ELN-Wegweiser Elektronische Laborbücher im Kontext von Forschungs-datenmanagement und guter wissenschaftlicher Praxis - ein Wegweiser für die ...
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ELN-Wegweiser Elektronische Laborbücher im Kontext von Forschungs- datenmanagement und guter wissenschaftlicher Praxis – ein Wegweiser für die Lebenswissenschaften 2. aktualisierte und erweiterte Fassung 2020
Impressum Herausgeber ZB MED – Informationszentrum Lebenswissenschaften Gleueler Straße 60 50931 Köln Webseite https://www.publisso.de/forschungsdatenmanagement/ fd-dokumentieren/ Lizenz Die Inhalte dieses Wegweisers sind lizenziert unter einer Creative Commons Namensnennung 4.0 International Lizenz (CC BY 4.0); https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/deed.de Von dieser Lizenz ausgenommen sind die verwendeten Logos und Grafiken. DOI (Digitalausgabe) https://dx.doi.org/10.4126/FRL01-006422868 Zitationsvorschlag (Digitalausgabe) ZB MED (Hrsg.) 2020. Elektronische Laborbücher im Kontext von Forschungs- datenmanagement und guter wissenschaftlicher Praxis – ein Wegweiser für die Lebenswissenschaften, 2. aktualisierte und erweiterte Fassung, Köln. Autorinnen Beatrix Adam (adam@zbmed.de) Birte Lindstädt (lindstaedt@zbmed.de) Redaktion und Layout Stephanie Hann (hann@zbmed.de) Petra Kneib (kneib@zbmed.de) Kontakt forschungsdaten@zbmed.de Stand: August 2020
4 ELN-Wegweiser
Inhaltsverzeichnis
Impressum .....................................................................................................................................................................................................3
Inhaltsverzeichnis Info-, Best-Practice- und Toolboxen.............................................................................................................................. 6
1. Einleitung .....................................................................................................................................................................................................7
1.1. Motivation und Problemstellung.....................................................................................................................................................................................7
1.2. Ziele dieser Handreichung............................................................................................................................................................................................... 8
1.3. Aufbau.................................................................................................................................................................................................................................... 9
2. Das Elektronische Laborbuch im Kontext des Forschungsdatenmanagements.................................................................................. 14
2.1. Dokumentation von Forschungsdaten im ELN.........................................................................................................................................................14
2.2. Das ELN als wichtiger Baustein im Lebenszyklus von Forschungsdaten.........................................................................................................14
3. Anforderungen an ein elektronisches Laborbuch...................................................................................................................................18
3.1. Abbildbarkeit der Forschungsprozesse.....................................................................................................................................................................18
3.2. Möglichkeit der Erfassung unstrukturierter Daten.................................................................................................................................................18
3.3. Usability.................................................................................................................................................................................................................................18
3.4. Transparenz und Flexibilität...........................................................................................................................................................................................18
3.5. Performance und Stabilität............................................................................................................................................................................................18
3.6 Regulatorische Anforderungen.....................................................................................................................................................................................19
3.7. Beweissicherheit.............................................................................................................................................................................................................. 24
3.8 Bereitstellungsmodell/Datenspeicherung................................................................................................................................................................25
3.9. Möglichkeit der Einbindung in ein Forschungsdatenmanagement bzw. in eine vorhandene Forschungsdateninfrastruktur......26
3.10. Exit-Strategien: Export des gesamten ELN...............................................................................................................................................................26
3.11. Suchfunktion...................................................................................................................................................................................................................... 27
3.12. Funktionen für Sharing/Kollaboration....................................................................................................................................................................... 27
4. Vorgehensweise bei der Einführung elektronischer Laborbücher..................................................................................................... 30
4.1. Auswahl eines geeigneten ELN.................................................................................................................................................................................... 30
4.1.1. Analyse der Ausgangssituation........................................................................................................................................................................ 30
4.1.2. Feststellung des Bedarfs/Bedarfsabfrage......................................................................................................................................................31
4.1.3. Kriterien zur Einschränkung der Produktauswahl.......................................................................................................................................31
4.2. Test der ausgewählten Produkte.................................................................................................................................................................................36
4.3. Einführung des ausgewählten ELN.............................................................................................................................................................................36
4.4. NEU: Rechtliche Rahmenbedingung: Der Personalrat......................................................................................................................................... 37
5. Kategorisierung Elektronischer Laborbücher...................................................................................................................................... 40
5.1. Kategorisierung nach Funktionsumfang.................................................................................................................................................................. 40
5.2. Kategorisierung nach IT-Konzept............................................................................................................................................................................... 40
5.3 Kategorisierung nach Konzept – generisch, generisch mit Fokus, fachspezifisch........................................................................................41
5.4. Kategorisierung nach Lizenzmodell – kommerziell, Open Source......................................................................................................................41
6. Anhang .................................................................................................................................................................................................. 50
7. Quellennachweise...................................................................................................................................................................................... 51
ELN-Wegweiser 5Best-Practice-Boxen
Erhebung und Zusammenfassung der Best-Practice-Beispiele .................................. 10
Fallbeispiel Charité Berlin/Berlin Institute of Health .....................................................12
Fallbeispiel ETH Zürich ......................................................................................................15
NEU: Fallbeispiel Leibniz-Institut für Alternsforschung
(Fritz-Lipmann-Institut), Jena.........................................................................................20
Fallbeispiel Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf (HHU) ..........................................28
Fallbeispiel Robert Koch-Institut (RKI) .......................................................................... 34
Fallbeispiel Universitätsmedizin Göttingen (UMG) .......................................................38
NEU: Fallbeispiel Universität und Universitätsklinikum zu Köln (UzK)........................ 42
Infoboxen
Umstieg vom Papierlaborbuch zum ELN/Einführung in das Thema ELN ..................... 9
Das ELN als Baustein im Lebenszyklus von Forschungsdaten ......................................19
Anforderungen an ein ELN .............................................................................................. 27
Auswahl eines geeigneten ELN .......................................................................................30
ELN-Workshops .................................................................................................................31
Literatur zu Best-Practice-Beispielen ............................................................................ 32
Ausschreibungen für ELNs können Impulse geben ...................................................... 33
Erstellung eines Testfragebogens ..................................................................................36
Beispiele für institutionelle Informationen über ELN und FDM ...................................36
NEU: Rechtliche Rahmenbedingungen .......................................................................... 37
Toolboxen
Bedarfsabfrage zum Thema Elektronisches Laborbuch
(Electronic Lab Notebook)............................................................................................... 45
Checkliste für Auswahl, Test und Einführung eines
Elektronischen Laborbuchs ............................................................................................48
6 ELN-Wegweiser1. Einleitung
1.1. Motivation und Problemstellung
Immer häufiger werden in Laboren Papier-Laborbücher ɲ Wie gestaltet sich der gesamte Workflow
durch elektronische Laborbücher ersetzt. für Forschungsdaten im Lebenszyklus?
ɲ Welche IT-Anwendungen oder Tools sollen in
engl.: Electronic Lab(oratory) Notebook (ELN) welchem Schritt genutzt werden?
dt. Synonym: Elektronisches Laborbuch (ELB) ɲ Welche Funktion soll ein ELN in diesem
Gesamtkontext erfüllen?
Bei diesem Umstieg spielt es nicht nur eine Rolle, Papier
Neben der Gestaltung eines institutionellen Forschungsda-
durch eine digitale Anwendung zu ersetzen. Ebenso wichtig
tenmanagements kann ein ELN auch einen wesentlichen
ist auch die Möglichkeit, die elektronische Form des Labor-
Beitrag zur guten wissenschaftlichen Praxis leisten, da
buches in das Gesamtsystem eines digitalen Forschungsda-
durch seinen Gebrauch Forschungsprozesse und -ergeb-
tenmanagements (FDM) zu integrieren.
nisse besser nachvollziehbar werden.
Im Lebenszyklus von Forschungsdaten hat das ELN eine
hohe Bedeutung im Rahmen der Dokumentationsphase.
Bei allen Überlegungen im Kontext der Anschaffung und
Nutzung eines ELN sollten zu Beginn einige grundsätzliche
Fragen stehen:
Forschungsdaten
managemement planen
Electronic Lab
Notebook ELN
Forschungsdaten Forschungsdaten
suchen und nutzen dokumentieren
Forschungsdaten Forschungsdaten
archivieren referenzierbar machen
Forschungsdaten
publizieren
Lebenszyklus von
Forschungsdaten
ELN-Wegweiser 7In beiden Kontexten kommen die Vorteile eines Elektro-
nischen Laborbuchs zum Tragen, so zum Beispiel:
ɲ Direkte Einbindung/Verlinkung bereits digital
vorliegender Daten (z. B. Messergebnisse, Bild-,
Video-, Audiodateien, Texte, Tabellen)
ɲ Kein Informationsverlust durch
unleserliche Handschrift
ɲ Such- und Filterfunktionen
ɲ Funktionen für das kollaborative Arbeiten
(Rechte-, Rollenmanagement)
ɲ Erstellung und Verwendung von Vorlagen
(Templates, z. B. für sich wiederholende Prozesse)
ɲ Einbettung in eine vernetzte digitale Forschungs
umgebung (API, Standardschnittstellen, Import-,
Exportfunktionen, Anbindung an Repositorien
und Langzeitarchivierung u. a.)
Weitere Informationen zum Umstieg von Papier- auf
elektronische Laborbücher, zu Vorteilen von ELNs
und den Hürden bei der Einführung finden sich in der
Infobox Umstieg vom Papierlaborbuch zum ELN/
Einführung in das Thema ELN.
1.2. Ziele dieser Handreichung
Neben einem kurzen wissenschaftlich-theoretischen Teil
Zeichenerklärung zur Einteilung von ELNs verfolgt der Leitfaden im Wesent-
lichen das Ziel, praktische Hinweise für die Einführung
Dieses Zeichen kennzeichnet einen internen Verweis. eines elektronischen Laborbuches zu geben. Die Einführung
Ein Klick auf den nachfolgenden Text führt zu einer relevanten eines geeigneten ELN gliedert sich grob in drei Phasen, die
Stelle in diesem Dokument.
jeweils ihre besonderen Herausforderungen bergen. Am
Anfang steht die Auswahl eines oder mehrerer möglicher-
Ein Rücksprung zu der ursprünglichen Textstelle weise geeigneter Produkte. Daran schließt sich eine Test-
ist jederzeit durch die Tastenkombination
„Alt“+ „Pfeiltaste nach links“ möglich. phase an, während der sich im Idealfall eine Anwendung
als passend herauskristallisiert. Sobald ein ELN lizen-
siert und implementiert ist, folgt die Verbreitung in den
Eine Infobox beinhaltet Hinweise zu weiterführenden Forschungsgruppen.
Informationen, hauptsächlich Verweise auf Webressourcen.
Die Informationsquellen in den Infoboxen sind nach Erschei- Eine große Hürde im Auswahlprozess stellt die Produktviel-
nungsjahr sortiert, die jeweils aktuellsten befinden sich oben. falt dar. Es existiert ein breites Angebot von fast hundert
Produkten mit unterschiedlichen Schwerpunkten, Ausstat-
tungsmerkmalen und Preisstrukturen. Daher liegt ein erstes
Eine Toolbox beinhaltet ein Werkzeug, das als Vorlage wichtiges Ziel des Leitfadens darin, Hilfestellung bei der
genutzt sowie gegebenenfalls für den eigenen Gebrauch Definition von Auswahlkriterien vor dem Hintergrund der
angepasst werden kann.
institutionellen Anforderungen und des laborspezifischen
Bedarfs zu geben. Diese können mit den Produktmerkma-
len angebotener Elektronischer Laborbücher abgeglichen
Eine Best-Practice-Box enthält die detaillierte Darstel-
lung eines einzelnen Fallbeispiels und kann parallel gelesen werden.
werden. Die erste Best-Practice-Box, die unmittelbar auf
diese Einleitung folgt, enthält eine Zusammenfassung der
Interviews und bietet die Möglichkeit, direkt zu den einzelnen
Fallbeispielen zu gelangen.
8 ELN-WegweiserEs kann hilfreich sein, zu schauen wie es andere bereits
gemacht haben, welche Ziele dabei verfolgt wurden, wie die Umstieg vom Papierlaborbuch zum
Vorgehensweise war etc. Daher ist ein wesentlicher Teil dieses
Leitfadens die Darstellung von Best-Practice-Beispielen.
ELN/Einführung in das Thema ELN
Kanza S, Willoughby C, Gibbins N, et al.:
Als Quintessenz sollen Empfehlungen in Form einer
Electronic lab notebooks: can they replace paper?
Checkliste ein strukturiertes Vorgehen bei der Einführung J Cheminform. 2017;9(1):31. Published 2017 May 24,
eines ELN ermöglichen. DOI: 10.1186/s13321-017-0221-3
Office of Scholarly Communication:
1.3. Aufbau Paperless research’ solutions – Electronic Lab Notebooks
University of Cambridge, Unlocking Research, 2017
Der größte Teil des Leitfadens widmet sich Informationen
zur praktischen Einführung eines ELN unter Berücksichti- Ulrich Dirnagl, Ingo Przesdzing:
gung der bereits genannten Ziele: ein elektronisches Labor- A pocket guide to electronic laboratory notebooks in
buch in ein Forschungsdatenmanagement einzubinden und the academic life sciences
Version 1, F1000Res. 2016, DOI:10.12688/f1000research.7628.1
Forschungstätigkeiten im Sinne der guten wissenschaftli-
chen Praxis zu verbessern.
Alan Wolf, Jan Cheetham:
Daher beschäftigt sich der erste Teil mit der Definition von Electronic Laboratory Notebooks: More than Notes
Anforderungen und ihrer Bedeutung für die Auswahl vor University of Wisconsin – Madison, 2015 (Video)
dem Hintergrund, welche Eigenschaften die angebotenen
Softwaretools voneinander abgrenzen. Pannabecker, Virginia:
How Do Electronic Laboratory Notebooks
Anschließend werden konkrete Schritte vorgeschlagen, die Inspire Researchers?
eine strukturierte Vorgehensweise bei der Auswahl ermög- Posterpräsentation am MAC / MLA, Asheville, USA, 2015 (Poster)
lichen. Dazu wurde eine Reihe von ELN-Angeboten geprüft,
die für die Lebenswissenschaften relevant sind. Beschrie- Colin L. Bird, Cerys Willoughby and Jeremy G. Frey:
Laboratory notebooks in the digital era: the role of
ben werden Kernfunktionen bzw. Auswahlkriterien. Dies ELNs in record keeping for chemistry and other sciences
ermöglicht einen ersten Abgleich von laborspezifischen Chem. Soc. Rev., 2013, 42, 8157-8175: First published on
sowie institutionellen Anforderungen und den Erfüllungs- 17th July 2013, DOI: 10.1039/C3CS60122F
grad durch das Tool. Danach folgen Empfehlungen bei der
Einführung eines elektronischen Laborbuches inklusive Jim Giles:
eines Beispiels für eine Bedarfsabfrage. Going paperless: The digital lab
Nature, 2012
In dem sich anschließenden theoretischen Teil werden
Klassifizierungskriterien für die Einteilung von ELNs Klokmose, Clemens Nylandsted; Zander, Pär-Ola:
gegeben. Rethinking Laboratory Notebooks
Proceedings of the 9th Internationale Conference on Desig-
Parallel hierzu erfolgt die Darstellung der Best-Practice- ning Cooperative Systems . ed. / Myriam Lewkowicz ; Parina
Beispiele. Dazu wurden sieben Experteninterviews anhand Hassanaly; Markus Rohde; Volker Wulf. Springer, 2010. p.
119-140
eines Interviewleitfadens mit Anwendenden verschiede-
ner ELN-Tools geführt. Deren Ergebnisse werden anhand
wiederkehrender Gliederungspunkte – wie Ausgangssitu- Forschungsdaten-Wiki:
https://www.forschungsdaten.org/index.php/Elektroni-
ation oder Bedarfsanalyse – zusammengefasst. sche_Laborbücher
Abschließend stellt der Wegweiser eine Checkliste zur
Verfügung. In einer Gesamtübersicht fasst sie die Vorge-
Mailinglisten:
hensweise bei der Einführung eines Elektronischen Labor-
buchs gebündelt zusammen. So bietet die Checkliste die ɲ DFN (Deutsches Forschungsnetz):
Möglichkeit, die einzelnen Schritte nacheinander abzuar- https://www.listserv.dfn.de/sympa/info/eln
beiten und die Ergebnisse stichwortartig festzuhalten. ɲ GWDG (Gesellschaft für wissenschaftliche
Datenverarbeitung mbH Göttingen):
https://listserv.gwdg.de/mailman/listinfo/elabnotebook
ɲ Elb.nrw -- Mailingliste der interessierten
Hochschulen an ELN:
https://lists.uni-duesseldorf.de/mailman/listinfo/elb.nrw
ELN-Wegweiser 9BEST-PRACTICE-BOX
Erhebung und Zusammenfassung der Best-Practice-Beispiele
1. Methodisches Vorgehen
Zur Darstellung von Best-Practice-Beispielen wurden Der Erhebungszeitraum war Oktober bis November 2018, die
qualitative Experteninterviews geführt. Kriterien für Interviews für die neuen Fallbeispiele der zweiten Auflage
die Auswahl der Fallbeispiele waren: wurden im Frühjahr 2020 geführt. Bis auf das Interview an
der Universitätsklinik Köln, das aufgrund der räumlichen
ɲ Es soll sowohl die Einführung von Open-Source-
Nähe persönlich erfolgte und schriftlich dokumentiert wurde,
Lösungen und Eigenentwicklungen als auch die
wurden alle Interviews telefonisch geführt und aufgezeich-
kommerzieller Produkte vorgestellt werden.
net. Aus der Transkription wurden nachfolgend einheitlich
ɲ Der Einführungsprozess soll bereits bis zu einem strukturierte Texte erstellt.
sichtbaren „Reifegrad“ gediehen sein.
Die Interviewfragen finden sich im Anhang.
ɲ Die Befragung von Personen mit unterschiedlichen
Funktionen soll Einblick in unterschiedliche
Sichtweisen zu dem Thema geben.
2. Die Fallbeispiele in der Übersicht
Charité/Berlin Eidgenössische Leibniz- Heinrich-Heine- Robert Koch- Georg-August- Universität
Institute of Health Technische Institut für Universität (HHU) Institut (RKI) Universität und Universitäts-
(BIH): Hochschule (ETH) Alternsforschung Düsseldorf: Berlin: Göttingen (UMG): klinikum zu
Zürich: - Fritz-Lipmann- Köln (UzK)
Institut e.V. (FLI)
Kommerzielles Eigenentwicklung Kommerzielles Open-Source- Eigenentwicklung: Kommerzielles Kommerzielles
Produkt: Labfolder inkl. Veröffent- Produkt: Rspace Lizenz: eLabFTW LIMS mit Produkt: Produkt:
lichung unter ELN-Modul eLabJournal
Open-Source- Kommerzielles RSpace
Lizenz: openBIS Produkt: Labfolder
zum Fallbeispiel zum Fallbeispiel zum Fallbeispiel FLI zum Fallbeispiel zum Fallbeispiel zum Fallbeispiel zum Fallbeispiel
Charité/BIH ETH HHU RKI UMG UzK
3. Zusammenfassung der Interviews
entwickeln, zu beraten und Prozesse zu begleiten (z. B.
1. Ausgangssituation
die Anbindung des ELN an ein Repositorium). Bibliothe-
Mit dem Thema FDM und ELN befassen sich Personen ken können aber auch federführend bei der Einführung
aus verschiedenen Bereichen von Instituten meist von Elektronischen Laborbüchern sein.
bereits seit vielen Jahren. Daraus ergeben sich unter-
schiedliche Sicht- und Herangehensweisen: Typische Ausgangssituationen sind:
ɲ Bei Forschenden, sowie Professorinnen/Professoren Die Labore innerhalb einer Einrichtung sind auf
finden sich eher pragmatische, auf die alltägliche unterschiedlichem Stand:
Praxis bezogene Ansätze. Erst später richtet sich der
ɲ Einige Forschungsgruppen nutzen noch das Papierbuch,
Blick auf das ELN im Gesamtzusammenhang des
meist in hybrider Form, während andere bereits selbst
Forschungsdatenmanagements und die Integration.
entwickelte Datenbanksysteme oder Do-It-Yourself-Lö-
ɲ Bei Laborleitungen stehen oft zunächst LIMS sungen zum Beispiel mit Note Taking Software betreiben.
(Labor-Informations- und Management-System)-Funk-
ɲ Einzelne Labore äußern den Wunsch, ein ELN
tionalitäten im Vordergrund, der Fokus liegt meist auf
einzuführen oder formulieren Anforderungen für ein
SOPs (Standard Operation Processes), die abbildbar
digitales Datenmanagement.
sein müssen sowie QM-Konformität.i
ɲ Es gibt ein Interesse in Forschungsgruppen und deren
ɲ IT-Fachleute gehen eher strukturiert vor und sehen
Leitung an der Verbesserung der wissenschaftlichen
das System von Anfang an im Gesamtzusammenhang.
Praxis.
Sie erachten eine enge Zusammenarbeit mit Laboren
für wichtig, um das notwendige Verständnis für die ɲ Technische und organisatorische Lösungen für die
Abläufe und Anforderungen zu gewinnen. Institute einer Universität sollen bereitgestellt werden.
ɲ Bibliothekarinnen/Bibliothekare sind oft damit betraut, ɲ Das Thema wird innerhalb eines Förderprogramms
begleitende Informations- und Schulungsangebote zu initiiert und weiterentwickelt.
10 Leitfaden ELN2. Bedarfsanalyse Die Finanzierung kann im Rahmen von Förderprogrammen
erfolgen.
Der Bedarf der Labore und der Forschenden wird meist
anhand einer systematischen Abfrage, beispielsweise in Bei Eigenentwicklung/Open Source:
einer Excel-Tabelle, ermittelt. Eine solche Abfrage ist häufig
ɲ Iterative Vorgehensweise.
zeitkritisch. Als Alternative wird die direkte Erhebung der
Anforderungen im Dialog bzw. in Einzel- oder Gruppenge- ɲ Methoden der agilen Softwareentwicklung, also ein
sprächen genannt. Softwareentwicklungsprozess, der im Ansatz die
Transparenz und Flexibilität erhöht. Dies soll zu einem
ɲ Ein häufiges Ergebnis der Bedarfsanalyse ist,
schnelleren Einsatz des Systems führen und dadurch
dass kein kommerzielles System den Anforderungen
Risiken im Entwicklungsprozess minimieren.ii
vollständig entspricht.
ɲ Schrittweises Vorgehen in enger Abstimmung
ɲ Neben dem Bedarf spielen weitere Faktoren eine Rolle,
mit den Nutzenden.
z. B. Preis, Usability, eigene Ressourcen.
ɲ Hausinterne Erstellung von Schulungen und
ɲ Alle Interviewpartner haben über eine Eigenent-
Informationsmaterial.
wicklung oder Open-Source-Lösung zumindest
nachgedacht. Bei kommerziellen Produkten:
ɲ Es muss ein gewisses Maß an IT-Ressourcen zur
3. Entscheidende Kriterien für die
Verfügung stehen für Updates/Troubleshooting/
gewählte Lösung und Vorteile
Administration.
Die Gründe bei der Entscheidung für ein ɲ Schulungen werden vom Hersteller durchgeführt.
kommerzielles Produkt sind:
5. Derzeitiger Stand
ɲ Das Produkt deckt den Bedarf ab.
Alle ELN, von denen in den Interviews berichtet wird, sind
ɲ Eine Kooperation mit dem Hersteller ist möglich, sodass
entweder bereits eingeführt und etabliert oder befinden sich
eigene Änderungswünsche oder Ergänzungen in die
in der Umsetzungsphase. Im Interview wird z. B. berichtet,
Weiterentwicklung des Produkts mit einfließen können.
wie viele Nutzende das Tool bereits einsetzen, an welchen
ɲ Das Produkt entspricht dem Anschaffungswunsch Lösungen zur Einbindung in ein FDM gearbeitet wird oder
eines Labors, weil es benötigte Funktionalitäten besitzt in welcher Phase sich das Projekt befindet.
(z. B. Abbildung chemischer Strukturen).
6. Das Laborsystem im Kontext des FDM
ɲ Der Hersteller übernimmt Schulung und Support.
Die Integration des Elektronischen Laborbuchs in ein vorhan-
Die Gründe bei der Entscheidung für ein Open-Source- denes bzw. aufzubauendes Forschungsdatenmanagement
Produkt oder eine Eigenentwicklung sind: wird von allen Interviewpartnern als äußerst wichtig angese-
hen. Dabei stehen zurzeit folgende Aspekte im Vordergrund:
ɲ Ein kostenloses generisches Angebot soll ein bereits
eingeführtes kommerzielles Tool ergänzen. ɲ Sensibilisierung für die Notwendigkeit von FDM,
beispielsweise durch Schulungsangebote.
ɲ Die Anpassung eines kommerziellen Produktes
wäre zu zeitaufwändig und teuer. ɲ Anbindung des ELN an Repositorien und
Langzeitarchivierung.
ɲ Es sind personelle Ressourcen für die Entwicklung
vorhanden. ɲ Schaffung zentraler Speicherorte/-systeme.
ɲ Es kann auf bereits bestehende eigene Lösungen/
Vorleistungen aufgebaut werden.
7. Fazit
ɲ Die Vorgehensweise schafft die Möglichkeit einer
Die Frage, ob Eigenentwicklung, Open Source oder
schrittweisen bedarfsgerechten Umsetzung ohne
kommerzielles Produkt kann nicht pauschal beantwor-
Abhängigkeiten von einem Hersteller.
tet werden. Jede Variante birgt Chancen und Risiken.
Genaue Prüfung und Analyse der Anforderungen und
4. Umsetzung
Voraussetzungen ist unabdingbar für eine fundierte
Möglicherweise müssen Hürden außerhalb der Forschungs- Entscheidung.
bereiche genommen werden: z. B. Personalrat, Statuten.
Eine gute Begleitung der Nutzenden ist essentiell für den
Die Unterstützung der Nutzenden vor allem in der Anfangs- Erfolg der Einführung eines Elektronischen Laborbuchs.
phase und Maßnahmen zur Akzeptanz sind maßgeblich für
Die Entwicklung von Standardformaten für den Export
eine erfolgreiche Einführung.
der Daten aus Elektronischen Laborbüchern wäre ein
wichtiger Schritt, um den Datenaustausch zwischen
Systemen zu vereinfachen.BEST-PRACTICE-BOX
Fallbeispiel Charité Berlin/Berlin Institute of Health
Kommerzielles Produkt Labfolder
Interviewpartner: Prof. Dr. Ulrich Dirnagl, Abteilungsdirektor der Experimentellen Neurologie an der Charité
Universitätsmedizin Berlin (Grundlagenforschungsabteilung mit ca. 100 Mitarbeitenden in sieben bis acht
unabhängigen Arbeitsgruppen) und Gründungsmitglied der Abteilung Quest am Berlin Institute of Health.
1. Ausgangssituation
ɲ In der Abteilung für Experimentelle Neurologie Weiterentwicklung und Anpassung verworfen. Es
werden alle typischen Techniken eingesetzt und bestehen auch Bedenken hinsichtlich der gesetzlichen
entsprechend fallen speicherintensive Daten eines Anforderungen an die Beweissicherheit: Es wurde ein
biomedizinischen grundlagenwissenschaftlichen Fall bekannt, in dem die FDA (Food and Drug Adminis-
Forschungskontextes an, wie z. B. Mikroskopie, Mole- tration = U.S. Behörde zur Lebens- und Arzneimittel-
kularbiologie, Zellkultur, in vivo-Tierexperimente, überwachung) die Datendokumentation anhand einer
Bildgebung mit Magnetresonanztomographie. Eigenentwicklung nicht anerkannte.
ɲ Seit mehr als 10 Jahren beschäftigt sich der Interview
ɲ In die Entscheidung für das kommerzielle Produkt
partner mit der Frage, wie Forschung verbessert
Labfolder sind neben dem positiven Testergebnis
werden kann. Diese Fragestellung richtet das Augen-
folgende Kriterien eingeflossen:
merk auf das Forschungsdatenmanagement und das
Laborbuch als Teil davon. ○ Die Herstellerfirma hat ihren Sitz in Berlin vor Ort.
ɲ Die gängige Praxis wird als nicht zeitgemäß im Sinne ○ Labfolder kommt aus demselben disziplinären
einer effektiven Forschung und Datensicherheit Forschungsraum.
erkannt. Daraus entsteht die Entscheidung, ein Elektro-
ɲ Labfolder ermöglicht eine Entwicklungskooperation,
nisches Laborbuch einzuführen, womit die Dokumenta-
in der ein Testfeld sowie Ansprechpartner für die
tion im papierenen Laborbuch ersetzt werden soll.
Bewertung neuentwickelter Features bereitgestellt
werden. Anpassungswünsche seitens der Nutzenden
2. Bedarfsanalyse und Entscheidungsprozess
werden von Labfolder umgesetzt, soweit sie von allge-
ɲ Diskussion und Prüfung, ob eine Eigenentwicklung meinem Interesse sein könnten.
sinnvoll ist: Hintergrund dieser Überlegungen ist zum
einen die Tatsache, dass der Markt für Elektronische 4. Umsetzung
Laborbücher vor etwa 10 Jahren noch nicht so stabil
ɲ Schulungen durch die Herstellerfirma.
war – es gab nur wenige Angebote. Zum anderen
herrscht am Institut die Philosophie, dass möglichst ɲ Ein Team von IT-affinen Mitarbeitenden begleitet
die gesamte benutzte Software Open Source sein soll. Roll-out und laufenden Betrieb:
Gründe, die für eine Eigenentwicklung sprechen, sind
○ Einrichten der Software: Anlegen
die Affinität und Kompetenz einiger Mitarbeiter in
und Zuweisen von Rollen.
der Programmierung. Dagegen sprechen die Komple-
xität der Aufgabe und die Notwendigkeit der stetigen ○ Administration des Systems.
Weiterentwicklung.
○ Einspielen von Updates.
ɲ Tests verschiedener Produkte über eine oder mehrere
○ Problemlösung bei Absturz.
Wochen verschaffen einen Überblick und ersten
Eindruck zu den Produkten. Die Durchführung von ○ Hilfestellung bei Problemen und Fragen.
Tests in einem realen Kontext über ein halbes Jahr
ɲ Maßnahmen zur Akzeptanz:
und der eventuelle Wechsel zum nächsten Testkan-
didaten werden aufgrund des hohen Aufwands als ○ Um eine erfolgreiche Einführung sicher zu stellen,
unzumutbar für die Mitarbeitenden gesehen. wird höchster Wert auf das „Onboarding“ gelegt:
Mitarbeitende, die sich bereits in das Elektro-
3. Entscheidende Kriterien für die gewählte nische Laborbuch eingearbeitet haben, werden
Lösung und Vorteile zur Unterstützung von Anfängern eingesetzt, um
Frustrationen und die Abkehr von der Nutzung des
ɲ Eine Eigenentwicklung wird aufgrund der Komple-
ELN zu verhindern.
xität der Aufgabe und der stetig notwendigen
12 Leitfaden ELN○ Die Nutzung des ELN wird in die abteilungsinter- ○ Veröffentlichungen im Open Access Grün sollen
nen Richtlinien aufgenommen, deren Einhaltung auf automatisierte Weise im Repositorium bereit-
mitbestimmend bei der Verteilung von Ressourcen gestellt werden, danach soll dies auch für Publika-
bzw. Fördermitteln ist. tionen in Open Access Gold ermöglicht werden.
ɲ Hürden außerhalb des Forschungsbereichs müssen ○ Forschungsdaten sollen automatisiert mittels
gemeistert werden: API aus dem ELN in das Repositorium überführt
werden können.
○ Überzeugungsarbeit im Personalrat:
Das ELN ist kein Werkzeug zur Überwachung ○ Hürden aus psychologischer Sicht müssen gemeis-
von Mitarbeitenden. tert werden: Vollständige und gute Dokumentation
im ELN ist Grundlage für die Veröffentlichung im
○ Notwendige Satzungsänderung: Als gute wissen-
Repositorium.
schaftliche Praxis zur Dokumentation der
Forschungsarbeit muss das ELN dem Papierbuch
gleichgestellt werden.
7. Fazit
5. Derzeitiger Stand Dass es so etwas wie wie ein Forschungsdatenmanage-
ment gibt, um das man sich kümmern muss, wird den
ɲ Guter Produktivbetrieb sowohl in der Forschungs
meisten Forschenden erst in dem Moment klar, in dem
abteilung der Experimentellen Neurologie als auch
sie sich mit dem Elektronischen Laborbuch auseinan-
in vielen Arbeitsgruppen der Charité.
dersetzen. In der Regel speichern Forschende ihre Daten
ɲ Das QUEST Center begleitet zurzeit 1.000 Personen auf einem virtuellen Laufwerk des Instituts ohne Kennt-
mit dem System, Ziel ist das Roll-out auf den gesamten nis des eigentlichen Ortes. Es gibt auch Fälle von Daten-
Forschungsraum von maximal 7.000 Personen. ablagen auf dem Laborcomputer und einer beweglichen
Festplatte. In Bezug auf ein FDM sieht Prof. Dirnagl
ɲ Im QUEST Center kümmert sich ein IT-Spezialist
persönlich eine der wesentlichen Leistungen eines Elek-
um Administration und Wartung, in der Charité
tronischen Laborbuchs darin, dass es überhaupt erst für
übernimmt ein Team von affinen Mitarbeitenden
dieses Thema sensibilisiert. Bei der Charité bedeutet
diese Aufgaben.
das den Aufbau eines Forschungsdatenmanagements
zusammen mit der IT-Abteilung. Ausgangspunkt hierfür
6. Das Laborsystem im Kontext des FDM
ist das Elektronische Laborbuch.
ɲ Nutzung des Elektronischen Laborbuchs
sensibilisiert für die Notwendigkeit eines
8. Weitere Informationen
Forschungsdatenmanagements.
ɲ Weiterführende Links QUEST/Freie Universität
ɲ Angedacht ist der Aufbau eines Speichersystems
zur objektorientierten Speicherung und einer ○ https://www.bihealth.org/de/quest-center/
Archivierungsfunktion in Zusammenarbeit mit der services/eln/
IT-Abteilung. Fragestellungen sind zum Beispiel:
○ https://www.bihealth.org/de/quest-center/
○ Wie werden die Daten der Institution mission-ansaetze/open-science/quest-toolbox/
überhaupt gesichert?
○ https://www.bihealth.org/de/aktuell/presse-
○ Wie kann die Speicherung über 10 Jahre mitteilung-forschungsalltag-40-berlin-insti-
sichergestellt werden? tute-of-health-stellt-auf-elektronisches-labor-
buch-um/
○ Wie kommt die Institution an die Daten,
wenn Mitarbeitende ausscheiden? ○ https://refubium.fu-berlin.de/
ɲ Labfolder speichert Daten bis zu einer bestimm- ɲ Publikationen
ten Größe in der Datenbank des Systems, also ‚im Ulrich Dirnagl and Ingo Przesdzing: A pocket guide to
Laborbuch‘. Auf große Dateien wird mittels Pointern electronic laboratory notebooks in the academic life
verwiesen, diese verweisen auf Archivserver der sciences, 2016. DOI: 10.12688/f1000research.7628.1
Charité. Dabei muss die Frage gelöst werden, wie der
ɲ Vortrag
langfristige Zugriff auf die verlinkten Daten sicherge-
Prof. Dr. Ulrich Dirnagl: Nie wieder ohne – das elekt-
stellt werden kann.
ronische Laborbuch aus der Sicht eines Neurowis-
ɲ Mögliche Anbindung an ein Repositorium in senschaftlers, Helmholtz Open Science Workshop
Zusammenarbeit mit der Bibliothek: „Elektronische Laborbücher“, 14.9.2018
Download der Folien: https://os.helmholtz.de/fileadmin/
○ Aufbau einer Struktur für das Repositorium
user_upload/os.helmholtz.de/Workshops/eln18hzi_dirn-
„Refubium“ der Freien Universität.
agl.pdf (PDF)
Leitfaden ELN 132. Das Elektronische Labobuch im Kontext des
Forschungsdatenmanagements
2.1. Dokumentation von 2.2. Das ELN als wichtiger Baustein im
Forschungsdaten im ELN Lebenszyklus von Forschungsdaten
Das Laborbuch dient der Dokumentation des Forschungs- Zunehmend setzen Forschungsförderer nicht nur die Vorlage
prozesses und der dabei produzierten Forschungsdaten. Eine eines Datenmanagementplans (DMP) voraus, sondern auch
vollständige und nachvollziehbare Dokumentation ist Grund- die Speicherung von Forschungsdaten in einer Weise, die die
lage für Publikation und Nachnutzbarkeit von Forschungsda- Daten nachnutzbar und den Forschungsprozess nachvoll-
ten und die Belegbarkeit von Forschungsergebnissen. Aller- ziehbar werden lässt. Auch von Verlagen wird vermehrt die
dings ist eine gute Dokumentation zeitaufwändig und kommt Archivierung und Publikation der Forschungsdaten gefor-
daher im Laboralltag leider oft zu kurz – mit der Konsequenz, dert, die einer Textpublikation zugrunde liegen.
dass Forschungsergebnisse weder reproduzierbar noch refe-
Bei der Erfüllung dieser Anforderungen kann das Elektro-
renzierbar, d.h. nur schlecht nachnutzbar sind. iii
nische Laborbuch gute Dienste leisten, umso mehr, wenn
Hinzu kommt, dass in den Lebenswissenschaften mittler- es in die vorhandene oder aufzubauende Forschungsdaten-
weile mehr als neunzig Prozent aller Daten in digitaler Form infrastruktur integriert wird. Dies setzt eine gute und gut
anfallen. In einem ELN können nicht nur die Rohdaten ohne dokumentierte API (Programmierschnittstelle) voraus.
Medienbrüche dokumentiert werden, sondern Forschungs-
Wie die Praxisbeispiele zeigen, ist die Einführung eines ELN
ergebnisse werden nachvollziehbar und nachnutzbar. Dies
oft die Initialzündung dafür, dass über Forschungsdaten-
wird dadurch ermöglicht, dass im Idealfall zugehörige
management nachgedacht und begonnen wird, Lösungen
Rohdaten unmittelbar mit Protokollen, Prozessen und
aufzubauen. Im Idealfall entsteht ein integratives Gesamt-
Workflows verlinkt werden können.
system, in dem das ELN mit den anderen Komponenten im
Darüber hinaus kann durch das Anlegen und Verwenden von Managementprozess Daten austauschen kann.
Templates, also Vorlagen für Protokolle, Prozesse, Standard
Eine Aufgabe ist dabei die bedarfsgerechte Bereitstellung
Operation Processes (SOPs) und Workflows, im Laboralltag
von im ELN erfassten Forschungsdaten und -ergebnissen
viel Zeit gespart und Know-how transportiert werden. Durch
für Repositorien und die Langzeitarchivierung.
die Beschreibung der Daten in Kombination mit einer guten
Suchfunktion kann das ELN zu einem wertvollen Wissens Auf der anderen Seite ist die Einbindung von Daten wichtig,
pool werden; einige ELN helfen auch bei der Erstellung von die von anderer Forschungssoftware, z. B. Formeleditoren,
Metadaten. Statistikprogrammen, Visualisierungstools, Analyse
software oder Geräten, z. B. Mikroskopen, bereitgestellt
werden.
Darüber hinaus treten Fragen nach Konzepten zur zentralen
Datenspeicherung oder zur Bereitstellung der bedarfsge-
rechten Hardware auf.
Lösungsansätze finden sich
ɲ in den Best-Practice-Beispielen unter dem
Punkt „Das Laborsystem im Kontext des
Forschungsdatenmanagements“.
ɲ in der Infobox Das ELN als Baustein im
Lebenszyklus von Forschungsdaten.
14 Leitfaden ELNBEST-PRACTICE-BOX
Fallbeispiel ETH Zürich
openBIS – Eigenentwicklung mit Open-Source-Lizenz
Interviewpartner: Dr. Bernd Rinn, Leiter der Sektion
Scientific IT Services (SIS) bei den Informatikdiensten
der ETH.
1. Ausgangssituation
ɲ Nationales Programm zur Förderung der Systembio-
logie (2007): Beginn der Entwicklung von Forschungs-
datenmanagement für kollaborative Forschungs-
projekte. Beginn der Entwicklung von openBIS und
Entscheidung, die Plattform Open Source verfügbar
zu machen.
ɲ Entwicklung von openBIS als Datenbankplattform in
seiner heutigen Form seit 2009 mit stetiger Weiter-
entwicklung. Motor war die kontinuierliche Bewusst-
werdung und Umsetzung dessen, was der Bedarf der
Forschenden ist. Daher lag zunächst ein Fokus auf
LIMS-artigen Funktionalitäten sowie auf der Beschaf-
fenheit der in einem Labor anfallenden Daten und der
Art und Weise, wie diese erhoben werden.
ɲ Interesse an Einführung eines Systems bestehend
aus einer Kombination von ELN und LIMS seit 2012.
Impuls zu dessen Evaluierung kam aus mehreren
Forschungsgruppen verschiedener Abteilungen aus
den Lebenswissenschaften.
ɲ Gründung der Sektion Scientific IT Services 2013
mit dem Ziel, Forschende mit spezifischer IT zu
unterstützen. Schwerpunkte sind der Betrieb
und die Weiterentwicklung der Hochleistungs-
rechner der ETH, der Data Analytics Cluster, die
wissenschaftliche Softwareentwicklung und das
Forschungsdatenmanagement.
2. Bedarfsanalyse und Entscheidungsprozess
(mehrschrittig)
ɲ Gibt es geeignete kommerzielle Lösungen?
Hauptkriterium war der Preis, hohe sechsstellige
Beträge, die für die pharmazeutische Industrie
entwickelte Systeme kosten, kamen nicht in Frage.
Vier Angebote entsprachen den Preisvorstellungen.
ɲ Einladungsverfahren mit diesen vier Kandidaten. Zwei
davon haben akzeptiert, zwei waren nicht interessiert.
ɲ Auf Wunsch eines Labors soll das zuvor mit einem
anderen Labor an der ETH selbstentwickelte Produkt
auch in die Evaluierung einfließen.
ɲ Test der Usability mit drei Produkten – zwei
kommerzielle plus die Eigenentwicklung.
ELN-Wegweiser 15BEST-PRACTICE-BOX
Fallbeispiel ETH Zürich
openBIS – Eigenentwicklung mit Open-Source-Lizenz
ɲ Preisvergleich der beiden kommerziellen Angebote, ɲ Einbeziehung von Laboren, die nicht den Life Science
jeweils Cloud- und On-Premises-Version. angehören, z. B. Experimentelle Astrophysik in Genf.
ɲ Technische Evaluierungskriterien von Seiten der SIS: ɲ Softwareentwicklung zur Schließung der
identifizierten Gaps.
○ Programmierinterfaces: ELN/LIMS ist Bestandteil
eines Systems und muss integrierbar sein. ɲ Regelmäßige Releases neuer Versionen:
○ Bulk-Exportmöglichkeiten: falls Umzug auf ein ○ Entwicklung neuer Funktionalitäten
anderes System notwendig, müssen alle Daten
○ Verbesserung der Usability
zusammen exportierbar sein.
ɲ Iterative Vorgehensweise.
○ Risk Assessment: Was glauben wir, wo liegt unser
Risiko, wenn wir diese Lösung wählen? ɲ Erweiterungen werden in Zusammenarbeit und nach
Bedarf der Labore entwickelt, dabei schrittweises
ɲ Beschreibung der Ergebnisse in einer Matrix und
Vorgehen.
gemeinsame Zusammenschau unter Einbeziehung
von Professorinnen und Professoren sowie Labor
5. Derzeitiger Stand
leiterinnen und Laborleitern.
ɲ openBIS ist eine Datenbank-Plattform, die an der ETH
ɲ Ergebnis: Kein getestetes System hat die
Zürich entwickelt wurde. Die Plattform verfügt über
erforderlichen Funktionalitäten und ist
Schnittstellen für die Programmierung von Modulen
hinreichend benutzerfreundlich.
(Plug-In). Neben der Eigenentwicklung von Plug-Ins
besteht die grundsätzliche Möglichkeit, fremdentwi-
3. Entscheidende Kriterien für die
ckelte Module zu verwenden. Außer an der ETH gibt
gewählte Lösung und Vorteile
es eine Reihe externer Gruppen, die ebenfalls Plug-Ins
ɲ Die eigene Entwicklung hat hinreichend entwickelt haben und weiter entwickeln.
Potential und ist erweiterbar.
ɲ Im Kern des an der ETH Zürich entwickelten ELN/
ɲ Es besteht die Fähigkeit und die Bereitschaft, durch LIMS-Plug-In steht die experimentelle Beschreibung.
einen längeren Anpassungsprozess zu gehen.
ɲ Durch Visualisierungen können Zusammenhänge
ɲ Durch die Entwicklung eines gemeinsamen dargestellt werden. Alles ist miteinander verlinkt:
Systems können Synergien genutzt werden.
○ Materialien und Samples in ihrer
elektronischen Form
4. Umsetzung
○ Protokolle und SOPs
ɲ Zusammen mit anderen Universitäten Einreichung
des Projekts „Data Life Cycle Management (DLCM)“ ○ Rohdaten
im Rahmen des nationalen Forschungsunterstüt-
○ Modelle und prozessierte Daten
zungsprogramms „Scientific Information“.
○ Für Publikationen geeignete Resultate
ɲ DLCM lief über drei Jahre ungefähr ab Ende 2014.
○ Der Sourcecode, der gebraucht wurde, um die
ɲ Einführung des Workstreams „Aktives Daten
Resultate zu erarbeiten und die Analysenotebooks
management“ innerhalb des DLCM-Projektes.
ɲ Durch realisierte Anbindungen an Workflows wird der
ɲ Electronic Lab Notebooks sind ein Aspekt des
experimentelle und theoretische Teil der Forschung
Aktiven Datenmanagements.
zusammengebracht („Wet Lab und Dry Lab“) und der
ɲ Weiterentwicklung von Use Cases, die ursprünglich Tatsache Rechnung getragen, dass „auf Daten auch
in Laboren der ETH entwickelt wurden. immer Analysen gemacht werden“
ɲ Vergleich mit Systemen, die an anderen ○ Jupyter Integration: Mit der Autorisierung in
Universitäten genutzt/entwickelt werden. openBIS kann ein Jupyter-Notebook gestartet
werden und ein Analyse-Workflow mit den Daten
ɲ Abgleichung und Erweiterung der eigenen
aus openBIS durchgeführt werden. Die Ergebnisse
Gap-Analyse, also Identifizierung strategischer
können in openBIS zurückgeschrieben werden.
und operativer Lücken.
16 ELN-Wegweiser7. Fazit
Die Rückschau auf die letzten Jahre zeigt, dass eine
Eigenentwicklung auf einer Open-Source-Plattform
eigentlich alternativlos ist. Es gab und gibt insgesamt
viele Änderungswünsche und sehr oft werden sehr spezi-
○ KNIME Schnittstelle (Konstanzer Information
elle Anforderungen geäußert. Dies mit einem kommerzi-
Mining System – an der Universität Konstanz
ellen Produkt umzusetzen, erscheint nahezu unmöglich
entwickelt).
– ein Hersteller müsste dazu allerhöchste Flexibilität
○ Intergration-Snippets zu verschiedenen anderen mitbringen.
Tools und Analyse-Workflows.
ɲ Weitere Funktionalitäten sind zum Beispiel
8. Weitere Informationen
○ Manuelle Uploadmöglichkeiten
ɲ Weiterführende Links ETH/SIS
○ Anbindung von Messinstrumenten
○ https://labnotebook.ch/
○ Datenimport
○ https://ethz.ch/services/en/service/a-to-z/rese-
ɲ openBIS wird als Angebot der Grundversorgung für arch-data/active-data-management/resources-
die gesamte ETH Zürich ausgerollt. Es existieren for-ardm.html
parallel in einzelnen Gruppen auch andere Lösungen.
○ https://sis.id.ethz.ch/
ɲ Es werden Kurse angeboten, sowohl grundsätzlich
○ https://siscourses.ethz.ch/rdm_training/
über das Konzept des Datenmanagements als auch
ARDM-workshop-20180614.pdf (PDF)
speziell über die Handhabung des Tools.
ɲ Publikationen:
ɲ open RDM.swiss ist ein Nachfolge-Projekt des DLCM-
○ Caterina Barillari, Diana S. M. Ottoz, Juan Mariano
Projekts und hat die Serviceeinführung für die natio-
Fuentes-Serna, Chandrasekhar Ramakrishnan,
nale Forschungs-Community in der Schweiz zum Ziel.
Bernd Rinn, Fabian Rudolf: openBIS ELN-LIMS: an
open-source database for academic laboratories
6. Das Laborsystem im Kontext des FDM
Bioinformatics. 2016 Volume 32, Issue 4, Page(s)
ɲ Zusammenarbeit mit der Bibliothek im Rahmen des 638–640. Published online 2015 Oct 27.doi:10.1093/
DLCM-Projektes. bioinformatics/btv606
ɲ Aufbau von zwei Systemen: ○ Angela Bauch, Izabela Adamczyk, Piotr Buczek,
Franz-Josef Elmer, Kaloyan Enimanev, Pawel
○ Langzeitdatenerhalt – seit 2012, aufbau-
Glyzewski, Manuel Kohler,Tomasz Pylak, Andreas
end auf dem System Rosetta zur digitalen
Quandt, Chandrasekhar Ramakrishnan, Christian
Langzeitarchivierung.
Beisel, Lars Malmström, Ruedi Aebersold, Bernd
○ Research Collection – Repositorium, aufbauend auf Rinn: openBIS: a flexible framework for managing
Dspace, zurzeit zusammen mit Zenodo das meist and analyzing complex data in biology research
genutzte Repositorium in der Schweiz gemäß BMC bioinformatics 2011 Volume 12, Page(s) 468
Umfrage des Schweizerischen Nationalfonds zur Published online 2011 Dec 8. DOI:
Förderung der wissenschaftlichen Forschung. 10.1186/1471-2105-12-468
○ Anbindung von openBIS an beide Systeme ɲ Vorträge:
soll erfolgen, zurzeit ist die Anbindung an das ○ Bernd Rinn: Electronic Lab Notebooks, Processes,
Repositorium in Arbeit. Tools and Experiences: an ETH Zurich Perspec-
tive, Workshop „Elektronische Laborbücher der
ɲ Es wurde ein auf OpenBis basierendes Archivie-
RWTH Aachen”, 20.11.2017
rungsmodul für die Archivierung von Daten im
Download der Folien: https://rwth-aachen.sciebo.
IT-technischen Sinn entwickelt. Hierbei geht es um
de/index.php/s/5OCOay7ocj4w9be#pdfviewer
die kostengünstige Speicherung großer Datenmen-
gen auf Tape-Speicher-Archiven, also eine Senkung ○ Caterina Barillari: openBIS – an open resource for
der Speicherkosten für nicht aktiv bewirtschaftete academic laboratories, Helmholtz Open Science
Forschungsdaten. Von der Softwareseite aus gesehen Workshop „Elektronische Laborbücher“, 13.9.2018
wird für die Langzeitdatenspeicherung mit Rosetta Download der Folien: https://os.helmholtz.de/
gearbeitet. fileadmin/user_upload/os.helmholtz.de/Work-
shops/eln18hzi_barillari.pdf (PDF)
ɲ Von höchster Wichtigkeit ist die Sensibilisierung für
das Datenmanagement.
ELN-Wegweiser 173. Anforderungen an ein elektronisches Laborbuch
Neben dem laborspezifischen Bedarf bestehen einige grund- Weiterführende Links zur Usability finden sich in der
legende Anforderungen an ein Elektronisches Laborbuch. Infobox Anforderungen an ein ELN.
Sie können allgemeiner Natur sein oder verschiedenen
Handlungsebenen zugeordnet werden, wobei die Grenzen
nicht immer eindeutig sind. 3.4. Transparenz und Flexibilität
So ist zum Beispiel das Vorhandensein geeigneter Exit-Stra- Projekte und Experimente sollen transparent und anschau-
tegien zum einen für Forschende wichtig, die ihre Daten und lich darstellbar sein und flexibel gestaltet werden können.
Ergebnisse bei einem eventuellen Institutswechsel mitneh- Workflows sollen, wenn notwendig, sowohl projektbezogen
men möchten. Zum anderen gibt es auch ein institutionelles als auch projektübergreifend darstellbar sein. Daher kann es
Interesse daran: Grund kann beispielsweise ein notwendiger sich lohnen, im Vorfeld eine Analyse derjenigen Workflows
Produktwechsel sein. vorzunehmen, die ein ELN abbilden soll. Soll das ELN von
Forschungsgruppen mit unterschiedlichen Anforderungen,
Nähere Erläuterungen zum Begriff Exit-Strategien finden sich z. B. aus unterschiedlichen Fachbereichen, genutzt werden,
in Kapitel 3.10. Exit-Strategien. muss es so flexibel sein, dass es an den unterschiedlichen
Bedarf anpassbar ist.
3.1. Abbildbarkeit der Weiterführende Informationen zur Analyse von Workflows
Forschungsprozesse finden sich in der Infobox Anforderungen an ein ELN.
Im Elektronischen Laborbuch müssen die Forschungspro-
zesse vollständig abbildbar sein: Use Cases, Methoden sowie 3.5. Performance und Stabilität
Angaben zu Experimenten, also Daten, Beobachtungen,
Die Stabilität des ELN-Anbieters ist wichtig, damit konti-
Materialien, Protokolle und Prozeduren, Reaktionen und
nuierliche Weiterentwicklung des Produktes sowie seine
Berechnungen, Ergebnisse und Schlussfolgerungen.
Anpassung an die technische Entwicklung gewährleistet
sind. Einige Anbieter sind bereits am Markt etabliert und
teilweise ist das ELN eines von mehreren Programmen in
3.2. Möglichkeit der Erfassung der Produktpalette. Bei den Unternehmen, bei denen dies
unstrukturierter Daten nicht der Fall ist, können folgende Fragen dazu beitragen,
die Stabilität eines Unternehmens zu bewerten:
Von vielen Forschenden wird die Notwendigkeit betont,
Daten unstrukturiert erfassen und ablegen zu können, wie ɲ Wie lange ist das Unternehmen bereits am Markt?
es im Papierlaborbuch der Fall ist. Elektronische Laborbü-
ɲ Ist der Kapitaleinsatz hoch genug um
cher sollten diese Möglichkeit bieten, indem z. B. Texte und
auch Krisen zu überstehen?
Skizzen angefertigt werden können. Diese Option wird oft
als „just a white sheet of paper“ bezeichnet. Weitere Typen ɲ Können Referenzen genannt werden?
unstrukturierter Daten sind beispielsweise Video- und
ɲ Wie viele Mitarbeitende hat das Unternehmen und
Audiodateien. Die Möglichkeit der Beschreibung unstruk-
gibt es ein professionelles Entwicklerteam?
turierter Daten mit aussagekräftigen Metadaten gewähr-
leistet ihre Auffindbarkeit und damit Nachnutzbarkeit und ɲ Kommen Mitarbeitende aus der Forschung und/
ist ein wichtiger Vorteil des Elektronischen gegenüber dem oder haben langjährige Laborerfahrung?
Papierlaborbuch.
Ebenso wichtige Faktoren sind Stabilität und eine gute
Performance der Software selbst, um einen reibungslosen
Ablauf der Datendokumentation zu gewährleisten. Daher
3.3. Usability sollten Tests nicht nur mit Testdaten und kleinen Testda-
Die Usability ist ein wichtiges Kriterium, weil erfahrungsge- teien durchgeführt werden, sondern so realitätsnah wie
mäß Nutzende, die sich einmal von einer Software abgewandt möglich erfolgen. Ein Leistungstest der Software unter den
haben, kaum wiederzugewinnen sind. iv Daher ist Übersicht- Gesichtspunkten Reaktionsfähigkeit und Stabilität bei der
lichkeit der Überfrachtung mit Features vorzuziehen. Ein Verarbeitung größerer Datenmengen ist anzuraten.
benutzerfreundliches Interface zeichnet sich unter anderem
Weiterführende Links zur Stabilität finden sich in der
durch intuitive Bedienbarkeit, verständliche Menüführung
Infobox Anforderungen an ein ELN.
und Drag & Drop aus. Da Forschungsgruppen oft internati-
onal zusammengesetzt sind, kann die Mehrsprachfähigkeit
eines Tools ebenfalls ein wichtiger Faktor sein.
18 ELN-WegweiserSie können auch lesen
