BIOCHEMISCHES PRAKTIKUM 2021
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BIOCHEMISCHES PRAKTIKUM 2021 für Studierende der Humanmedizin und Zahnmedizin der Universität des Saarlandes Fachrichtung MEDIZINISCHE BIOCHEMIE UND MOLEKULARBIOLOGIE SKRIPT ZU DEN PRÄSENZPRAKTIKA 1 UND 2 Bitte drucken Sie dieses Skript aus und bringen Sie es zu den jeweiligen Terminen mit. Bitte beantworten Sie vorab schriftlich die jeweiligen Vorbereitungsfragen. 1
Liebe Studierende der Human- und Zahnmedizin! Nachdem im Sommersemester 2020 coronabedingt kein Präsenzpraktikum stattfinden konnte, freuen wir uns, Ihnen in diesem Sommersemester eine reduzierte Version anbieten zu können. Unter Beachtung der derzeit gültigen Abstands- und Hygieneregeln haben wir für Sie eine kleine Auswahl praktischer Übungen zusammengestellt, die einige wichtige Methoden im biochemischen Labor abbilden. Maßgeblich für die Auswahl der angebotenen Präsenz- Versuche waren folgende Punkte: - Orientierung an dem bis zum Zeitpunkt des Praktikums präsentierten Vorlesungsstoff - die im gesetzten zeitlichen Rahmen mögliche Durchführbarkeit durch einen einzelnen Studenten (Vermeidung von Gruppenarbeit) - Durchführbarkeit des Versuchs am Laborplatz (Vermeidung von Laufwegen) Dieses Skript ist in 3 Blöcke eingeteilt: I. Voraussetzung Hier finden Sie Regeln zum experimentellen Arbeiten im Labor. Sie müssen diese vor Beginn der praktischen Arbeiten lesen und mit Ihrer Unterschrift bestätigen, dass Sie die darin enthaltene Sicherheitsunterweisung verstanden haben und sich daran halten werden. II. Anleitung zur Durchführung der Präsenzpraktika 1 und 2 Im eigentlichen Praktikumsskript finden Sie immer folgende Kapitel: ➔ Theoretische Vorbereitung Hier finden Sie Empfehlungen zur Vorbereitung und Fragen zur Theorie. Die Beantwortung der Fragen sind ihre „Hausaufgaben“, die vor Beginn der Veranstaltung gemacht werden müssen. ➔ Versuchsanleitung Die Versuchsanleitung sollten sie vor Beginn der praktischen Arbeiten vollständig durchlesen. Hier finden sie eine Schilderung des Versuchsprinzips, das „Rezept“ für die Durchführung des Versuches und Vorgaben zur Auswertung der im Experiment erhaltenen Rohdaten. Blockpfeile an der linken Seite sollen Ihnen in diesem Teil helfen, die erforderlichen Arbeitsaufträge zum jeweiligen Praktikum zu finden. III. Anhang Hier finden Sie eine Zusammenstellung von Einheiten, Gesetzmäßigkeiten und Rechenwegen, die Sie zur erfolgreichen Durchführung des Praktikums benötigen und die Ihnen die Auswertung erleichtern sollen. Dieses Kapitel enthält sowohl Anleitungen für die Auswertung der Präsenzpraktika als auch der online – Praktika. 2
Sie werden in diesem Praktikum Methoden durchführen, die für die Analytik von Proteinen eingesetzt werden bzw. Proteine als Werkzeug für den Nachweis bestimmter Parameter nutzen; die Auswahl der Versuche orientiert sich an der Relevanz für das medizinisch- diagnostische Labor. Sie lernen einen Teil der Reaktionen kennen, die hinter den Werten eines Laborberichts stehen und die mittlerweile in automatisierten Abläufen gewonnen werden. Wir wollen Ihnen mit dieser Auswahl einen Eindruck vom Arbeiten im biochemischen Labor vermitteln und darüber hinaus die dazugehörige Theorie etwas anschaulicher gestalten. Konkret lernen sie eine Methode der Proteinbestimmung kennen wie sie für die Bestimmung des Gesamtproteingehalts im Serum herangezogen werden kann und die Aussagen über eine Dysproteinämie zulässt (Praktikum 1). Diese quantitative Bestimmung wird im Praktikum 2 ergänzt durch die Auftrennung des Gesamtserumproteins in seine verschiedenen Untergruppen, eine gängige Labormethode, um z.B. Hinweise auf entzündliche Prozesse, Funktionstüchtigkeit der Leber, Defekte im Immunsystem oder Tumoren zu erhalten. Eine wichtige Gruppe der Proteine unseres Organismus sind die Enzyme, die katalytische Aktivität entfalten und Stoffwechsel überhaupt erst ermöglichen. Im Praktikum 1 wird die alkalische Phosphatase im Mittelpunkt stehen, ein Enzym, das bei Erkrankungen der Leber und der Gallenwege sowie für Veränderungen des Knochenstoffwechsels als Marker dient. Sie lernen mit diesem Enzym grundlegende Charakteristika einer enzymatischen Reaktion kennen. Enzyme werden in der medizinischen Diagnostik auch zum sensitiven und spezifischen Nachweis ihrer Substrate benutzt. Der Nachweis der enzymatischen Aktivität erfolgt in photometrischen Messungen, die unter geeigneten Bedingungen mit Hilfe des Lambert- Beerschen Gesetzes eine Berechnung einer unbekannten Konzentration erlauben. Sie werden solche enzymatischen Verfahren anhand der Bestimmung der Glucose- und Cholesterinkonzentration des Serums im Praktikum 2 kennenlernen. Wir freuen uns auf eine angenehme Zusammenarbeit und wünschen Ihnen viel Erfolg! Die Dozent*innen der Medizinischen Biochemie und Molekularbiologie 3
INHALTSVERZEICHNIS Seite I. Voraussetzung 4 1. Experimentelles Arbeiten im biochemischen Labor 4 1.1. Sicherheitsunterweisung 4 1.2. Erforderliche Materialien 6 1.3. Weitere Regeln für das Arbeiten im Labor 6 1.4. Handhabungshinweise für Pipetten 7 1.5. Vor Beginn des Praktikums 8 II. Anleitung zur Durchführung der Präsenzpraktika 1 und 2 9 1. Praktikum 1 9 1.1. Proteinbestimmung nach der Biuret-Methode 10 1.2. Enzyme als Biokatalysatoren – Alkalische Phosphatase 18 2. Praktikum 2 25 2.1. Elektrophoretische Trennung der Serumproteine 26 2.2. Bestimmung von Cholesterin im Serum 33 2.3. Bestimmung von Glucose im Serum 38 III. Anhang 44 1. Rechnen im Biochemischem Praktikum 44 1.1. Physikalische Größen und Einheiten 44 1.2. Stoffmengen und Konzentrationen 46 1.3. Mischen von Lösungen, das Mischungskreuz 49 1.4. Grundlegende statistische Verfahren 51 1.5. Lineare Regression und Korrelationskoeffizient 53 1.6. Wichtige Gleichungen, Herleitungen und Umformung von 57 Gleichungen 1.6.1. Massenwirkungsgesetz und Henderson-Hasselbalch-Gleichung 57 1.6.2. Das Lambert-Beersche Gesetz 60 4
I. Voraussetzung 1. EXPERIMENTELLES ARBEITEN IM BIOCHEMISCHEN LABOR Dieses Kapitel ist vor der Durchführung des ersten Praktikums zu lesen. Sie müssen mit Ihrer Unterschrift bestätigen, dass Sie die Sicherheitsunterweisung verstanden haben und sich daran halten werden. 1.1. Sicherheitsunterweisung (Laborordnung) 1. Den Anweisungen der Lehrkräfte ist unbedingt Folge zu leisten. 2. Während der praktischen Übungen sind Arbeitsmäntel und geschlossene Schuhe zu tragen. 3. Während der praktischen Übung nicht getragene Kleidungsstücke sind außerhalb des Praktikumssaals aufzubewahren. 4. Es ist verboten, im Praktikumssaal zu rauchen, zu essen und zu trinken. 5. Die Versuche sind so durchzuführen, dass niemand gefährdet wird. 6. Beim Arbeiten mit konzentrierten Säuren, konzentrierten Laugen und anderen ätzenden Substanzen ist - auch von Brillenträgern - eine Schutzbrille zu tragen. 7. Vor der Benutzung von leicht brennbaren Flüssigkeiten sind - auch auf benachbarten Arbeitsplätzen - die Flammen zu löschen. 8. Allgemein zugängliche Geräte wie Photometer, pH-Elektroden, O2-Elektroden, Zentrifugen, Waagen, Elektrophoresegeräte, Homogenisatoren und Trockenschränke, sind mit besonderer Sorgfalt zu benutzen. 9. Die Arbeitsplätze, die Arbeitsgeräte und die Ablaufbecken sind nach jeder praktischen Übung zu reinigen. Benutzte Glaswaren sind in Spülkörbe einzuräumen. 10. Es ist darauf zu achten, dass Wasser, Gas und elektrischer Strom nicht verschwendet werden. 5
11. Nicht mehr gebrauchte Chemikalien und Chemikaliengemische, die nicht in das Abwasser gelangen dürfen, sind in bereitstehende Sammelgefäße zu bringen (siehe Entsorgungshinweise). 12. Unfälle sind der zuständigen Lehrkraft sofort zu melden. 13. Praktikumsteilnehmer haften für die durch sie beschädigten oder zerstörten Geräte. 14. Den Maßnahmen des aktuellen Hygienekonzepts ist unbedingt Folge zu leisten. Dieses wird in der Sicherheitsbelehrung vorgestellt und liegt in Schriftform im Praktikumsraum aus. 15. Zuwiderhandlungen gegen diese Ordnung haben den Ausschluss aus der betreffenden praktischen Übung zur Folge. Das entsprechende Testat wird in diesem Falle nicht erteilt. 6
1.2. Erforderliche Materialien Zu den Präsenzpraktika sollten die Praktikumsteilnehmer mitbringen: 1. Schutzkleidung (Kittel) 2. Schutzbrille 3. Schreibzeug, Lineal 4. Taschenrechner 5. 1 wasserfester Folienschreiber 6. Schere und Pinzette 7. Klebestift Ohne Schutzbrille und Schutzkleidung (Kittel) kann nicht an der Praktikumsveranstaltung teilgenommen werden. 1.3. Weitere Regeln für das Arbeiten im Labor Unter Berücksichtigung des Hygienekonzeptes sind alle Laufwege innerhalb des Praktikumsraumes zu vermeiden. Sie finden alles, was sie für die Durchführung der Versuche benötigen, an Ihrem zugewiesenen Arbeitsplatz. Sollte dies nicht der Fall sein, melden sie sich bei Ihrem Betreuer. - „Richtiges Pipettieren“ beachten (siehe folgende Seite). - Infektiöse Materialien bitte direkt entsorgen!!!!!! Gelbe Behälter - Anweisung zur Entsorgung von Chemikalien beachten!!!! - Reaktionsgefäße (Eppendorfgefäße oder „Eppis“), Reagenzgläser immer beschriften. - Beschriftung von Materialien, die gespült werden, bitte entfernen!!! An jedem Platz stehen Behälter für die zu spülenden Waren. - Abfallbeutel finden Sie an Ihrem Platz. - Für Glasabfall steht ein gesonderter Sammelbehälter zur Verfügung. 7
1.4. Handhabungshinweise für Pipetten Eine wichtige Voraussetzung für gutes Gelingen aller Versuche: Richtiges Pipettieren Sehr häufig müssen kleine Volumina im Bereich weniger Mikroliter (µl) abgemessen werden. Dies gelingt am sichersten mit mechanischen Pipettierhilfen, z.B. sogenannten Gilson- Pipetten, wie hier im Praktikum verwendet. Beachten Sie die folgenden Regeln und üben Sie den Umgang mit den Pipetten vor dem Versuch. 1. Niemals das Aufsetzen der Pipettenspitze vergessen! Druckknopf außerhalb der Flüssigkeit bis zum ersten Druckpunkt niederdrücken. Pipettenspitze einige Millimeter in die Flüssigkeit eintauchen. Druckknopf immer langsam in die Ausgangsstellung zurückkommen lassen. Während dieses „Ansaugens“ der Flüssigkeit die Pipettenspitze immer in der Flüssigkeit belassen. – Bei größeren Volumina (z.B. 1 ml) muss die Pipettenspitze dem sinkenden Flüssigkeitsspiegel nachgeführt werden. Auf der Außenfläche der Pipettenspitze evtl. haftende Flüssigkeitstropfen abwischen! 2. Zum Entleeren der Pipette die Spitze an der Innenwand des Aufnahmegefäßes Anlegen und den Druckknopf über den ersten Druckpunkt hinaus langsam bis zum Anschlag niederdrücken. Pipette nach vollständiger Entleerung zurückziehen und Druckknopf erst loslassen, wenn sich die Pipettenspitze wieder in der Luft befindet! 3. Pipettenspitze abwerfen! Achtung!! Neue Spitze für jedes Reagenz!! Ebenso nach Berührung unterschiedlicher Lösungen mit der Spitze. 4. Niemals Pipetten mit gefüllter Spitze waagerecht halten oder hinlegen! Pipetten nicht werfen oder fallen lassen, da das Innere aus Glas besteht und deshalb leicht zerbrechlich ist 8
1.5. Vor Beginn des Praktikums Checkliste Sicherheitsunterweisung gelesen und verstanden Mitzubringende Materialien (siehe S. 6) eingepackt Regeln für das Arbeiten im Labor und Handhabungsweise für Pipetten gelesen Komplette Anleitung für das aktuelle Präsenzpraktikum durchgearbeitet Theoretische Fragen zum aktuellen Praktikum schriftlich beantwortet Notwendige Vorarbeiten für die Durchführung (z.B. Ausfüllen von Pipettierschemata) erledigt 9
II. Anleitung zur Durchführung der Präsenzpraktika 1 und 2 1. PRAKTIKUM 1 09.04.2021 (Zahnmediziner); 12.04.2021-23.04.2021 (Humanmediziner) 1.1. PROTEINBESTIMMUNG NACH DER BIURET-METHODE 1.2. ENZYME ALS BIOKATALYSATOREN – ALKALISCHE PHOSPHATASE Ablaufplan: Inhalt Aufgaben Vorbesprechung Sicherheitsbelehrung Theorie des Versuchs Einweisung zum Einstellen von vorgegebenen Volumina durch die Gebrauch von Pipetten Studenten; Kontrolle der Einstellung durch und Photometer durch Assistenten die Assistenten Proteinbestimmung Pipettieren von Standards und bereitgestellten Proben unbekannter Konzentration Messung der Extinktion Erstellen der Eichgerade Enzymkinetik Pipettieren der Ansätze mit 5 zur Verfügung gestellten Substratlösungen unterschiedlicher Konzentration; Aufnahme der Enzymkinetik am Photometer Nachbesprechung Besprechung der Auswertung Blockpfeile kennzeichnen Arbeitsaufträge. Die Fragen zu den theoretischen Grundlagen sind vor Praktikumsbeginn zu beantworten. 10
1.1 PROTEINBESTIMMUNG NACH DER BIURET-METHODE Wieso? - Weshalb? - Warum? Im Praktikum 1.1. geht es darum einen wichtigen klinischen Laborparameter zu bestimmen, die Protein- oder Eiweißkonzentration, wie sie z.B. im klinischen Labor routinemäßig für Serum oder Plasma ermittelt wird und in Kombination mit der Serum- bzw. Plasmaelektrophorese (Präsenzpraktikum 2) die Diagnose von Dysproteinämien ermöglicht. Im Rahmen dieses Versuches erhalten Sie eine Einführung in die Photometrie als eine einfache, sehr empfindliche und sehr genaue Messmethode, die in allen klinischen und biochemischen Laboratorien für zahlreiche Bestimmungen angewendet wird Theoretische Vorbereitung Löffler/Petrides/Heinrich 9. Auflage: Kapitel 1, 3, 4, 5 Vorlesung: Funktionelle Biochemie Fragen zu den theoretischen Grundlagen: 1. Erklären Sie den Aufbau eines Proteins (Grundbausteine, Peptidbindung, Hierarchie der Proteinstruktur). 2. Welche Aufgaben haben Proteine? 11
3. Erläutern Sie den Begriff „optischer Test“ 4. Nennen Sie das Lambert-Beersche Gesetz, definieren Sie die Größen und ordnen Sie diesen die passenden Dimensionen (Einheiten) zu. 5. Erläutern Sie die Bedeutung der Protein- oder Eiweißbestimmung in der klinischen Chemie. Wie hoch ist der Normwert für den Serumproteingehalt und durch welche Erkrankungen kann er beeinflusst werden? 12
Versuchsanleitung Anleitung vor Beginn komplett durchlesen!! Versuchsprinzip Zum Nachweis und zur quantitativen Bestimmung von Proteinen wird die Biuret-Reaktion verwendet. Sie hat ihren Namen von der Reaktion zwischen Biuret (bildet sich beim Erhitzen 2+ von festem Harnstoff unter NH3-Abspaltung) und Cu -Ionen in alkalischer Lösung. Dabei entsteht eine anionische, violette Komplexverbindung. Entsprechende violette Cu2+-Komplexe werden von allen Substanzen mit mindestens 2 Peptidbindungen gebildet (Abb. 1). Ammoniak, Harnstoff, Harnsäure, Kreatinin, Aminosäuren und Dipeptide geben keine Biuret-Reaktion. Abb.1: Cu(II)-Protein-Komplex Cu2+ Die Farbintensität ist der Zahl der Peptid-Bindungen und damit auch der Proteinkonzentration proportional. Das Lambert-Beersche Gesetz E = .c.d (E = Extinktion, = molarer Extinktionskoeffizient, c = Konzentration, d = Schichtdicke der Küvette) ist somit anwendbar. Die Biuret - Methode ist wegen ihrer Einfachheit und hohen Spezifität von besonderer Bedeutung für quantitative Bestimmungen von Proteinen. In diesem Versuch bestimmen sie die Proteinkonzentration einer zur Verfügung gestellten Serumprobe mit Hilfe von Eichlösungen bekannter Konzentration. Zur Bedeutung und zum Umgang mit dem Lambert-Beerschen Gesetz lesen Sie bitte den Absatz „Das Lambert-Beersche Gesetz“ im Anhang. 13
Vorbereitung: Üben Sie das Pipettieren mit den am Platz stehenden Pipetten. Stellen Sie nach Vorgabe unterschiedliche Volumina ein und pipettieren Sie unterschiedliche Mengen einer Flüssigkeit (Wasser) in unterschiedliche Behältnisse („Eppis“, Reagenzgläser). Vervollständigen Sie das Pipettierschema für die praktische Durchführung. Proteinstandardlösung und NaCl Lösung sollen zusammen jeweils 1 ml ergeben! Ansatz Proteinmenge Probe Proteinstandard NaCl Biuret- Extinktion Nr. 5 mg/ml Reagenz E546nm [mg] [ml] [ml] [ml] [ml] Für die Eichwerte: 1 0 - 2.5 Leerwert 2 1 - 2.5 3 2 - 2.5 4 3 - 2.5 5 4 - 2.5 6 5 - 2.5 Für die Analyse der Serumprobe mit unbekannter Konzentration (Dreifachansatz): 7 ? 1 - - 2.5 8 ? 1 - - 2.5 9 ? 1 - - 2.5 Praktische Durchführung: Die Proteinkonzentration einer Serumprobe mit unbekannter Konzentration soll bestimmt werden. Die Serumprobe wurde vorab 20fach verdünnt. Bedenken Sie dies bei der Berechnung der Konzentration. 1. Pipettieren Sie nach obigem Pipettierschema die Proteinstandardlösungen sowie den Dreifachansatz der Probe unbekannter Konzentration in Plastikröhrchen zusammen. Mischen Sie zunächst für alle Proben NaCl- und Proteinlösung. Zuletzt fügen Sie allen 14
Proben das Biuretreagenz mit Hilfe einer Stabpipette hinzu. Verschließen sie das Röhrchen mit Parafilm und mischen Sie den Ansatz sorgfältig!! 2. Nach dem Pipettieren in Röhrchen und Mischen wird die Reaktionszeit von 15 min abgewartet. 3. Pipettieren Sie 1 ml des gesamten Ansatzes in Küvetten 4. Mit der ersten (Leerwert)-Probe (Ansatz 1) wird am Photometer der Nullwert eingestellt. Dann werden sukzessiv die Extinktionen der Ansätze bei 546 nm gemessen. Nicht vergessen: Deckel des Photometers vor jedem Ablesen schließen! 5. Die genaue Anleitung zur Durchführung der photometrischen Messung befindet sich an Ihrem Platz! 6. Die Extinktion (Absorption) wird im Display angezeigt. Ablesen und in die obige Tabelle übertragen. Entsorgung: Die Küvetteninhalte sind in an Ihrem Platz bereitstehende Gefäße zu gießen, die entleerten Küvetten in Abfallbeutel zu entsorgen. Auswertung: Tipps zur Auswertung und Beispiel im Anhang, S. 56 („Rechnen im Biochemischen Praktikum“). 1. Erstellen Sie die Eichkurve für 0, 1, 2, 3, 4 und 5 mg Protein; nutzen Sie das unten eingefügte Millimeterpapier (formatfüllende Auftragung!). Auf der X-Achse wird die Konzentration der Lösungen abgetragen, auf der Y-Achse die Extinktion bei 546 nm. 15
2. Legen Sie eine Bestgerade durch die Punkteschar; diese muss auf jeden Fall durch den Nullpunkt gehen. Die Proteinkonzentration der Serumprobe soll einerseits aus der Eichkurve abgelesen werden, andererseits mit Hilfe der Geradengleichung rechnerisch bestimmt werden. Vorgehensweise zum Erstellen eines aussagekräftigen Diagramms: - Beschriftung der x-Achse und der y-Achse mit entsprechendem Achsentitel und passenden Einheiten - Bestimmen Sie den jeweils kleinsten und größten x- bzw. y-Wert. - Nutzen sie zur Auftragung der Werte das gesamte Millimeterpapier (formatfüllende Auftragung), d.h. Null liegt im Schnittpunkt von x- und y-Achse, der größte x- bzw. y- Wert wird so weit entfernt wie möglich vom Nullpunkt an der entsprechenden Achse abgetragen. - Teilen sie die Werte dazwischen entsprechend ein. 16
Die Geradengleichung zur Berechnung der Konzentration der unbekannten Probe lautet: y=m∙x+b y = E (Extinktion); x = c (Konzentration); b = 0; Dy E2 - E1 m = Steigung = Dx = c2 -c1 17
3. Wie hoch ist die Proteinkonzentration in mg/ml in der verdünnten Serumprobe? Geben Sie den Wert in mg/ml und mmol/ml an. (Legen Sie die Molmasse von Albumin (= 65 000 Dalton) zugrunde.) abgelesen: errechnet: 4. Stimmt der Wert mit der Normproteinkonzentration im Serum überein? Bedenken Sie bei der Berechnung dieser Konzentration, dass die Serumprobe für die Messung 20fach verdünnt wurde. 5. Berechnen Sie, wie viel Gramm Albumin in einem ml einer 0,25 µM Lösung enthalten sind (Molmasse von Albumin: 65 000 Dalton) (siehe auch: III. Anhang, 1.2. Stoffmengen und Konzentrationen). Chemikalien und Lösungen: 1. Biuret-Reagenz: 0.3% (w/v) CuSO4, 0.9% (w/v) K-Na-Tartrat + 0.2% (w/v) KI in 0.2 M NaOH 2. Standard-Proteinlösung: 5 mg Rinderserumalbumin/ml 0.9% (w/v) NaCl-Lösung 3. Serumprobe mit unbekannter Konzentration zur Proteinbestimmung 4. NaCl-Lösung 0.9% (w/v) 18
1.2 ENZYME ALS BIOKATALYSATOREN – ALKALISCHE PHOSPHATASE Wieso? – Weshalb? – Warum? Enzyme sind wichtige Werkzeuge des Stoffwechsels. Ohne sie ist Leben – so wie wir es kennen – nicht denkbar. Das teilweise oder vollständige Fehlen eines Enzyms führt häufig zu mehr oder minder schweren Defekten, die sogar tödlich verlaufen können. Enzyme sind ebenfalls wichtige Werkzeuge der Forschung und der medizinischen Diagnostik. Sie sind dort selbst Gegenstand der Analytik (z.B. Nachweis von Enzymen bei der Leberfunktions- oder Herzinfarktdiagnostik) oder ermöglichen den sensitiven und spezifischen Nachweis von Stoffwechselmetaboliten (z.B. Nachweis von Glucose in Serum und Urin, Nachweis von Cholesterin, siehe Praktikum 2). Um Enzyme sinnvoll und effizient in der Diagnostik einsetzen zu können, müssen optimale Versuchsbedingungen (z.B. optimaler pH-Wert, optimale Substratkonzentrationen) geschaffen werden. Dies soll beispielhaft an der Bestimmung der Abhängigkeit der Umsatzgeschwindigkeit von der Substratkonzentration (Kinetik) für die alkalische Phosphatase erarbeitet werden. Theoretische Vorbereitung Löffler, Petrides, Heinrich: Biochemie und Pathobiochemie, 9. Auflage; Kapitel 7 - 9, S. 101 – 129 Vorlesung: Funktionelle Biochemie Fragen zu den theoretischen Grundlagen: Was ist ein Enzym, wie ist es aufgebaut (typische funktionelle Einheiten) und welche Wirkung hat es auf Stoffwechselreaktionen? 19
Was versteht man unter einer Enzymkinetik und beschreiben sie zwei Arten der Darstellung (mathematische Formel, graphische Darstellungen). Was besagen die beiden Kenngrößen vmax und km? Welche Einheiten haben diese und wo in der o.g. graphischen Darstellung kann man sie ablesen? Welche Arten der Hemmung eines Enzyms gibt es (nennen sie mindestens 2)? Wie verändern sich vmax und km? Nennen sie Hemmstoffe von Enzymen, die klinisch z.B. zur Krebsbehandlung oder zur Schmerzbehandlung eingesetzt werden. (2 Beispiele) 20
In welche Hauptgruppe der Enzyme gehört die im Praktikum benutzte alkalische Phosphatase? Warum spielt dieses Enzym in der medizinischen Diagnostik eine Rolle? Versuchsanleitung Anleitung vor Beginn komplett durchlesen!! Versuchsprinzip Proteinkinasen und ihre Gegenspieler die Phosphatasen sind an der Regulation zahlreicher biochemischer Vorgänge beteiligt. Sie übertragen in aller Regel eine Phosphatgruppe von einem ATP Molekül auf ein Substrat (Proteinkinasen) oder entfernen ein Phosphat von einem Substrat (Phosphatasen). Die meisten Phosphatasen sind sehr unspezifische Enzyme, welche die Hydrolyse von Phosphorsäureestern katalysieren (Gleichung (1)). (1) R-O-PO3H2 + H2O R-OH + H3PO4 Die im Versuch benutzte alkalische Phosphatase ist ein Zink-haltiges Enzym. Sie katalysiert die Übertragung der Phosphatgruppe des Substrats auf Wasser oder auch auf andere Substrate. Im Versuch dient p-Nitrophenyl-phosphat (p-NPP) als synthetisches Substrat, das entsprechend Gleichung (2) gespalten wird. (2) 21
Das dabei entstehende p-Nitrophenol hat in alkalischer Lösung ein Absorptionsmaximum bei 405 nm, dessen Zunahme photometrisch verfolgt werden kann. Die Bildung des gelb gefärbten Substrats ist zu Beginn der Reaktion proportional der Geschwindigkeit und damit der Aktivität des Enzyms. Da die Reaktionsgeschwindigkeit in der Regel nicht über längere Zeit konstant ist, extrapoliert man die in den ersten Minuten nach dem Start der Reaktion gemessenen Werte auf die Anfangs- oder Initialgeschwindigkeit. Nur in diesem Bereich ist eine Anwendung des Lambert-Beerschen Gesetzes zulässig (siehe unten). Der Zusammenhang zwischen der Reaktionsgeschwindigkeit und dem Lambert-Beerschen Gesetz ist in Gleichungen (3) und (4) dargestellt: (3) E=∙c∙d (4) = = ⋅ ⋅ Aus der Bestimmung von E/t (Extinktionsänderung pro Zeit) lässt sich daher über das Lambert-Beersche Gesetz leicht der Umsatz/Zeit (S/t in [µmol/min]) und damit die Geschwindigkeit v oder Aktivität des Enzyms berechnen.( und d sind feste Größen). Als Substrat für die alkalische Phosphatase wird p-Nitrophenylphosphat (NPP) verwendet, bei dessen Hydrolyse p-Nitrophenol entsteht. Zur Ermittlung der Reaktionsgeschwindigkeit wird die photometrische Messung des entstehenden p-Nitrophenolat-Anions bei 405 nm herangezogen. Zur Aufnahme der Kinetik werden Messungen mit Substratlösungen mit 5 unterschiedlichen Konzentrationen an NPP durchgeführt. Vorbereitung: Pipettierschema zur Herstellung der unterschiedlich konzentrierten Enzym-Substratlösungen: Vervollständigen Sie das untenstehende Pipettierschema. Gehen Sie bei der Herstellung der unterschiedlich konzentrierten Substrat-Puffer-Gemische von 1 ml Gesamtvolumen aus! Die Substratstammlösung ist 0,05 mM. 0,005 mM 0,01 mM 0,015 mM 0,03 mM 0,05 mM NPP- Substratlsg. [ml] Pufferlsg. [ml] 22
Praktische Durchführung - Aufnahme einer Enzymkinetik 1. Setzen Sie nach dem obigen Pipettierschema die jeweilige Substrat-Puffer- Gemische (1 ml) in Reaktionsgefäßen an. 2. Überführen Sie davon 990 µl in Halbmikroküvetten. 3. Stellen Sie mit Hilfe der ausgelegten Bedienungsanleitung für das Photometer das passende Kinetikprogramm für die Messung ein. 4. Führen sie die Messung durch wie in der ausgelegten Anleitung beschrieben. 5. Führen Sie die Messung mit allen Ansätzen durch. Die Umsatzgeschwindigkeiten werden ausgehend von der niedrigsten bis zur höchsten Substratkonzentration bestimmt. 6. Tragen sie die Extinktionsänderung/Zeit (E/min) in die untenstehende Tabelle ein Tragen sie hier die gemessenen Extinktionsänderungen ein: [NPP] 0,005 mM 0,01 mM 0,015 mM 0,03 mM 0,05 mM E/min 23
Auswertung Berechnen Sie aus den gefundenen Extinktionsänderungen die Aktivität bzw. Geschwindigkeit -1 2 des Enzyms. Berechnen Sie 1/v und 1/[S] (mM für p-Nitrophenol bei 405 nm: 18.5 µmol ∙cm ). (Formel ist im Tabellenkopf angegeben.) Rechnen Sie die jeweiligen Substratkonzentrationen für die graphische Darstellung in µM um. [S] 1/[S] E/min Aktivität v 1/v E/min 18.5 x 1 [µM] [1/µM] [µmol/min] [min/µmol] 24
Bestimmen Sie den vmax und den KM-Wert durch Auftragung der errechneten Werte nach Lineweaver-Burk. Denken sie bei der Darstellung des Diagramms an die Tipps von Seite 15! Chemikalien und Lösungen: 1. Pufferlösung pH 8 2. Substratlösung 0,05 mM 3. Alkalische Phosphatase 25
PRAKTIKUM 2 10.05.2021 (Zahnmediziner); 15.04.2021-07.05.2021 (Humanmediziner) 2.1. ELEKTROPHORETISCHE TRENNUNG DER SERUMPROTEINE 2.2. BESTIMMUNG VON CHOLESTERIN IM SERUM 2.3. BESTIMMUNG VON GLUCOSE IM SERUM Ablaufplan: Inhalt Aufgaben Vorbesprechung Theorie des Versuchs Serumelektrophorese 1 Vorbereitung der Elektrophorese; Überführung bereitgestellter Seren auf die Celluloseacetatfolie; Starten der Elektrophorese durch die Assistenten Cholesterinbestimmung Pipettieren von Standards und bereitgestellten im Serum Serumproben Messung der Extinktion Berechnen der unbekannten Konzentration Serumelektrophorese 2 Entnahme der Celluloseacetatfolie aus der Elektrophoresekammer; Anfärbung der getrennten Proteine; Elution des an die Proteine gebundenen Farbstoffs und Bestimmung der Konzentration durch photometrische Messung Glucosebestimmung im Pipettieren von Standards und bereitgestellten Serum Serumproben Messung der Extinktion Berechnen der unbekannten Konzentration Nachbesprechung Besprechung der Auswertung Blockpfeile kennzeichnen Arbeitsaufträge. Die Fragen zu den theoretischen Grundlagen sind vor Praktikumsbeginn zu beantworten. 26
2.1. ELEKTROPHORETISCHE TRENNUNG DER SERUMPROTEINE Wieso? - Weshalb? - Warum? Das Blutplasma (das ist der nicht korpuskuläre Anteil des Blutes) enthält 7 bis 8.5 Gewicht% Eiweiß, das ein Gemisch von ca. 90 verschiedenen Proteinen von unterschiedlicher Konzentration und Funktion darstellt. Einige wichtige Proteine oder Proteingruppen und einige wichtige Funktionen sind: Albumin (Transport, Osmose), Immunglobuline (Abwehr), Lipoproteine (Transport), Fibrinogen (Vorstufe eines Gerüstproteins für die Blutgerinnung), Transferrin (Transport), Antitrypsin (Protease-Hemmstoff), Enzyme und Vorstufen für Enzyme (Katalyse), Hormone (Regulation). Für die Diagnostik ist die Bestimmung der Konzentration einzelner Proteine oder Proteingruppen von Bedeutung. Die Konzentration der Serum- und Plasmaproteine gibt einen ersten Hinweis auf vorliegende Erkrankungen. Bei der Vielzahl und der Ähnlichkeit der physikalischen und chemischen Eigenschaften verbietet sich wegen des großen Aufwands die Reindarstellung (Isolierung) und meist auch der spezifische Nachweis. In solchen Fällen wird ein Trennverfahren (hier die Elektrophorese) mit einem Gruppennachweis (hier ein Färbereagenz für alle Proteine) kombiniert. Theoretische Vorbereitung Löffler/Petrides/Heinrich 9. Auflage: Kapitel 67 Vorlesung: Funktionelle Biochemie Video zur Serumelektrophorese: https://www.youtube.com/watch?v=z2D7ZkT3aOo Fragen zu den theoretischen Grundlagen: Erläutern Sie das Prinzip der Elektrophorese. Welche Faktoren beeinflussen die Auftrennung von Proteinen? 27
Welche Aufgaben haben die Plasmaproteine? Nennen sie von jeder Fraktion mindestens 2 Vertreter mit ihren Funktionen. Wie unterscheiden sich Serum und Plasma? Erläutern Sie die Begriffe „Dysproteinämie, Hyperproteinämie, Hypoproteinämie, Paraproteinämie“. Welchen Parameter benötigt die Ärztin/der Arzt zusätzlich zum Ergebnis der Plasma- bzw. Serumelektrophorese zwingend für die Diagnose einer Dysproteinämie? 28
Wie ändert sich die Zusammensetzung der Plasmaproteine bei 1. akuter Entzündung, 2. chronischer Entzündung, 3. Leberzirrhose? Skizzieren Sie schematisch die zu erwartenden Elektropherogramme im Vergleich zum Serum eines gesunden Menschen. 29
Versuchsanleitung Anleitung vor Beginn komplett durchlesen!! Versuchsprinzip: Die elektrophoretische Auftrennung der Serum- bzw. Plasmaproteine wird routinemäßig für diagnostische Zwecke herangezogen. Die Tatsache, dass sich geladene Teilchen in einem elektrischen Feld in Richtung auf die entgegengesetzt geladene Elektrode bewegen (Elektrophorese), wird zur Charakterisierung und Trennung von Proteinen verwendet. Wanderungsrichtung und -geschwindigkeit hängen von der elektrischen Ladung, der Größe der Proteinteilchen sowie von äußeren Bedingungen wie pH-Wert, Ionenstärke, Art des Puffers und Temperatur ab. Die hier durchgeführte Elektrophorese auf Celluloseacetatfolie wird auch im Kliniklaboratorium bei der Untersuchung der Protein-Muster von Plasma, Serum, Liquor und Biopsieproben eingesetzt. Sie ist vielseitig anwendbar und kann in Kombination mit enzymatischen Untersuchungen auch zur Erfassung des Isoenzymmusters verwendet werden. Die routinemäßig durchgeführte elektrophoretische Auftrennung des Blutserums Gesunder ergibt mindestens 5 Fraktionen: Albumine, 1-Globuline, 2-Globuline, ß-Globuline und -Globuline (siehe untenstehende Abbildung). Zur Sichtbarmachung der getrennten Proteinfraktionen (Proteinbanden) mit proteinfärbenden Farbstoffen dienen in der Regel Amidoschwarz, Bromphenolblau, Coomassie-Blau oder Ponceaurot. Für die quantitative Auswertung müssen die Farbstoffgehalte proportional dem Proteingehalt einer Bande sein. Die quantitative Auswertung der angefärbten Proteinbanden erfolgt meistens durch eine direkte photometrische Analyse. Man erhält dann die relativen Konzentrationen. Man kann auch, wie in unserem Fall, die relativen Konzentrationen der angefärbten Proteinfraktionen durch separate Extinktionsmessungen der aus den einzelnen Proteinbanden erhaltenen Eluate ermitteln. 30
Abb.: Elektrophoretische Trennung der Serumproteine In diesem Praktikum sollen die elektrophoretische Auftrennung in Proteingruppen und deren prozentualer Anteil am Gesamtserumprotein eines gesunden oder kranken Probanden bestimmt werden. Das Gesamtprotein wurde im Praktikum 1 quantitativ mit der Biuretmethode bestimmt und ist integraler Bestandteil der klinischen Bewertung der Plasma- bzw. Serumelektrophorese. Praktische Durchführung: 1. Die Celluloseacetatfolie finden sie im Pufferbad. Bitte nehmen sie diese mit Hilfe einer Pinzette aus dem Puffer und legen Sie den Streifen auf ein Papierhandtuch; streifen sie die überschüssige Flüssigkeit leicht mit einem Papierhandtuch ab (Achtung: matte Seite des Streifens muss sichtbar sein (=Trägermaterial), d.h. die abgeschnittene Ecke rechts oben positionieren (siehe Abbildung unten)). Beschriften Sie den Streifen mit einem Bleistift (Initialen ihres Namens) am rechten Rand. Die Streifen dürfen nicht austrocknen! 2. Mit einer Pipette bringt man einen Tropfen (ca. 10 µl) des bereit gestellten Serums (Bezeichnung notieren!) auf ein Stück Parafilm (Wachsfolie). Nun wird die Doppel- Lamelle eines Auftragstempels vorsichtig in das Serum eingetaucht und dann zwischen den Ausstanzungen/Faltkanten (nahe der Ausstanzung/Faltkante auf der rechten Seite) der Folie leicht aufgedrückt (siehe Abbildung). Auftragstelle → 31
3. Die Folie wird jetzt mit der Auftragstelle des Serums zum Minuspol in die Trennkammer eingelegt, beide Enden der Folie müssen im Pufferbad liegen. Den Deckel der Kammer auflegen und anschließend die Elektroden mit der Stromquelle (200 V Gleichstrom) verbinden. (60 min Laufzeit). Unfallverhütungsvorschrift: Das Ein- und Ausschalten des Stroms darf nur von der Lehrkraft vorgenommen werden. 4. Während der Laufzeit der Elektrophorese führen Sie den Versuch zur Cholesterinbestimmung (2.2) durch. 5. Bereiten Sie die Röhrchen für die Elution vor (siehe Schritt 8.) 6. Nach 60 min wird der Strom ausgeschaltet, die Folie aus der Kammer herausgenommen und 3 min in der Färbelösung langsam hin und her bewegt. 7. Dann wird die Folie 3 min im Entfärbebad langsam hin und her bewegt bis nur noch die rote Farbe der Protein-Fraktionen zu sehen ist. 8. Die angefärbten Protein-Fraktionen werden von dem am besten auswertbaren Streifen (diese Folie darf nicht austrocknen) direkt sorgfältig ausgeschnitten und jeweils getrennt in ein vorher beschriftetes Röhrchen gebracht. 9. Man gibt 3 ml Elutionslösung zu. 10. Nach 10minütigem gelegentlichem Schwenken misst man nach Überführen von 1 ml Eluat in eine Halbmikroküvette die Extinktion der Eluate bei 546 nm gegen die Elutionslösung (Leerwert). Bitte darauf achten, dass die Folienreste nicht in die Küvette gelangen. Richten sie sich bei der photometrischen Messung nach der an ihrem Platz ausliegenden Anleitung! 32
Auswertung Ermitteln Sie die Anzahl, die Wanderungsrichtung und die relativen prozentualen Anteile der elektrophoretisch aufgetrennten Plasma-Proteinfraktionen. Ordnen Sie die getrennten Proteinbanden nach fallenden Wanderungsgeschwindigkeiten den aus der Literatur bekannten Fraktionen zu. Bewerten Sie das Ergebnis. Handelt es sich um das Serum einer gesunden oder kranken Person? Woran könnte diese Person gegebenenfalls leiden? Chemikalien und Lösungen: 1. Spezialfolie für Elektrophorese 2. Pufferbad 3. Färbelösung: Ponceaurot in 3% (w/v) Trichloressigsäure (TCA) 4. Entfärbelösung: 5% (v/v) Essigsäure 5. Elutionslösung (NaOH) 6. bereitgestelltes Serum eines gesunden oder kranken Probanden (es handelt sich nicht um das Serum aus Versuch 1!) 33
2.2. BESTIMMUNG VON CHOLESTERIN IM SERUM Wieso? - Weshalb? - Warum? Cholesterin gehört chemisch gesehen zu den Isoprenlipiden und wird in allen Zellen unseres Körpers benötigt; es spielt eine zentrale Rolle bei der Bildung von Gehirnzellen, Nervenzellen und bestimmten Hormonen. Ein zu hoher Cholesteringehalt im Blut (Hypercholesterinämie) ist einer der Hauptrisikofaktoren für Erkrankungen der Herzkranzgefäße, in deren Folge es zu einem Herzinfarkt oder einem Schlaganfall kommen kann. Zusammen stellen diese Krankheiten die Haupttodesursache in Europa dar. Die Bestimmung des Cholesteringehalts im Serum, entweder als Gesamtcholesterin wie im folgenden Versuch oder differenziert nach dem an die Trägerlipoproteine LDL und HDL gebundenen Cholesterin, stellt ein Standardverfahren im medizinisch-diagnostischen Labor dar. Theoretische Vorbereitung Vorlesung: Energiestoffwechsel Lipide Löffler, Petrides, Heinrich: Biochemie und Pathobiochemie, 9. Auflage, Kapitel 23 Fragen zu den theoretischen Grundlagen: Wie hoch sind die Normwerte für den Cholesteringehalt des Serums? Ab welchem Wert spricht man von einer Hypercholesterinämie? Schildern Sie die Biosynthese des Cholesterins bis zum aktiven Isopren (danach nur noch Prinzipien erläutern). Welches ist das regulatorische Enzym der Cholesterinbiosynthese? Wie erfolgt die Regulation? 34
Wie wird Cholesterin im Blut transportiert? Welche Bedeutung hat in diesem Zusammenhang das Enzym Lecithin-Cholesterin-Acyltransferase (LCAT). Versuchsanleitung Anleitung vor Beginn komplett durchlesen!! Versuchsprinzip Etwa 70% des Cholesterins liegen im Serum als Ester höherer Fettsäuren (überwiegend Linolsäure) vor. Die Bestimmung des Cholesterins erfolgt mit Hilfe der Cholesterinoxidase (Gl. (2)) nach Freisetzung des Cholesterins aus seinen Estern mittels der Cholesterinesterase (Gl. (1)). Wasserstoffperoxid bildet mit Phenol und 4-Amino-phenazon einen roten Farbstoff (Gl. (3)), der photometrisch erfasst wird. 35
Cholesterinesterase (1) Cholesterinester + H2O Cholesterin + Fettsäure z.B.: Palmitoyl-Cholesterin Cholesterin Palmitinsäure Cholesterinoxidase (2) Cholesterin + O2 4-Cholestenon + H2O2 Peroxidase (3) 2 H2O2 + 4-Aminophenazon + Phenol 4-(p-Benzochinon- monoimino)-phenazon + 4 H2O Praktische Durchführung Das Gesamtcholesterin des Serums wird mit Hilfe nachfolgender Vorschrift bestimmt: 1. Verwenden Sie die Serumproben (A, B), die für Sie am Arbeitsplatz bereitstehen. 2. Pipettieren sie die Proben nach folgendem Schema. Vergessen Sie nicht die Ansätze gut zu durchmischen! 36
Angaben pro Reaktion; insgesamt 4 Reaktionen (1 Leerwert, 2 Serumproben, 1 Standard) ansetzen: Leerwert Probe Standard Serumprobe (A, B) − 0,01 ml − Reagenzlösung zur 1,00 ml 1,00 ml 1,00 ml Cholesterinbestimmung Standard − − 0,01 ml 3. Gut mischen; die Ansätze 20 min bei 25°C (Raumtemperatur) inkubieren. Direkt nach der Inkubation oder spätestens nach 40 min Extinktion der Analyse und des Standards gegen den Leerwert bei 546 nm messen. 4. Lesen sie die Extinktion ab, nachdem sie mit Hilfe des Leerwerts den Nullabgleich durchgeführt haben. Richten sie sich bei der photometrischen Messung nach der an ihrem Platz ausliegenden Anleitung! Extinktion Standard: Probe A: Probe B: Auswertung Die Bildung des roten Farbstoffs ist direkt proportional zur eingesetzten Cholesterinkonzentration. Die Konzentration könnte daher mit Kenntnis des Extinktionskoeffizienten für den gebildeten Farbstoff mit Hilfe des Lambert-Beerschen Gesetzes berechnet werden. Zur einfacheren Auswertung im Laboralltag wird bei dieser Messung jedoch die Extinktion eines Standards mit bekannter Konzentration gemessen und dieser ins Verhältnis zur Extinktion der unbekannten Probe gesetzt. Zur Berücksichtigung der eingesetzten Verdünnung und Umrechnung in die jeweiligen Einheiten mg/dl bzw. mmol/l wird der Wert noch mit einem Faktor F multipliziert (siehe Formel in der untenstehenden Tabelle) (weitere Erklärung zum Faktor F siehe auch III. Anhang, 1.6.2. Das Lambert-Beersche Gesetz). 37
Die Konzentration des Cholesterins in den Proben wird wie folgt berechnet: mg / 100 ml mmol / l Cholesterin-Konzentration 200 x Ext. Probe / 5,3 x Ext. Probe / Ext. Standard Ext. Standard Standard Standard Wie hoch sind die Cholesterinwerte (mg / 100 ml und mmol / l) in den beiden Proben? Probe A: Probe B: Wie beurteilen Sie die gemessenen Werte? Welche sind als pathologisch zu betrachten? Chemikalien und Lösungen: 1. Reagenzien zur Cholesterinbestimmung 2. Cholesterinstandard 3. 2 verschiedene Seren zur Analyse (A, B) 38
2.3. BESTIMMUNG VON GLUCOSE IM SERUM Wieso? – Weshalb? – Warum? Die Einhaltung einer Glucosehomöostase - also das Einstellen eines in engen Grenzen schwankenden Blutzuckerwertes - ist wichtig für das Überleben obligat Glucose-abhängiger Gewebe auch in Zeiten der Nahrungskarenz. Durch konzertierte Aktion des blutzuckersenkenden Hormons Insulin und seiner blutzuckersteigernden Antagonisten (Glucagon, Adrenalin, Cortisol) wird im gesunden Menschen ein konstanter Blutzuckerwert von ca. 5 mM Glucose (90 mg/dl) erreicht. Für den Nachweis von Glucose in Serum oder Urin werden enzymatische Verfahren angewendet, die einen höchst sensitiven und spezifischen Nachweis erlauben. Sie lernen als Beispiel in diesem Praktikum den Nachweis von Glucose mit Hilfe der Glucose-Dehydrogenase-Methode kennen. Im online-Praktikum wird Ihnen dieser Test im Zusammenhang mit dem oralen Glucosetoleranztest wieder begegnen. Der orale Glucosetoleranztest (Zuckerbelastungstest, kurz auch oGTT) dient dem Nachweis einer gestörten Glucoseverwertung wie sie z.B. im Diabetes mellitus vorliegt. Theoretische Vorbereitung Vorlesung: Energiestoffwechsel Kohlenhydrate Vorlesung: Funktionelle Biochemie Löffler, Petrides, Heinrich: Biochemie und Pathobiochemie, 9. Auflage; Kapitel 7, Kapitel 9 Löffler, Petrides, Heinrich: Biochemie und Pathobiochemie, 9. Auflage; Kapitel 14 + 15 Fragen zu den theoretischen Grundlagen: Glucose ist ein für den Menschen wichtiges Kohlenhydrat. Charakterisieren Sie dieses wichtige Kohlenhydrat (funktionelle Gruppen, systematische Einordnung, mögliche Reaktionen). Nennen Sie die Summenformel und schreiben die Strukturformel der -D- Glucose in der Fischer-Projektion und der Haworth-Schreibweise auf. 39
Erklären Sie den Begriff „Glucosehomöostase“. In welchem Bereich sollten sich in einem gesunden Menschen die Blutzuckerwerte (mg/dl und mmol/l) einpendeln? Warum ist Glucosehomöostase wichtig? Welche 2 weiteren (neben der hier verwendeten: Glucose-Dehydrogenase-Bestimmung) Bestimmungsmethoden der Glucose im Serum/Urin kennen Sie? 40
Versuchsanleitung Anleitung vor Beginn komplett durchlesen!! Versuchsprinzip In zur Verfügung gestelltem Serum wird der Glucosegehalt mit Hilfe der Glucose- Dehydrogenase-Methode bestimmt. Glucosedehydrogenase (Glc-DH.) katalysiert die Oxidation von Glucose: Glc-DH β-D-Glucose + NAD + D-Gluconolacton + NADH + H+ Sie führen damit einen sog. optischen Test nach Warburg durch. Der Nachweis stützt sich auf die Enzymaktivität NAD+/NADH oder NADP+/NADPH-abhängiger Oxidoreduktasen. Im Verlauf der Reaktion bilden oder verbrauchen sich die reduzierten Reduktionsäquivalente NADH oder NADPH. Im vorliegenden Fall ist sicher gestellt, dass die Reaktion vollständig von links nach rechts, also zugunsten des D-Gluconolacton und NADH abläuft. Da sich die optischen Eigenschaften von NADH und NADPH durch eine spezifische Lichtabsorption bei einer Wellenlänge von 340 nm (Absorptionsmaximum) von denen des NAD+ und NADP+ unterscheiden, lassen sich Änderungen der Konzentrationen der oxidierten bzw. reduzierten Formen dieser Cosubstrate photometrisch leicht ermitteln. Die Abnahme bzw. Zunahme der Extinktion ist dem Verbrauch bzw. der Bildung von NADH proportional und spiegelt damit den zeitlichen Verlauf oder die Kinetik der enzymkatalysierten Reaktion wider. Das Messprinzip wird daher auch als kinetisch-optischer Test bezeichnet. Mit Hilfe des Lambert-Beerschen Gesetzes und Kenntnis des Extinktionskoeffizienten für NADH lässt sich nach Messung der Extinktion auch auf eine unbekannte Konzentration (hier: Glucose) rückrechnen. Da pro Mol oxidierter Glucose 1 Mol reduziertes NADH gebildet werden, entspricht die Konzentration an NADH derjenigen von Glucose. Wie im Versuch 2.2. BESTIMMUNG VON CHOLESTERIN IM SERUM wird auch hier ein Referenzwert (Standard) mitgeführt, mit dessen Hilfe über Dreisatzrechnung die unbekannte Konzentration in der Serumprobe ermittelt werden kann. 41
Praktische Durchführung Wichtig: Nicht alle Proben gleichzeitig ansetzen, da die Reaktion direkt startet! Sondern: Einen Ansatz zusammen pipettieren (nach dem Schema in der untenstehenden Tabelle), Inkubationszeit abwarten, messen und dann mit der nächsten Probe beginnen!!! 1. Pipettieren Sie nach folgendem Pipettierschema unmittelbar vor der Messung die Reaktionsansätze in einer Halbmikroküvette zusammen. Gut mischen! Beginnen Sie mit dem Standard! Probe Standard Reagenzlösung 1000 µl 1000 µl Serum 10µl - Standardlösung 100mg/dl - 10 µl 2. Gemessen wird bei 340 nm. Stellen sie eine Stoppuhr auf 4 Minuten ein. Stellen Sie die Küvette ins Photometer. Warten Sie 2 Minuten Inkubationszeit ab und lesen Sie die Extinktion ab, ebenso nach jeder weiteren Minute bis die 4 Minuten beendet sind. Mit dieser Vorgehensweise erhalten Sie mehrere Werte aus dem Bereich der Initialgeschwindigkeit dieser enzymatischen Reaktion. Nur in diesem Bereich ermöglicht die Anwendung des Lambert-Beerschen Gesetzes, das der vereinfachten Auswertung (siehe „Auswertung“) zugrunde liegt, die zuverlässige Bestimmung der Glucosekonzentration. 3. Tragen sie die jeweiligen Extinktionen in die untenstehende Tabelle ein. E340 nm E340 nm E340 nm nach 2 min nach 3 min nach 4 min Standard Probe A Probe B 42
Auswertung Bilden Sie die Differenz der Extinktionen zwischen 3 und 2 Minuten und die Differenz zwischen 4 und 3 Minuten. Aus diesen 2 Differenzen bilden sie bitte den Mittelwert, dies ist ihr ΔE (genauer: E/min). Tragen Sie die Werte in die folgende Tabelle ein: Differenz 1 Differenz 2 Mittelwert Extinktion Extinktion aus Differenz 1 nach 3 min – nach 4 min – und Differenz 2 Extinktion Extinktion nach 2 min nach 3 min E Standard Probe A Probe B Die Glucosekonzentration in der Blutprobe ergibt sich aus folgendem Dreisatz, der die gemessene Extinktionsdifferenz einer Probe mit bekannter Konzentration ins Verhältnis setzt zur gemessenen Extinktionsdifferenz der unbekannten Konzentration der Blutprobe. Glucose-Konzentration (Blutprobe): Standardkonzentration x ΔE Probe [mg/dl] ΔE Standard Tragen Sie die Extinktionsdifferenzen und die daraus berechneten Glucosekonzentrationen [mg/dl] ein. Glucosekonzentration [mg/dl] Probe A Probe B 43
Bewerten Sie die gemessenen Glucosekonzentrationen in den verschiedenen Seren. Chemikalien und Lösungen: 1. Reagenz zur Glucosebestimmung 2. Glucose-Standard 100 mg/dl 3. verschiedene Seren zur Analyse (A, B) 44
III. Anhang Im Folgenden finden Sie eine Zusammenstellung von Einheiten, Gesetzmäßigkeiten und Rechenwegen, die Sie zur erfolgreichen Durchführung des Praktikums benötigen und die Ihnen die Auswertung erleichtern sollen. Dieses Kapitel enthält sowohl Anleitungen für die Auswertung der Präsenzpraktika als auch der online – Praktika. 1. RECHNEN IM BIOCHEMISCHEN PRAKTIKUM Im Verlauf des Praktikums werden oftmals Konzentrationen von Massen (z.B. in µg Protein pro ml) oder Molaritäten (z.B. in mmol einer Säure pro Liter) experimentell bestimmt. Die tatsächlich gesuchte Größe ist dann aber nicht das primäre Ergebnis selbst, sondern bei einem Protein z.B. die Serumkonzentration, so dass die gefundene Masse noch in Bezug zum jeweiligen Volumen gesetzt werden muss. Da die Einheiten in der Regel vorgegeben sind, um sinnvolle Vergleichswerte zu erhalten, müssen die zunächst erhaltenen Einheiten noch umgerechnet oder Verdünnungsfaktoren berücksichtigt werden. Hierzu ist es notwendig zu wissen, wie man verschiedene Einheiten ineinander überführen kann. In manchen Versuchen werden auch grundlegende statistische Verfahren wie die Bildung von Mittelwerten und Standardabweichungen oder die lineare Regression benötigt. Das Ziel dieses Praktikums ist es, die Zusammenhänge zwischen verschiedenen physikalischen Größen zu erklären und das für das Praktikum notwendige "Rechenrüstzeug" mit auf den Weg zu geben. 1.1 Physikalische Größen und Einheiten In der Physik gelten zur Beschreibung unterschiedlicher Basisgrößen wie Länge, Masse etc. Internationale Einheiten (Systeme International d'Unites, abgek.: SI) mit standardisierten Symbolen und Basiseinheiten. Die wichtigsten SI-Einheiten sind in Tabelle 1 zusammengefasst. Basisgrößen Symbole Basiseinheiten (Zeichen) Länge l Meter (m) Masse M Kilogramm (kg) Zeit t Sekunde (s) Elektr. Stromstärke I Ampere (A) Stoffmenge n Mol (mol) Tabelle 1: SI-Einheiten (aus Hellenthal, Physik für Mediziner, 5. Auflage 1997) 45
Um Bruchteile oder Vielfache dieser Basisgrößen anzugeben, werden Vorsilben verwendet und der jeweiligen Basiseinheit eine Kurzbezeichnung vorangestellt. Vorsilbe Kurzbezeichnung Zehnerpotenz Beispiele Piko p 10-12 Pikofarad -9 Nano n 10 Nanometer Mikro µ 10-6 Mikromol Milli m 10-3 Milligramm Zenti c 10-2 Zentimeter Dezi d 10-1 Deziliter Hekto h 102 Hektopascal Kilo k 103 Kilometer Mega M 106 Megahertz Giga G 109 Gigahertz Tabelle 2: Bruchteile und Vielfache von Einheiten Von den Grundeinheiten werden abgeleitete Größen und Einheiten gebildet. So wird das Volumen in m3 angegeben, also von der SI-Einheit m abgeleitet, die Geschwindigkeit wird in m*s-1 angegeben, also von den SI-Einheiten m und s abgeleitet. Umgangssprachlich werden aber oft auch andere Einheiten wie km*h-1 statt m*s-1 verwendet, da diese Größen schon lange in Verwendung sind und somit besser mit anderen Angaben verglichen werden können. Dies trifft insbesondere auch auf die medizinische Labordiagnostik zu, wo Angaben z.B. in g*dl-1 statt in kg*m-3 gemacht werden. Durch die Verwendung solcher nicht-SI-Einheiten wird oft auch der Umgang mit besonders großen oder besonders kleinen Zahlen vermieden. Um die unterschiedlichen Einheiten ineinander umzurechnen, reicht in der Regel die Kenntnis der in Tabelle 1 und 2 aufgeführten Größen und Vorsilben aus. Beispiele: (1) 50 km*h-1 = 50 000 m*h-1 = 50 000 m * (3600 s)-1 = 13.89 m*s-1 (2) 50 m*s-1 = 0.05 km*s-1 = 0.05 km * (0.000278 h)-1 = 180 km*h-1 (3) 180 g*dl-1 = 0.180 kg*dl-1 = 0.180 kg*(0.1 l)-1 = 0.180 kg*(0.1 dm3)-1 = 0.180 kg * (0.0001 m3)-1 = 0.180 kg * 0.0001 m-3 = 1 800 kg*m-3 (oder 1 800 g/l) 46
1.2. Stoffmengen und Konzentrationen Weiter ist es oft notwendig, aus Konzentrationsangaben Stoffmengen zu berechnen oder umgekehrt aus Stoffmengen und Volumen eine Konzentration zu ermitteln. Die Konzentrationen werden in der Regel in "molar" angegeben und mit "M" abgekürzt, wobei eine 1 molare Lösung einer Substanz 1 mol*l-1 enthält. Beispiele: (1) Wie viel mol (mmol, µmol) NaOH sind in 100 ml einer 0.05 molaren Lösung enthalten? 0.05 molar = 0.05 mol*l-1 100 ml = 0.1 l 0.05 mol*l-1 * 0.1 l = (0.05*0.1) mol*l-1 * l = 0.005 mol (= 5 mmol = 5 000 µmol) In 100 ml einer 0.05 molaren NaOH-Lösung sind 0.005 mol (5 mmol, 5 000 µmol) NaOH enthalten. (2) Wieviel g NaCl muss man in 300 ml Wasser lösen, um eine 0.5 M Lösung zu erhalten, wenn 1 mol NaCl eine Masse von 58.44 g haben (58.44 g*mol-1)? eine 0.5 M Lösung NaCl enthält 0.5 mol*l-1 300 ml = 0.3 l 0.5 mol*l-1 * 0.3 l = (0.5*0.3) mol*l-1 * l = 0.15 mol → 300 ml einer 0.5 M NaCl-Lösung enthalten 0.15 mol NaCl 58.44 g*mol-1 * 0.15 mol = (58.44*0.15) g*mol-1*mol = 8.766 g Man muss 8.766 g NaCl einwiegen und auf 300 ml mit Wasser auffüllen, um eine 0.5 M Lösung zu erhalten. In der zweiten Aufgabe ist die Angabe aufgetaucht, welche Masse 1 mol einer Substanz hat. Diese Angabe wird als molare Masse bezeichnet und mit Mr abgekürzt. Die Einheit für die molare Masse ist Dalton (Da), dabei gilt 1 Dalton = 1 g*mol-1. Die molare Masse eines Moleküls setzt sich aus den molaren Massen der im Molekül vertretenen Atome zusammen. 47
Beispiel: (1) Wie ist die molare Masse von MgCl2? Atomgewicht Mg: 24.305 g*mol-1, Atomgewicht Cl: 35.453 g*mol-1 molare Masse von MgCl2 = 24.305 + (2*35.453) = 95.211 g*mol-1 Kennt man die molare Masse einer Substanz und ihre molare Konzentration, so kann man von der molaren Konzentration (= Stoffmengenkonzentration) in eine Massenkonzentration umrechnen. Beispiel: (1) Wieviel mg*dl-1 Creatinin enthält eine 80 µM Lösung (Mr Creatinin = 113 Da)? eine 80 µM Lösung Creatinin enthält 80 µmol*l-1 = 0.08 mmol*l-1 = 0.00008 mol*l-1 0.00008 mol*l-1 * 113 Da (g*mol-1) = (0.00008 * 113) mol*l-1*g*mol-1 = 0.00904 g*l-1 0.00904 g*l-1 = 9.04 mg*l-1 → in einem Liter der Lösung sind 9.04 mg Creatinin enthalten 1dl = 0.1 l → in einem dl der Lösung sind 0.904 mg Creatinin enthalten. Die Massenkonzentration der Lösung beträgt 0.904 mg*dl-1. Neben Stoffmengenkonzentrationen und Massenkonzentrationen wird die Konzentration - insbesondere, aber nicht ausschließlich von Flüssigkeiten in Flüssigkeiten - oft auch in Prozent angegeben. Dabei muss zwischen Volumenprozent und Massenprozenten unterschieden werden. So besagt die Angabe "Dieser Wein beinhaltet 10 Vol-% Alkohol", dass in 100 ml des Weines 10 ml reiner Alkohol enthalten sind, was aber nicht gleichbedeutend ist mit 10 g reinen Alkohols. Die Angabe Vol-% und Gew-% stimmt nur dann überein, wenn die gelöste Substanz und das Lösungsmittel die gleiche Dichte haben. Die Dichte einer Substanz gibt das Verhältnis zwischen Masse und Volumen an. Dichte = Masse * Volumen-1 [kg*m-3] 48
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