VON MIRACOLIX ZUM DIZ FORSCHUNGS-WORKFLOW - Prof. Dr. Hans-Ulrich Prokosch Lehrstuhl für Medizinische Informatik, Friedrich-Alexander-Universität ...
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VON MIRACOLIX ZUM DIZ FORSCHUNGS-WORKFLOW Prof. Dr. Hans-Ulrich Prokosch Lehrstuhl für Medizinische Informatik, Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg CIO Universitätsklinikum Erlangen Koordinator des MIRACUM Konsortiums
Daten sind der Schatz für
neue Erkenntnisse
Wo in Deutschland gibt es welche Daten zur
Beantwortung neuer Forschungsfragen?
2
Daten sind der Schatz für
neue Erkenntnisse
Wo in Deutschland gibt es welche Daten zur
Beantwortung neuer Forschungsfragen?
Wissenschaftler/in
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3
MII Ziel: „Konsolidieren“ einer bisher
„unkoordinierten“ Datenlandschaft
Bisher muss ein Wissenschaftler
Wo inseparat bei gibt es welche Daten zur
Deutschland
Beantwortung neuer Forschungsfragen?
jedem DIZ/Uniklinikum eine Machbarkeits-/Datenanfrage stellen
Wissenschaftler/in
Metadaten
Bisherige Anfragen
Datenlandkarte
DIZ 1 DIZ 2 ... DIZ n
Angelehnt an: MII | 27.03.2019 – Foliensatz der MII Koordinationsstelle 4
MII Ziel: „Konsolidieren“ einer bisher
„unkoordinierten“ Datenlandschaft
Durch die MII soll ein Wissenschaftler eine Anfrage
an alle DIZ gleichzeitig stellen können
Wissenschaftler/in
Metadaten
Bisherige Anfragen
Datenlandkarte
Zentrale Antrags- und Registerstelle (ZARS)
vereinfachte
Projektabwicklung
Projektübersicht
DIZ 1 DIZ 2 ... DIZ n
Angelehnt an: MII | 27.03.2019 – Foliensatz der MII Koordinationsstelle 5
ZARS als zentrale Anlaufstelle
der MII
M-ZARS
6
Vom MIRACOLIX Ökosystem
zum MIRACUM DIZ
Medical Informatics ReusAble
eCo-system of Open source
Linkable and Interoperable
software tools – X
MIRACOLIX
7
Vom MIRACOLIX Ökosystem
zum MIRACUM DIZ zum Forschungs - WF
Medical Informatics ReusAble
eCo-system of Open source
Linkable and Interoperable
software tools – X
MIRACOLIX
8
Vom MIRACOLIX Ökosystem
zum MIRACUM DIZ zum Forschungs - WF
MIRACUM Ziel 2020:
Workflow-Unterstützung für Forschungsprojekte
• Metadaten / Datamap: Überblick über verfügbare Daten
9
Vom MIRACOLIX Ökosystem
zum MIRACUM DIZ zum Forschungs - WF
MIRACUM Ziel 2020:
Workflow-Unterstützung für Forschungsprojekte
• Metadaten / Datamap: Überblick über verfügbare Daten
10Vom MIRACOLIX Ökosystem
zum MIRACUM DIZ zum Forschungs - WF
MIRACUM Ziel 2020:
Workflow-Unterstützung für Forschungsprojekte
• Metadaten / Datamap: Überblick über verfügbare Daten Research Portal
Register Data Map Feasibility
Machine Metadata Project
Learning Repository Proposal
MIRACUM Research Portal Content 11MIRACUM Ziel 2020
Metadaten beschreiben Inhalte
des MIRACUM Forschungsportals
• Metadaten / Datamap: Überblick über verfügbare Daten Research Portal
Register Data Map Feasibility
Machine Metadata Project
Learning Repository Proposal
MIRACUM Research Portal Content 12MIRACUM Ziel 2020
Metadaten beschreiben Inhalte
des MIRACUM Forschungsportals
*the below mentioned numbers are fictive values
• Metadaten / Datamap: Überblick über verfügbare Daten Research Portal
Connected University Hospitals: 10
Patients: 3.034.243
- incl. Biomaterial 18.012
- incl. Images 25.143
- consented Data Use 0
- consented Biomaterial Use 0
Encounters: 9.124.543
Diagnosis: 35.321.765
Procedures: 29.123.456
Medication: 33.123
Laboratory Results: 133.222.111
Lung Function Diagnostics: 603.044
MIRACUM Research Portal Content 13Vom MIRACOLIX Ökosystem
zum MIRACUM DIZ zum Forschungs - WF
MIRACUM Ziel 2020:
Workflow-Unterstützung für Forschungsprojekte
• Metadaten / Datamap: Überblick über verfügbare Daten
14Vom MIRACOLIX Ökosystem
zum MIRACUM DIZ zum Forschungs - WF
MIRACUM Ziel 2020:
Workflow-Unterstützung für Forschungsprojekte
• Metadaten / Datamap: Überblick über verfügbare Daten
• Machbarkeitsanalyse liefert Größe einer charakterisierten Kohorte
15Vom MIRACOLIX Ökosystem
zum MIRACUM DIZ zum Forschungs - WF
MIRACUM Ziel 2020: Föderierte
Machbarkeitsanalysen über die MIRACUM Standorte hinweg
Authentifizierung
Research Portal
Register Data Map Feasibility
Machine Metadata Project
Learning Repository Proposal
MIRACUM Research Portal Feasibility 16MIRACUM Ziel 2020: Machbarkeitsanalysen
über die MIRACUM Standorte hinweg
Research Portal
Feasibility
Consent Status
Research with Hospital Data
Yes
No
Not asked
Linkage with Health Insurance Data Project
Research with Biomaterial
Recontact
Proposal
MIRACUM Research Portal Feasibility
17Vom MIRACOLIX Ökosystem
zum MIRACUM DIZ zum Forschungs - WF
MIRACUM Ziel 2020:
Workflow-Unterstützung für Forschungsprojekte
• Metadaten / Datamap: Überblick über verfügbare Daten
• Machbarkeitsanalyse liefert Größe einer charakterisierten Kohorte
• Projekt-/Antragsmanagement ermöglicht zentrale Antragsstellung
18MIRACUM Ziel 2020: Projektantrag
über die MIRACUM Standorte hinweg
Research Portal
Register Data Map Feasibility
Machine Metadata Project
Learning Repository Proposal
MIRACUM Research Portal Project Submission
19MIRACUM Ziel 2020:
zentrales Projektantragsportal
Research Portal
Register Data Map Feasibility
Machine Metadata Project
Learning Repository Proposal
MIRACUM Research Portal Project Submission
20MIRACUM Ziel 2020:
Projektantragsverteilung
Durch das MIRACUM Projektantragsportal kann ein
Wissenschaftler eine Projektanfrage an alle MIRACUM DIZ
gleichzeitig stellen Wissenschaftler/in
UAC MIRACUM - Projektanfragen
M-ZARS M-
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UAC UAC UAC
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? ?
Dresden Erlangen
..... Marburg L-
Angelehnt an: MII | 27.03.2019 – Foliensatz der MII Koordinationsstelle 21MIRACUM Ziel 2020: Rückmeldung der
Standort UAC-Entscheidungen
Research Portal
Register Data Map Feasibility
Machine Metadata Project
Learning Repository Proposal
MIRACUM Research Portal Project Submission
22Vom MIRACOLIX Ökosystem
zum MIRACUM DIZ zum Forschungs - WF
MIRACUM Ziel 2020:
Workflow-Unterstützung für Forschungsprojekte
• Metadaten / Datamap: Überblick über verfügbare Daten
• Machbarkeitsanalyse liefert Größe einer charakterisierten Kohorte
• Projekt-/Antragsmanagement ermöglicht zentrale Antragsstellung
• Projektantrag wird an alle ausgewählten MIRACUM Standorte verteilt
• und durchläuft dort jeweils die UAC - Governance
23UAC
Zusammenfassung: MIRACUM
Forschungs Workflow Unterstützung
UAC
Research Portal
Connected University Hospitals: 10
Patients: 3.034.243
- incl. Biomaterial 18.012
- incl. Images
- consented Data Use
- consented Biomaterial Use
Encounters:
Diagnosis:
25.143
0
0
9.124.543
L- UAC
35.321.765
Procedures:
29.123.456
Medication:
33.123
Laboratory Results 133.222.111
Lung Function Diagnostics: 603.044
MIRACUM Research Portal Data Map *
L-
UAC
..
..
.
L-
M-ProSkive L-
24Vorgehen MIRACOLIX Entwicklung
Vorgehen MIRACOLIX Entwicklung
MIRACUM Competence Center
• Lead Partner pro Komponente
• kompetenzgetrieben
• z.B. Erlangen für i2b2, Dresden für OHDSI,
Magdeburg für XNAT, Greifswald für gICS...
• Verantwortlich für die Entwicklung bzw.
Anpassung einzelner Komponenten;
stellt Installationskandidaten bereit
• Leistet Support für Partner-DIZe beim
Aufbau der Komponenten
• Starke MIRACUM CommunityZusammenfassung
• MIRACOLIX ist
• eine dynamisch wachsende Sammlung von Tools
• open-source und gut dokumentiert
• liefert die Referenzimplementierung eines MIRACUM DIZ
• MIRACOLIX wächst
• durch das Engagement der Competence Center
• und der aktiven MIRACUM Community
aus Entwicklern und Anwendern
• das zweite MIRACOLIX Release
• legt die Basis für einen zukünftigen MIRACUM
Forschungs-Workflow
27Vielen Dank dem MIRACUM Team
. . . und für Ihre Aufmerksamkeit
Förderkennzeichen:
01ZZ1801ADeployment
ion
Integrat
• Kapselung der Services Analysen
g
• einfache Bereitstellung Reportin
• archivierbar Integra
oenn
IntAengaralytsi
ysretinng
ARneaplo t
Platform g eConsen
• Docker Reportin
ion
Integrat
Connect
• Aufbau produktiver n
AnalyseM
Connect
g DR
Umgebungen RepPlaotrfotrimn eConsen
t
e enitt
CoAnusd
latform e r
• Zertifizierung der ImagesP lo gieserv
Termino
Connect
Connect
MDR
MDR t
eConsen Audit
Platform
cture A itologieserver
udin
Infrastru ve r Ter m
logieser
Connect
Termino
MDR
Infrastru
cture Audit
Infrastru
cture
in olo gieserver
Term
29MIRACUM Ziel 2020: Machbarkeitsanalysen
über die MIRACUM Standorte hinweg
Research Portal
• 11. Grundsätze des Antragsverfahrens
• …..
b) Die Konsortien stellen sicher,
dass potentielle Projektpartner bei Antragsstellung die Möglichkeit
zur Machbarkeitsüberprüfung ihres Forschungsvorhabens erhalten.
Hierzu wird ein Verfahren eingerichtet, welches dem Anfragenden
die Zahl der infrage kommenden Patienten und Probanden
in den Grenzen datenschutzrechtlicher Möglichkeiten zurückmeldet.
MIRACUM Research Portal Feasibility
30Vorgehen
Entwicklungsumgebung
Kooperations-Strukturen wurden aufgebaut werden
• Zentral bereitgestellte Services
• Wiki, Ticketing, Repository, CI, Chat, …
• Governance
• Product Ownership
• Pull Requests
• SOPs und Dokumentation
• Release Synchronisation
• Lernen von erfolgreichen Distributionen
• Community Management
• Community Feeling
31MIRACUM DIZ Kernkomponenten
nach MII Jahr 1
MIRACUM-DQ Reporting
Mainzelliste Reporting Analysen
Reporting AnalysenPlatform Integration
Connect
Reporting Analysen Integration
Platform
Platform
Connect
Connect
Platform
eConsent Terminolog
Connect
eConsent
Infrastructure MD
MDR
Terminologieserver
Terminologieserver MDR
Audit
Infrastructure Audit
Terminologieserver
InfrastructureSie können auch lesen
