-Analyse im Einsatz:               theoretisch die Genauigkeit der Methode    Fall. Wurde die Fetal Fraction zuverlässig
O	Beim rMPS- (bzw. MPSS-)Verfahren                  erhöht.                                    bestimmt, können moderne Algorithmen
   (Glossar) werden sämtliche vorhandenen            Die Microarray-Technologie                 den niedrigen cffDNA-Gehalt berücksichti-
   DNA-Bruchstücke aus dem mütterli-                 (Glossar) verwendet dieselben, vor-        gen und die Trennschärfe des Tests wesentlich
   chen Plasma zunächst vervielfältigt und           ab definierten DNA-Sequenzen wie           verbessern. Bei fehlender Kenntnis der Fetal
   danach sequenziert – ohne Unterschei-             früher die Sequenzierung, allerdings       Fraction hingegen nimmt die Trennschärfe
   dung zwischen fetaler und maternaler              erfolgt anstelle der Sequenzierung eine    bei niedrigem cffDNA-Gehalt deutlich ab.9
   DNA. In einem komplexen biomathe-                 Microarray-Analyse. Der Vorteil ist
   matischen Verfahren werden die DNA-               eine deutlich kürzere Analysezeit bei      Studien- und Datenlage zur NIPT
   Fragmente anschließend einem Chro-                offenbar mindestens gleich hoher           Trisomie 21: Mittlerweile wurde die sehr
   mosom zugeordnet und quantifiziert. Da            Aussagekraft.7                             gute Performance der NIPT für die Erken-
   bei Trisomie drei statt zwei Exemplare         O	B ei der „SNP-basierten“ NIPT werden       nung der Trisomie 21 in zahlenreichen
   eines bestimmten Chromosoms vorhan-               Variationen einzelner Basenpaare in        Publikationen, davon etlichen klinischen,
   den sind, steigt der Gehalt der fetalen           der DNA, sog. SNPs (single nucleotid       prospektiven Studien, dokumentiert. Im kli-
   DNA des betreffenden Chromosoms                   polymorphism) untersucht. Es gibt          nischen Alltag bzw. im Beratungsgespräch
   um 50 %. Beträgt die Fetal Fraction z. B.         Verfahren, die mehr als 10 000 SNPs        mit der Schwangeren kann von einer Erken-
   10 %, erhöht die fetale Trisomie den              analysieren. Das sind deutlich mehr als    nungsrate von 99 % ausgegangen werden.
   cffDNA-Gehalt für dieses Chromosom                z. B. im Harmony-Test (Ariosa/Roche)       Gleichzeitig erreicht die NIPT mit ca. 0,1 %
   im mütterlichen Blut um 5 %.                      welcher 576 SNPs verwendet. Die höhere     für die Trisomie 21 eine etwa 50-fach niedri-
O	Bei der zielgerichteten (targeted) NIPT           Anzahl untersuchter SNPs führt jedoch      gere Falsch-Positiv-Rate auf, verglichen mit
   werden nur DNA-Abschnitte vervielfäl-             nicht zu einer weiteren Verbesserung der   dem klassischen Ersttrimester-Screening
   tigt, welche für ein bestimmtes Chro-             ohnehin schon hohen Genauigkeit der        (Nackentransparenz, PAPP-A und freies
   mosom spezifisch sind. Anschließend               Testverfahren.8                            ß-hCG).

                                                                                                                                          11
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                                                                                                          terlichen Kreislauf zirkuliert, ist die Trenn-
                                                                                                          schärfe bei diesen Schwangerschaften deut-
                                                                                                          lich reduziert. Hier ist das sonographische

         Trisomie 21 –                                                                                    Ersttrimester-Screening zu bevorzugen.

        häufigste fetale                                                                                  Grenzen der NIPT

  Chromosomenstörung.                                                                                     Chromosomale Störungen des Feten
                                                                                                          machen bei Geburt nur etwa 8 % der
                                                                                                          schweren Fehlbildungen aus.16 Selbst eine

                                                                                           shutterstock
                                                                                                          sehr ausgereifte Screening-Technologie
                                                                                                          wie die NIPT erfasst daher insgesamt nur
                                                                                                          einen kleinen Teil der schweren kongeni-
Bislang gibt es nur wenige Studien in Kol-      tionsrate ausreicht, trifft das auf die Triso-            talen Fehlbildungen. Aus diesem Grunde
lektiven mit normalem Risiko für eine Triso-    mie 13 bislang nicht zu, da aufgrund des                  kann die NIPT eine ausführliche pränatale
mie 21.10,11 In der ersten ausreichend großen   relativ seltenen Auftretens dieser Chro-                  bildgebende Diagnostik, wie sie zurzeit im
Normalrisiko-Kollektiv-Studie („NEXT“-          mosomenstörung Studien mit ausreichend                    Rahmen des Ersttrimester-Screenings oder
Studie) mit 15 841 auswertbaren Schwan-         großen Fallzahlen fehlen.                                 im Rahmen des feindiagnostischen Ultra-
gerschaften11 zeigte der Harmony-Test                                                                     schalls erfolgt, nicht ersetzen.
O	eine Falsch-Positiv-Rate von nur 0,06 %,     Ein Grund für die im Vergleich zur Triso-
O	in der ROC-Analyse eine AUC von 0,999        mie 21 niedrigeren Erkennungsraten ist die                Erkennung von Mikrodeletionen
   (Glossar).                                   Tatsache, dass die Trisomien 13 und 18 zu                 Bei chromosomalen Mikrodeletionen han-
                                                etwa 70 % als plazentare Mosaike (Glossar)                delt es sich um den Verlust von einigen
Trotz der nahezu 100%igen Trennschärfe für      vorliegen,12 welche durch NIPT grundsätz-                 hunderttausend bis wenigen Millionen
das Erkennen einer fetalen Trisomie 21 sollte   lich schlechter als vollständige Trisomien                Basenpaaren des Chromosoms. Die resul-
die NIPT nicht als diagnostisches, sondern      erkannt werden. Da die Quelle der cffDNA                  tierenden Syndrome stellen in der Regel
als Screening-Verfahren angesehen wer-          die Plazenta ist, führt ein dort vorliegendes             seltene, komplexe Erkrankungen dar. Der
den, da falsch-positive und falsch-negative     Mosaik zu einem eventuellen Übersehen                     Nachweis von Mikrodeletionen erfolgt bei
Ergebnisse (wenn auch selten) vorkommen         einer beim Feten vollständig ausgeprägten                 begründetem klinischem Verdacht mittels
können.                                         Trisomie.                                                 FISH (Glossar) oder Array-CGH (Glossar)
                                                                                                          aus dem Fruchtwasser.
Andere chromosomale Störungen: Weitere          Auch für geschlechtschromosomale Stö-
fetale Aneuploidien betreffen die Chromo-       rungen liegen aktuell noch zu wenige Stu-                 Prinzipiell ist ein diesbezügliches Screening
somen 18 und 13 sowie geschlechtschromo-        diendaten vor. Erste Publikationen zeigten                mittels NIPT aus dem mütterlichen Blut
somale Störungen. Die durchschnittlichen        eine durchschnittliche Erkennungsrate von                 möglich, wenn Genlocus und Aberration
Erkennungsraten der NIPT betragen:              ca. 93 % bei einer Falsch-Positiv-Rate von                klar umschrieben sind und die Krankheits-
O	ca. 97 % für die Trisomie 18                 0,14 %.13,14                                              prävalenz ausreichend hoch ist. Die meis-
O	ca. 92 % für die Trisomie 13                                                                           ten Mikrodeletions-Syndrome sind jedoch
O	ca. 93 % für X/Y-chromosomale                Bei dichorialen (zweieiigen) Zwillings-                   sehr selten, daher muss die Sinnhaftigkeit
   Störungen.                                   schwangerschaften rechtfertigt die derzei-                eines entsprechenden Screenings hinter-
                                                tige Datenlage kein Aneuploidie-Screening                 fragt werden. Liegt beispielsweise die Prä-
Die Falsch-Positiv-Raten für die Triso-         mittels NIPT.15 Für dichoriale Geminigra-                 valenz eines Syndroms bei 1:50 000 (d. h.
mien 13 und 18 lagen in der NEXT-Studie         viditäten mit einem abgestorbenen Fetus                   bei 50 000 Schwangerschaften ist ein Kind
für den Harmony-Test mit 0,01 % und 0,02 %      („vanishing twin“) bietet das NIPT-basierte               betroffen), treten bei 50 000 untersuchten
ebenfalls extrem niedrig.11                     Screening ebenfalls nicht die gleiche Ergeb-              Schwangeren und einer Falsch-Positiv-Rate
                                                nisqualität wie bei einer Einlingsschwanger-              von 0,2 % 100 falsch auffällige Testergebnisse
Während die Gesamtzahl der in publizier-        schaft. Da die zellfreie DNA des abgestor-                auf. Somit läge bei 101 auffälligen Tests nur
ten Studien untersuchten Trisomie-18-Fälle      benen, nicht selten von einer Aneuploidie                 bei einem Feten tatsächlich eine Erkrankung
für eine zuverlässige Aussage zur Detek-        betroffenen Feten aufgrund der teilweise                  vor (positiver Vorhersagewert 0,99 %). Als

                                                                                                                                                     12
Möglichkeiten und Limitationen der NIPT - Fetale Chromosomenstörungen - Roche
Medizin | Fetale Chromosomenstörungen | Diagnostik im Dialog • Ausgabe 59 • 03/2019

                                                                                                                   Amniozentese mit
                                                                                                                   Chromosomenanalyse aus
                                                                                                                   dem Fruchtwasser.
                                                               shutterstock/JRattiya Thongdumhyu                   NIPT reduziert die
shutterstock/JSoda_O2

                                                                                                                   Notwendigkeit invasiver
                                                                                                                   Eingriffe drastisch.

Konsequenz sollte derzeit allenfalls auf die                        sen, die Kosten müssen von gesetzlich ver-     * NIPT: Synonym verwendete Abkürzung für nicht-
Syndrome gescreent werden, deren Präva-                             sicherten Schwangeren in aller Regel selbst    invasiven pränatalen Test, nicht-invasive pränatale
                                                                                                                   Testung und non-invasive prenatal testing
lenz ≥ 1:5 000 beträgt. Dies ist z. B. für das                      getragen werden.
DiGeorge-Syndrom (22q11.2) der Fall.
                                                                                                                   Literatur
                                                                    Eine NIPT sollte in eine ausführliche Ultra-
                                                                                                                    1	Nicolaides KH: Am J Obstet Gynecol (2004); 191:45–67
NIPT in der Praxis                                                  schalluntersuchung eingebettet werden.          2	Kagan KO et al: Ultrasound Obstet Gynecol (2009);
                                                                                                                       34:14–18
Aufgrund des zeitlichen Zusammenhangs mit                           Durch das heutige Ersttrimester-Screening       3	Lo YM et al: Lancet (1997); 350:485–487
dem Ersttrimester-Screening wird die NIPT                           lässt sich etwa die Hälfte der schweren         4	Fan HC et al: Proc Natl Acad Sci USA (2008); 105:
                                                                                                                       16266–16271
derzeit überwiegend gegen Ende des ersten                           Fehlbildungen erkennen. Eine Beschrän-          5	Alberry M et al: Prenat Diagn (2007); 27:415–418
                                                                                                                    6	Wang E et al: Prenatal Diagnosis (2013); 33:662–666
Trimenons durchgeführt. Grundsätzlich wäre                          kung auf das NIPT-basierte Screening            7	Juneau K et al: Fetal Diagn Ther (2014); 36:282–286
auch eine spätere Anwendung denkbar – z. B.                         würde der modernen Schwangerschafts-            8	Kozlowski P: Ultraschall in Med (2018);
                                                                                                                       doi:10.1055/a-0631–8898 [Epub ahead of print])
bei Auffälligkeiten im Feinultraschall um die                       betreuung nicht gerecht.18 Dennoch stellt       9	Kagan KO et al: Ultraschall Med (2014); 35:229–236
                                                                                                                   10	Bianchi DW et al: N Engl J Med (2014); 370:799–808
20. Schwangerschaftswoche. Die meisten                              die NIPT durch ihre hohe Sensitivität und      11	Norton ME et al: N Engl J Med (2015); 372:1589–1597
Schwangeren wollen jedoch das Screening auf                         Spezifität, gerade für die Trisomie 21, ein    12	Kalousek DK et al: Am J Hum Genet (1989); 44:338–343
                                                                                                                   13	Gil MM et al: Ultrasound Obstet Gynecol 2017; 50:
Chromosomenstörungen nach Abschluss des                             aus der Pränataldiagnostik nicht mehr              302–3143
ersten Trimenons beendet sehen.17                                   wegzudenkendes Verfahren dar. Mit ihrer        14	Nicolaides KH et al: Fetal Diagn Ther (2014); 35:1–6
                                                                                                                   15	Gil MM et al: Fetal Diagn Ther (2014); 35:204–211
                                                                    Hilfe lässt sich insbesondere die Zahl der     16	Eurocat-Register: www.eurocat-network.eu/accesspreva-
                                                                                                                       lencedata/prevalencetables
NIPT ist in Deutschland derzeit keine regel-                        notwendigen invasiven Eingriffe drastisch      17	Bartlett LA et al: Obstet Gynecol (2004); 103:729–737
hafte Leistung der gesetzlichen Krankenkas-                         reduzieren.                                    18	Nicolaides KH: Prenat Diagn (2011); 31:3–6

            Glossar                                                                                                Korrespondenzadresse

            O	Array-CGH (array-based comparative geno-           mehreren tausend Einzelnachweisen in
               mic hybridisation): Simultane Hybridisierung       biologischem Probenmaterial.
               von fluoreszenzmarkierter Patienten- und        O	MPSS (massively parallel shotgun sequen-
               Kontroll-DNA auf einem Trägerchip mit              cing) / rMPS (random massively parallel
               DNA-Fragmenten                                     sequencing): Hochdurchsatzmethoden
            O	AUC (area under the curve) in der ROC              (next-generation sequencing / NGS) der
               (receiver-operating characteristics)-Analyse:      DNA-Sequenzierung.
               Maß für die Güte eines Trennverfahrens.         O	Plazentare Mosaike: Unterschiedliche Chro-
               AUC=1 bedeutet vollständige Differenzierung        mosomenausstattung von Zellen innerhalb
               zwischen Betroffenen/Kranken und Nicht-            der Plazenta bzw. zwischen Plazenta und
               Betroffenen/Gesunden. AUC=0 bedeutet,              Fetus als Resultat von Mutationen nach Bil-      Dr. med. Kai Lüthgens
               dass das Verfahren keinerlei Aussage besitzt.      dung der Zygote.                                 Leiter Endokrinologie und
            O	FISH: Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung,       O	Sequenzierungstiefe: Häufigkeit, mit der der-    Pränatales Screening im
               um Nukleinsäuren z.B. auf Metaphase-               selbe DNA-Abschnitt während einer Sequen-        Labor Prof. G. Enders und Kollegen, MVZ
               Chromosomen nachzuweisen.                          zierung abgelesen wird („reads“). Sie beträgt    Rosenbergstraße 85
            O	Micro-Arrays: „Genchips“ mit angebrachten          mehrere Millionen Mal und kann bei der NIPT      70193 Stuttgart
               Sonden. Ermöglicht die parallele Analyse von       typischerweise bis zu 30 Mio. Reads betragen.    luethgens@labor-enders.de
                                                                                                                   www.labor-enders.de

                                                                                                                                                                         13
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